Keskustelua fylogeneettisistä sukulaisuussuhteista
Päällimmäisenä kysymyksenä nykyisten selkärankaisten osalta on, ovatko lamppusimput gnathostomeiden sisarryhmä vai särkikalojen. Jälkimmäisessä tapauksessa ei olisi mitään syytä erottaa selkärankaisia (Vertebrata) ja kraniata (Craniata) toisistaan, kuten aiemmin tehtiin. Vaikka lampareiden ja gnathostomeiden sisarryhmäsuhteesta on hyviä todisteita, useat eläintieteilijät kannattavat edelleen teoriaa, jonka mukaan syklostomit (lampareet, sillikalat) muodostavat kladin. Kun otetaan huomioon suuri määrä anatomista, fysiologista ja molekulaarista dataa, joka on nyt saatavilla näiden teorioiden testaamiseksi, voidaan odottaa lopullista johtolankaa lähitulevaisuudessa (keskustelua, ks. Craniata).
Kysymys lukuisten sukupuuttoon kuolleiden selkärankaisten ryhmien sukulaisuussuhteista on sitä vastoin kaukana ratkaisusta. Tämä koskee lähinnä paleotsooisia taksoneita, joita aiemmin kutsuttiin ”ostracodermoiksi”; toisin sanoen panssaroituja leuattomia kraniaattisia, jotka todennäköisesti ovat selkärankaisia ja joiden kaikkien katsotaan nykyään olevan läheisempää sukua gnathostomeille kuin lampareille.
Lähes koko 1800-luvun ajan tuolloin tunnettuja ”ostracodermioita” (ts. Heterostraci ja Osteostraci) pidettiin luisevina kaloina, kunnes Cope (1889) ehdotti, että ne sisällytettäisiin lamppujen ja särkikalojen kanssa taksoniin Agnatha (”leuattomat”). 1900-luvun alussa Kiaer (1924) ja Stensiö (1927) osoittivat, että Anaspida- ja Osteostraci-ryhmillä on lamppujen kanssa yhteinen keskimmäinen, selkäpuolella sijaitseva ”sieraimenaukko” (itse asiassa nasohypophysialinen aukko), ja he ehdottivat, että nämä kolme ryhmää sisällytettäisiin kladiin Cephalaspidomorphi. Lisäksi Stensiö (1927) ehdotti, että särkikalat ovat peräisin Heterostraci-heimosta ja ne olisi ryhmiteltävä niiden kanssa Pteraspidomorphi-kluokkaan. Tuolloin Agnathoja pidettiin kuitenkin kladina, jonka sisarryhmä oli Gnathostomata, kuten Stensiön (1927) kaavio havainnollistaa:
Tämä teoria implikoi viimeaikaisen ajan ”syklostomeiden” (särkikalojen ja lamppukalojen) difyyttistä alkuperää. Vaikka he hyväksyivät Cephalaspidomorphien monofylisuuden, useimmat paleontologit hylkäsivät Pteraspidomorphien monofylisuuden (särkikalat mukaan lukien). Sitä vastoin 1970-luvulle asti hyväksyttiin laajalti, että Heterostraci-lajit ovat läheisempää sukua tai esivanhempia kuin gnathostomit, pääasiassa siksi, että niillä ei ollut Cephalaspidomorphien erikoistumista ja että niillä oli parittaiset hajukapselit, kuten gnathostomilla. Kladistiikan yleistyessä 1970-luvun lopulla ja 1980-luvulla ja Løvtrupin (1977) ehdotettua, että nykyiset syklostomit olivat parafylisiä, julkaistiin useita puita, jotka kaikki osoittivat ”ostracodermit” (ja Agnathatat kokonaisuutena) parafylisiksi. Kaikki nämä puut viittasivat kuitenkin siihen, että lamppueläimet olivat menettäneet useita ominaispiirteitä, erityisesti parittaiset evät, mineralisoituneen luuston ja aistikanavat. Merkittävä muutos oli Gagnierin (1993) ensimmäinen tietokoneella luotu puu, jossa nämä käänteet vältettiin katsomalla, että kaikki ”ostracodermit” ovat läheisempää sukua gnathostomeille kuin lampareille tai särkikaloille. Myöhemmät analyysit (Forey & Janvier 1994, Janvier 1996b) vahvistivat pitkälti tämän fylogenian paremman parsimonian. Vaikka tiettyjen taksonien asemasta on eroja, Galeaspida- ja Osteostraci-lajit ryhmittyvät jatkuvasti Gnathostomeihin, kun taas Astraspida-, Eriptychiida-, Arandaspida- ja Heterostraci-lajit muodostavat kladin, Pteraspidomorphit, vaikkakin heikosti tuettuna. Yksi tämän puun seurauksista on se, että dorsaalinen nasohypofyysinen aukko (aiemmin Cephalaspidomorphi-suvun tunnusmerkki) joko esiintyi useammin kuin kerran tai se on yleinen selkärankaisten (Vertebrata) piirre.
Tässä puussa neljä fossiiliryhmää on sijoitettu kysymysmerkillä. Euconodontan, Anaspidan ja Pituriaspidan kohdalla tämä epävarmuus johtuu suurelta osin aineistosta saatavilla olevien merkkien vähäisyydestä (erityisesti sisäisen anatomian osalta). Thelodonttien tapauksessa se johtuu niiden kiistanalaisesta asemasta, sillä ne ovat todennäköisesti parafylaktinen kokonaisuus, joka koostuu Heterostracien kantamuodoista ja mahdollisesti muiden ”ostracodermiryhmien” kantamuodoista, mutta jotkin kirjoittajat pitävät niitä kuitenkin omana kladinaan (ks. Thelodonti-sivu).