Vaikka usein laiminlyödäänkin, ydinnäytteet rappeutuvat aina jossain määrin ydintä leikattaessa, käsiteltäessä ja tutkittaessa. Rikkoutumattomat tekniikat ovat yhä yleisempiä, esim. magneettikuvauksen käyttö rakeiden, huokosnesteiden, huokostilojen (huokoisuus) ja niiden vuorovaikutusten (jotka muodostavat osan läpäisevyydestä) karakterisoimiseksi, mutta tällaiset kalliit hienoudet menevät todennäköisesti hukkaan ytimessä, jota on ravisteltu jousittamattoman kuorma-auton kyydissä 300 kilometrin pituisen hiekkatien ajan. Se, mitä ytimille tapahtuu noutolaitteen ja lopullisen laboratorion (tai arkiston) välillä, on usein laiminlyöty osa kirjanpitoa ja ytimien hallintaa.
Ytimet on alettu tunnustaa tärkeäksi tietolähteeksi, ja yhä enemmän huomiota ja huolellisuutta kiinnitetään siihen, että ytimet eivät vaurioidu niiden kuljetuksen ja analysoinnin eri vaiheissa. Tavallinen tapa tehdä tämä on jäädyttää ydin kokonaan nestemäisellä typellä, joka on halvalla saatavissa. Joissakin tapauksissa käytetään myös erikoispolymeerejä säilyttämään ja istuttamaan/pehmustamaan ydintä vaurioilta.
Ytimenäyte, jota ei voida suhteuttaa asiayhteyteensä (siihen, missä se oli ennen kuin siitä tuli ytimenäyte), on menettänyt suuren osan hyödystään. Porausreiän tunnistaminen sekä ytimen sijainti ja suuntaus (”tie ylöspäin”) porausreiässä on ratkaisevan tärkeää, vaikka porausreikä olisi puunrungossa – dendrokronologit pyrkivät aina sisällyttämään näytteisiinsä kuoren pinnan, jotta puun viimeisimmän kasvun ajankohta voidaan määrittää yksiselitteisesti.
Jos nämä tiedot irtoavat ytimenäytteistä, niitä on yleensä mahdotonta saada takaisin. Ydinleikkauksen kustannukset voivat vaihdella muutamasta rahayksiköstä (käsin poimittu ydin pehmeästä maaperäosasta) kymmeniin miljooniin rahayksiköihin (monta kilometriä syvältä kaukana merellä sijaitsevasta offshore-porausreiästä otetut sivuseinämäydinnäytteet). Tällaisten perustietojen riittämätön kirjaaminen on pilannut molempien ydintyyppien käyttökelpoisuuden.
Eri tieteenaloilla on erilaiset paikalliset käytännöt näiden tietojen kirjaamiseksi, ja käyttäjän tulisi perehtyä oman alueensa käytäntöihin. Esimerkiksi öljyteollisuudessa ytimen suuntaus kirjataan tyypillisesti merkitsemällä ydin kahdella pitkittäisellä väriviivalla, joista punainen on oikealla, kun ydintä nostetaan ja merkitään pinnalla. Mineraalien louhintaa varten leikatuilla ytimillä voi olla omat, erilaiset käytäntönsä. Maa- ja vesirakentamisessa tai maaperätutkimuksissa voi olla omat, erilaiset käytäntönsä, koska niiden materiaalit eivät useinkaan ole riittävän päteviä pysyvien merkintöjen tekemiseen.
Yleistä on tulossa yhä yleisempiä, että ydinnäytteet säilytetään sylinterinmuotoisissa pakkauksissa, jotka ovat osa ydinkivien leikkauslaitteistoa, ja näihin ”sisätynnyreihin” tehdään tallennusmerkinnät maastossa ennen jatkokäsittelyä ja analyysiä laboratoriossa. Joskus ydinaines kuljetetaan kentältä laboratorioon yhtä pitkänä kuin se tulee maasta; toisinaan se leikataan kuljetusta varten vakiopituuksiksi (5 m tai 1 m tai 3 ft) ja kootaan sitten uudelleen laboratoriossa. Jotkin ”sisäpiippu”-järjestelmät voidaan kääntää ydinnäytteessä toisin päin, jolloin laboratoriossa näyte menee ”väärin päin”, kun ydin kootaan uudelleen. Tämä voi vaikeuttaa tulkintaa.
Jos porausreiästä on tehty petrofysikaalisia mittauksia seinämän kivistä ja nämä mittaukset toistetaan pitkin ydintä ja nämä kaksi tietoaineistoa suhteutetaan toisiinsa, havaitaan lähes aina, että tietyn ydinkappaleen syvyys eroaa kahden mittausmenetelmän välillä. Tällöin siitä, kumpaa mittaussarjaa uskotaan, tulee asiakkaan kannalta poliittinen kysymys (teollisessa ympäristössä) tai suuri kiistakysymys (tilanteessa, jossa ei ole ylivoimaista auktoriteettia). Jos kirjataan, että jostain syystä on olemassa eroavaisuuksia, säilytetään mahdollisuus korjata virheellinen päätös myöhemmin; ”virheellisten” syvyystietojen tuhoaminen tekee virheen korjaamisen myöhemmin mahdottomaksi. Kaikki tietojen ja ydinnäytteiden säilyttämis- ja arkistointijärjestelmät on suunniteltava siten, että tällaiset eriävät mielipiteet voidaan säilyttää.
Jos kampanjan ydinnäytteet ovat päteviä, on yleinen käytäntö, että ne leikataan laboratoriokäsittelyn alkuvaiheessa kahteen tai useampaan näytteeseen pituussuunnassa niin, että yksi näytesarja voidaan arkistoida analyysin alkuvaiheessa suojautuen käsittelyssä tapahtuvilta virheiltä. ”Ytimen jakaminen 2/3- ja 1/3-sarjaan on yleistä. On myös tavallista, että yksi sarja jää pääasiakkaalle, kun taas toinen sarja menee hallitukselle (joka usein asettaa tällaisen lahjoituksen ehdoksi etsintä- tai hyödyntämisluvan myöntämiselle). ”Slabbingin” etuna on myös tasaisen, sileän pinnan valmistaminen profiilin läpäisevyyden tutkimista ja testaamista varten, mikä on paljon helpompi työstää kuin ydinnäytteiden tyypillisesti karhea, kaareva pinta, kun näytteet tulevat juuri ydintutkimuslaitteistosta. Raakojen ja ”slabbed” -sydänten pintojen valokuvaaminen on rutiininomaista, usein sekä luonnollisessa että ultraviolettivalossa.
Merenpohjan sydänten kirjallisuudessa toisinaan käytetty pituusyksikkö on cmbsf, joka on lyhenne sanoista senttimetriä merenpohjan alapuolella.