Bien que souvent négligés, les échantillons de carotte se dégradent toujours dans une certaine mesure au cours du processus de coupe de la carotte, de sa manipulation et de son étude. Les techniques non destructives sont de plus en plus courantes, par exemple l’utilisation de l’IRM pour caractériser les grains, les fluides interstitiels, les espaces interstitiels (porosité) et leurs interactions (constituant une partie de la perméabilité) mais une telle subtilité coûteuse est probablement gaspillée sur une carotte qui a été secouée sur un camion non suspendu pendant 300 km de chemin de terre. Ce qui arrive aux carottes entre l’équipement de récupération et le laboratoire final (ou les archives) est une partie souvent négligée de la tenue des dossiers et de la gestion des carottes.
Les carottes sont désormais reconnues comme une source importante de données, et on accorde plus d’attention et de soin à la prévention des dommages aux carottes pendant les différentes étapes de leur transport et de leur analyse. La façon habituelle de procéder consiste à congeler complètement la carotte à l’aide d’azote liquide, que l’on peut se procurer à bon marché. Dans certains cas, des polymères spéciaux sont également utilisés pour préserver et asseoir/coussiner la carotte contre les dommages.
De même, un échantillon de carottage qui ne peut pas être relié à son contexte (où il se trouvait avant de devenir un échantillon de carottage) a perdu beaucoup de son avantage. L’identification du trou de forage, et la position et l’orientation (« way up ») de la carotte dans le trou de forage est critique, même si le trou de forage est dans un tronc d’arbre – les dendrochronologues essaient toujours d’inclure une surface d’écorce dans leurs échantillons afin que la date de croissance la plus récente de l’arbre puisse être déterminée sans ambiguïté.
Si ces données sont séparées des échantillons de carottes, il est généralement impossible de les récupérer. Le coût d’une opération de carottage peut varier de quelques unités monétaires (pour une carotte prélevée à la main dans une section de sol meuble) à des dizaines de millions d’unités monétaires (pour des carottes de paroi latérale provenant d’un forage offshore situé dans une zone éloignée, à plusieurs kilomètres de profondeur). L’enregistrement inadéquat de ces données de base a ruiné l’utilité des deux types de carottes.
Différentes disciplines ont différentes conventions locales d’enregistrement de ces données, et l’utilisateur doit se familiariser avec les conventions de sa région. Par exemple, dans l’industrie pétrolière, l’orientation de la carotte est généralement enregistrée en marquant la carotte avec deux stries longitudinales de couleur, la rouge étant à droite lorsque la carotte est récupérée et marquée à la surface. Les carottes coupées pour l’exploitation minière peuvent avoir leurs propres conventions, différentes. Le génie civil ou les études de sol peuvent avoir leurs propres conventions, différentes, car leurs matériaux ne sont souvent pas assez compétents pour faire des marques permanentes dessus.
Il est de plus en plus courant de conserver les carottes dans un emballage cylindrique qui fait partie de l’équipement de carottage, et de faire les marques d’enregistrement sur ces « barils intérieurs » sur le terrain avant le traitement et l’analyse en laboratoire. Parfois, les carottes sont expédiées du terrain au laboratoire aussi longues qu’elles sortent du sol ; d’autres fois, elles sont coupées en longueurs standard (5 m ou 1 m ou 3 pi) pour l’expédition, puis réassemblées au laboratoire. Certains systèmes à « barillet interne » peuvent être inversés sur l’échantillon de carotte, de sorte qu’au laboratoire, l’échantillon se présente « à l’envers » lorsque la carotte est réassemblée. Cela peut compliquer l’interprétation.
Si le forage fait l’objet de mesures pétrophysiques des roches de paroi, et que ces mesures sont répétées sur la longueur de la carotte puis que les deux ensembles de données sont corrélés, on constatera presque universellement que la profondeur « d’enregistrement » pour un morceau de carotte particulier diffère entre les deux méthodes de mesure. Le choix de l’ensemble des mesures à croire devient alors une question de politique pour le client (dans un contexte industriel) ou une question très controversée (dans un contexte sans autorité prépondérante). Enregistrer qu’il y a des divergences, quelle qu’en soit la raison, conserve la possibilité de corriger une décision incorrecte à une date ultérieure ; détruire les données de profondeur « incorrectes » rend impossible la correction d’une erreur ultérieure. Tout système de conservation et d’archivage des données et des carottes doit être conçu de manière à ce que les opinions dissidentes comme celle-ci puissent être conservées.
Si les carottes d’une campagne sont compétentes, il est courant de les « slaber » – couper l’échantillon en deux ou plusieurs échantillons longitudinalement – assez tôt dans le traitement en laboratoire afin qu’un ensemble d’échantillons puisse être archivé tôt dans la séquence d’analyse comme une protection contre les erreurs de traitement. « Il est courant de découper la carotte en deux ensembles, un 2/3 et un 1/3. Il est également courant qu’un jeu soit conservé par le client principal tandis que le second jeu est remis au gouvernement (qui impose souvent une condition à ce don comme condition de l’obtention d’une licence d’exploration/exploitation). Le « slabbing » présente également l’avantage de préparer une surface plane et lisse pour l’examen et le test de perméabilité du profil, ce qui est beaucoup plus facile à travailler que la surface généralement rugueuse et incurvée des échantillons de carottes lorsqu’ils sortent de l’équipement de carottage. La photographie des surfaces de carottes brutes et « slabbed » est une routine, souvent sous lumière naturelle et ultra-violette.
Une unité de longueur utilisée occasionnellement dans la littérature sur les carottes de fond marin est le cmbsf, une abréviation pour centimètres sous le fond de la mer.