Presidenttikausi ja vihanpito Jacksonin kanssa
Presidentti Monroen toisen virkakauden lähestyessä loppuaan vuonna 1824 hänen virallisten neuvonantajiensa, joista kolme – ulkoministeri John Quincy Adams, sotaministeri John C. Calhoun ja valtiovarainministeri William H. Crawford – tavoittelivat hänen seuraajakseen, välillä ei ollut hyvää mieltä. Myös edustajainhuoneen puhemies Henry Clay ja kenraali Andrew Jackson olivat ehdolla. Calhoun oli ehdolla varapresidentiksi. Neljästä muusta ehdokkaasta Jackson sai 99 valitsijamiesääntä presidentiksi, Adams 84, Crawford 41 ja Clay 37. Koska kenelläkään ei ollut enemmistöä, päätöksen teki edustajainhuone, joka rajoittui valinnassaan kolmeen eniten ääniä saaneeseen ehdokkaaseen. Clay, joka oli jo vuosia suhtautunut Jacksoniin sensuroivasti, antoi äänensä Adamsille, jonka valinta varmistui jo ensimmäisessä äänestyksessä. Muutamaa päivää myöhemmin Adams tarjosi Claylle ulkoministerin virkaa, jonka tämä otti vastaan. Jacksonin kannattajat syyttivät ”korruptoituneesta kaupasta” ja muuttivat Adamsin virkakauden nelivuotiseksi kampanjaksi, jolla he pyrkivät voittamaan miehelleen sen, mitä he pitivät tämän oikeutettuna paikkana, eli presidentin viran.
Tähän asti Adamsin ura oli ollut lähes tasaisen menestyksekäs, mutta hänen presidenttikautensa (1825-29), jonka aikana maa vaurastui, oli suurimmaksi osaksi poliittinen epäonnistuminen jacksonilaisten kiihkeän vastarinnan vuoksi. Adams työskenteli ahkerasti, nousi aamulla neljän ja kuuden välillä ja kävi usein ennen aamiaista kävelyllä ympäri kaupunkia tai uimassa Potomac-joessa. Kerran hän melkein hukkui, kun hänen puseronsa hihat täyttyivät vedellä ja painoivat hänet alas. Mutta hän tiesi, ettei hän ollut kansan mies. Hän oli myöntänyt virkaanastujaispuheessaan, että hänellä oli ”vähemmän teidän luottamustanne… kuin kenelläkään edeltäjistäni”. Hän kannatti muiden tulevaisuuteen suuntautuneiden ehdotusten ohella kansallisen yliopiston ja kansallisen tähtitieteellisen observatorion perustamista; hän toivoi, että liittovaltion hallitus säilyttäisi läntiset alueet ja että niitä kehitettäisiin vain vähitellen; ja hän ehdotti maan teiden laajaa laajentamista liittovaltion tuella. Kongressi suhtautui yleisesti ottaen kuuroin korvin hänen aloitteisiinsa.
Kongressin kirjasto, Washington, D.C. (jäljennösnumero LC-DIG-det-4a31347)
Jackson valittiin vuonna 1828 presidentiksi Adamsin sijasta 178 valitsijamiesäänellä Adamsin 83 ääntä vastaan. Jacksonin hallinnon aikana hänen ja Adamsin kannattajien välille kehittyi sovittamattomia erimielisyyksiä, ja jälkimmäiset tulivat tunnetuiksi kansallisina republikaaneina, jotka yhdessä antimuurarien kanssa olivat whigien edeltäjiä. Adamsin voimakas vastenmielisyys Jacksonia ja sitä kohtaan, mitä hän edusti, säilyi ennallaan. Kun Harvard College myönsi Jacksonille vuonna 1833 kunniatohtorin arvonimen, Adams kieltäytyi osallistumasta alma materinsa seremoniaan. Hän vakuutti, ettei hän ”haluaisi olla läsnä todistamassa häpeää, kun sen korkeimmat kunnianosoitukset annetaan barbaarille, joka ei osannut kirjoittaa kieliopillista lausetta ja joka tuskin osasi kirjoittaa omaa nimeään.”
Adams oli vetäytynyt yksityiselämään vuonna 1829 Massachusettsin Quincyn kaupunkiin, mutta vain lyhyeksi aikaa; vuonna 1830 hänet valittiin suurelta osin vapaamuurarien vastaisen liikkeen (alun perin vapaamuurariuden vastaisesti muodostetun poliittisen voiman) kannattamiensa jäsenten tukemana kansalliseksi edustajainhuoneen jäseneksi. Kun hänelle ehdotettiin, että tämän viran vastaanottaminen alentaisi entisen presidentin asemaa, Adams vastasi, ettei ketään voi alentaa palvelemalla kansaa edustajana kongressissa tai kaupunkinsa valtuutettuna. Hän toimi edustajainhuoneessa vuodesta 1831 kuolemaansa asti vuonna 1848. Hän ei kuitenkaan ollut luopunut toiveistaan päästä uudelleen presidentiksi – olipa hän sitten vapaamuurarien vastaisen puolueen ehdokas (jossa hän oli hyvin aktiivinen niin kauan kuin puolueella oli poliittisia mahdollisuuksia) tai kansallisen republikaanisen puolueen tai molempien liiton tai jopa myöhemmän whig-puolueen ehdokas – omassa mielessään hän oli aina ”koko kansan mies”. Vähitellen nämä toiveet haihtuivat.