- Empiirisesti määritettyjen kolmiulotteisten mallien ensisijaiset tietokannat
- Rakennetietokannat
- Rakenteiden luokittelutietokannat
- Erikoistuneet rakennetietokannat
- Teoreettisesti määriteltyjen kolmiulotteisten molekyylien rakennetietokannat
- Teoreettisesti määriteltyjen kolmiulotteisten rakenteiden rakennetietokannat
- Rakenteiden luokittelun ja luokittelun teorian teorian teorian teorian mukaan.D Models
- Primary Databases of Empirically Determined 3-D Models
- Seuraavat (johdetut) rakennetietokannat
- Rakenneluokitustietokannat
- Erikoistuneet rakennetietokannat
- Seuraavat tietokannat keskittyivät tiettyihin proteiiniperheisiin tai muihin biologisiin makromolekyyleihin ja sisältävät wwPDB:stä johdettua rakennetietoa.
- Teoreettisesti määritettyjen kolmiulotteisten mallien tietokannat
- Seuraaviin tietokantoihin on koottu vertailevan mallintamisen avulla laskettuja proteiinien kolmiulotteisia malleja. Ennen kuin aloitat oman vertailevan mallinnuksen projektisi, kokeile näitä tietokantoja.
- avaa uudessa ikkunassaRCSB PDB (USA)
- MSD-EBI (Eurooppa)
- avaa uudessa ikkunassaPDBj (Japani)
| open in new windowBMRB |
BioMagResBank. Arkisto biomolekyylien NMR-spektroskopiasta saataville tiedoille. BMRB on osa wwPDB:tä. Koordinaatit ja rajoitustiedot julkaisee PDB, kun taas muut NMR-spektritiedot (kuten kemialliset siirtymät, kytkentävakiot ja relaksaatioparametrit) arkistoi BMRB.
|
|||
|---|---|---|---|---|
| avata uudessa ikkunassaCSD |
The Cambridge Structural Database. Kaupallinen pienten orgaanisten molekyylien kiderakenteiden arkisto, mukaan lukien lyhyet polypeptidit ja polysakkaridit (WIS-lisensoitu CSD)
|
|||
| avata uudessa ikkunassaNDB |
Nukleiinihappojen rakennetiedon arkisto. Rakenteet on arkistoitu sekä wwPDB:hen että NDB:hen.
|
|||
| avaa uudessa ikkunassawwPDB |
WwwPDB |
Yleismaailmallinen proteiinidatapankki (engl. worldwide Protein Data Bank, wwPDB) on kansainvälisesti tunnustettu yksittäinen arkisto kaikille julkaistuille makromolekyylien kolmiulotteisille rakenteille, jotka on määritetty empiirisesti. PDB-arkistoon pääsee seuraavien portaalien kautta: |
||
| Hälytykset | ||||
| avaa uudessa ikkunassaPDBalert | Automaattinen järjestelmä, joka ilmoittaa käyttäjille heti, kun PDB-rakenne, jolla on homologiaa kiinnostavan proteiinin kanssa, tulee saataville | |||
| soaPDB | Web-työkalu tallennettujen PDB-hakujen luomiseen ja organisointiin, mukaan lukien automaattiset sähköpostihälytykset | |||
avaa uudessa ikkunassaSeqAlert  |
Automaattinen järjestelmä, joka hälyttää käyttäjiä heti, kun PDB-rakenne, jolla on homologiaa kiinnostavaan proteiiniin, tulee saataville | |||
| Jena Library | Tietokanta pyrkii integroimaan PDB:ssä olevia rakennemalleja koskevia tietoja painottaen visualisointia ja analysointia. |
|---|---|
| avaa uudessa ikkunassaMMDB | NCBI:n Entrez 3-D-rakennetietokanta. NCBI on linkittänyt rakennetietoja ristiin bibliografisiin tietoihin, sekvenssitietokantoihin ja NCBI:n taksonomiaan. Se sisältää työkaluja sekvenssin ja rakenteen visualisointiin (Cn3D). |
| avaa uudessa ikkunassaOCA |
OCA, selaintietokanta proteiinien rakenteesta/toiminnasta. OCA integroi tietoja useista open in new windows -lähteistä painottaen sekvenssi-rakenne-toimintatietoa. |
| open in new windowPDBsum | PDBsum on kuvatietokanta, joka tarjoaa yhdellä silmäyksellä yleiskuvan jokaisen PDB:hen talletetun 3D-rakenteen sisällöstä. Siinä näkyvät rakenteen muodostavat molekyylit (eli proteiiniketjut, DNA, ligandit ja metalli-ionit) sekä kaavamaiset kaaviot niiden vuorovaikutuksista. |
| PDBWiki | Yhteisön kommentoima tietopohja biologisista molekyylirakenteista ja niihin liittyvästä tiedosta. |
| avaa uudessa ikkunassaProteopedia |
Collaborative wiki encyclopedia of proteins and other macromolecules structures. Proteopedia sisältää sivun jokaiselle wwPDB:n merkinnälle sekä käyttäjien tekemiä interaktiivisia sivuja, joiden tarkoituksena on esittää rakenne/toimintatietoa käyttäjäystävällisellä tavalla laajalle tieteelliselle yleisölle. Proteopediassa käytetään helppokäyttöistä kohtausten kirjoitustyökalua. |
| CATH |
Hierarkkinen luokittelutietokanta
|
|---|---|
| avata uudessa ikkunassaSCOP |
Hierarkkinen luokittelutietokanta
|
| avata uudessa ikkunassaDali-tietokanta |
Rakenteeseen perustuva luokitus-structure alignment of proteins
|
| TOPS |
Proteiinien topologioiden tietokanta
|
| avata uudessa ikkunassaAmyPDB | Amyloidiproteiinit, |
|---|---|
| avata uudessa ikkunassaAntibodies | Sytokromi P450 |
| avata uudessa ikkunassaCAZy | Hiilihydraattiaktiivinen. entsyymit |
| CyBase | Sykliset proteiinit |
| avaa uudessa ikkunassaCYPED | |
| avaa uudessa ikkunassaEC→PDB | Enzymes |
| avata uudessa ikkunassaESTHER | Alpha/beta hydrolases homologous to cholinesterases |
| avata uudessa ikkunassaEyeSite | Proteiinit, jotka toimivat silmässä |
| avata uudessa ikkunassaGLYCO3D | Hiilihydraatit, Lektiinit, glykosyylitransferaasit, Gag sitovat proteiinit |
| GlycoSuite | Glykaanit |
| glycoSCIENCE | |
| avata uudessa ikkunassaGPCRDB | G-proteiinien-coupled receptors |
| avata uudessa ikkunassaHIV Structural Database | |
| avata uudessa ikkunassaHMPDb | Human mitochondrial proteins |
| avata uudessa ikkunassaHMPDb | Human mitochondrial proteins | avata uudessa ikkunassa. uusi ikkunaHmrbase | Hormonit |
| avata uudessa ikkunassaHomeodomain Resource | |
| avata uudessa ikkunassaKNOTIN | |
| avata uudessa ikkunassaLS-SNP/PDB | Annotated non-synonyymiset SNP:t kartoitettu PDB-rakenteisiin |
| MEROPS | Peptidaasit |
| MDB | Metalloproteiinit |
| MemPro | Membraaniproteiinit |
| MPDB | Membraan. proteiinit |
| RNA FRABASE | |
| SAAPdb | Kartoitus SNP:t ja patogeeniset poikkeamat (PD) proteiinien rakennetietoihin |
| SDAP | Allergeeniset proteiinit |
| EF-Hand | |
Teoreettisesti määritettyjen kolmiulotteisten mallien tietokannat
Seuraaviin tietokantoihin on koottu vertailevan mallintamisen avulla laskettuja proteiinien kolmiulotteisia malleja. Ennen kuin aloitat oman vertailevan mallinnuksen projektisi, kokeile näitä tietokantoja.
Automaattiset laskelmat ModPipe-ohjelmalla
Mallien rakenteet eri resursseista (CSMP, JCSG, MCSG, NESG, NYSGXRC, JCMM, ModBase, SWISS-MODEL Repository)
Automaattiset laskutoimitukset SWISS_MODELilla