Keuhkot altistuvat valtaville määrille ilmaa ja potentiaalisesti tarttuville taudinaiheuttajille, mutta vakavia infektioita esiintyy harvoin, mikä on osoitus hengitysteiden poikkeuksellisesta luonnollisesta puolustuskyvystä. Tavallisimpia bakteeri-infektioiden aiheuttajia normaaleilla isännillä ovat Streptococcus pneumoniae, Haemophiluslajit, Staphylococcus aureus ja Mycobacterium tuberculosis. Vaurioituneilla isännillä keuhkokuumeen bakteerisyyt ovat paljon laajemmat, ja niihin kuuluu lajeja, joiden virulenssia ihmisessä ei yleensä pidetä korkeana. Infektio johonkin näistä epätavallisista bakteerilajeista edellyttääkin immuunipuutostilan etsimistä. Hengitysteiden normaaliin puolustuskykyyn kuuluvat epäspesifiset fysikaaliset tekijät (limakalvoportaat) ja synnynnäiset tekijät, kuten defensiinit, lysotsyymi ja fagosyyttiset solut (polymorfonukleaariset leukosyytit, keuhkoalveolaariset makrofagit ja dendriittisolut). Antibakteeripuolustusta tehostavat opsoniinit, mukaan lukien luontaisesti esiintyvät (surfaktantti ja komplementin komponentit) ja indusoidut immunoglobuliinit. Immuunipuutostiloja, joissa bakteeri-infektioita esiintyy usein, ovat muun muassa hypogammaglobulinaemia, krooninen granulomatoottinen sairaus ja primaarinen ciliary dyskinesia. Jokainen näistä tiloista havainnollistaa synnynnäisen ja adaptiivisen immuunijärjestelmän vammautuneen osan keskeistä roolia alempien hengitysteiden steriiliyden ylläpitämisessä.