MG-potilaiden ennuste on yleensä hyvä. Lieviä MG-tapauksia ei useinkaan kannata hoitaa. Hoito edellyttää sellaisten lääkkeiden välttämistä, jotka voivat huonontaa neuromuskulaarista transmissiota, kuten aminoglykosidiantibiootit, kinoloniantibiootit, beetasalpaajat, klorokiini, rytmihäiriölääkkeet, kalsiumkanavan salpaajat, jotkin kouristuslääkkeet ja laskimonsisäistä jodikontrastia on vältettävä.
MG:n kulku on tyypillisesti vaihteleva, ja diplopian ja ptoosin esiintymistiheyteen vaikuttavat ympäristölliset, emotionaaliset ja fyysiset tekijät, kuten kirkas auringonvalo, stressi, virustauti, kuukautiset, raskaus jne. Spontaania remissiota voi esiintyä millä tahansa potilaalla ja se voi jatkua vuosia. Tutkimuksessa, jossa tutkittiin yleistyneen MG:n luonnollista taudinkulkua 168 potilaan keskuudessa (keskimääräinen seuranta-aika oli 12 vuotta), 14 %:lla todettiin täydellinen remissio.
Potilaita, joilla on lievä tai keskivaikea okulaarinen myastenia, hoidetaan aluksi tavallisesti suun kautta otettavilla antikoliiniesteraasilääkkeillä, joista yleisimmin käytetyin on Mestinon (pyridostigmiini). Näillä aineilla ei ole tehty satunnaistettuja kliinisiä tutkimuksia, ja tämä hoito on usein epäonnistunut erityisesti diplopian poistamisessa. Tämän jälkeen aloitetaan immunosuppressiivinen hoito, ja valittu aine on yleensä prednisoni. Pienessä kontrolloidussa tutkimuksessa tämä lääke osoitti suurempaa tehoa kuin pyridostigmiini. Steroidihoito on kiistanalainen, mutta erään toisen tutkimuksen tulokset viittaavat siihen, että prednisoni vähentää yleistyneen MG:n kehittymistä. Krooniseen kortikosteroidihoitoon yleisesti liittyvien haittavaikutusten vuoksi ei ole olemassa yhtä ainoaa suositeltua annosteluohjelmaa, ja potilaita on vaikea vieroittaa steroideista ilman oireiden pahenemista. Vaste prednisonihoitoon on vaihteleva.
Lisäksi MG-potilaat on tutkittava kateenkorvan varalta, ja jos kateenkorvan varalta löytyy kateenkorva, heidät on leikattava tämän tilan korjaamiseksi. Ennaltaehkäisevä tymektomia on kiistanalainen, mutta sen on osoitettu olevan hyödyllinen nuorilla MG-potilailla, joilla on akuutti tauti kolmen vuoden kuluessa taudin puhkeamisesta, potilailla, joilla kateenkorvan rauhaset ovat suurentuneet ja joille leikkaus on vähäriskinen, sekä potilailla, joilla on yleistynyt MG ja jotka eivät reagoi lääkehoitoon.
Oireisiin, jotka johtuvat MG:n aiheuttamasta silmäsairaudesta, voidaan puuttua myös muin kuin lääkkeellisin keinoin. Ptoosia voidaan korjata asettamalla kainalosauvoja silmälaseihin ja ptoositeipillä silmäluomien roikkumisen kohottamiseksi. Diplopiaa voidaan korjata peittämällä silmät silmälappusilla, himmeällä linssillä, peittävillä piilolinsseillä tai yksinkertaisesti asettamalla läpinäkymätön teippi silmälasien osan päälle. Diplopiaa sairastavan potilaan silmälaseihin voidaan kiinnittää myös muovisia prismoja (Fresnelin prismoja), jotka mahdollistavat molempien silmien näön kohdistamisen kyseiseen suuntaan, mutta ne ovat usein ongelmallisia, jos lihasheikkouden aste ja siten silmien virheasento vaihtelee usein.