Bases de données primaires de modèles 3-D déterminés empiriquement
| ouvrir dans une nouvelle fenêtreBMRB |
BioMagResBank. Un référentiel pour les données issues de la spectroscopie RMN sur les biomolécules. La BMRB fait partie de la wwPDB. Les coordonnées et les données de contrainte sont libérées par la PDB tandis que les autres données spectrales RMN (telles que les déplacements chimiques, les constantes de couplage et les paramètres de relaxation) sont archivées par la BMRB.
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| ouvrir dans une nouvelle fenêtreCSD |
The Cambridge Structural Database. Dépôt commercial de structures cristallines de petites molécules organiques, y compris de courts polypeptides et polysaccharides (CSD sous licence WIS)
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| ouvrir une nouvelle fenêtreNDB |
Dépôt d’informations structurelles sur les acides nucléiques. Les structures sont archivées à la fois dans la wwPDB et dans la NDB.
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| ouvrir dans une nouvelle fenêtrewwPDB |
La banque mondiale de données sur les protéines (wwPDB) est le dépôt unique internationalement reconnu de toutes les structures tridimensionnelles macromoléculaires publiées déterminées empiriquement. L’archive PDB est accessible via les portails suivants :
- ouvrir dans une nouvelle fenêtreRCSB PDB (USA)
- MSD-EBI (Europe)
- ouvrir dans une nouvelle fenêtrePDBj (Japon)
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| Alerts |
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ouvrir dans une nouvelle fenêtrePDBalert |
Système automatique qui avertit les utilisateurs dès que les données sont disponibles. système qui alerte les utilisateurs dès qu’une structure PDB présentant une homologie avec une protéine d’intérêt devient disponible |
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soaPDB |
Outil web pour la génération et l’organisation de recherches PDB enregistrées, y compris des alertes automatiques par courriel |
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ouvrir dans une nouvelle fenêtreSeqAlert  |
Système automatique qui alerte les utilisateurs dès qu’une structure PDB présentant une homologie avec une protéine d’intérêt devient disponible |
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Bases de données structurelles apparentées (dérivées)
| Jena Library |
La base de données vise à intégrer les informations concernant les modèles structurels de la PDB en mettant l’accent sur la visualisation et l’analyse. |
| ouvrir dans une nouvelle fenêtreMMDB |
La base de données de structure 3-D Entrez du NCBI. Le NCBI a établi des liens croisés entre les données structurelles et les informations bibliographiques, les bases de données de séquences et la taxonomie du NCBI. Il inclut des outils de visualisation des séquences et des structures (Cn3D). |
| ouvrir dans une nouvelle fenêtreOCA |
OCA, un navigateur-base de données pour la structure/fonction des protéines. OCA intègre les données de plusieurs open in new windowsources en mettant l’accent sur les informations séquence-structure-fonction. |
| ouvrir dans une nouvelle fenêtrePDBsum |
Le PDBsum est une base de données imagée qui donne un aperçu du contenu de chaque structure 3D déposée dans la PDB. Elle montre la ou les molécules qui composent la structure (c’est-à-dire les chaînes de protéines, l’ADN, les ligands et les ions métalliques) et les diagrammes schématiques de leurs interactions. |
| PDBWiki |
Base de connaissances annotée par la communauté des structures moléculaires biologiques et des informations connexes. |
| ouvrir dans une nouvelle fenêtreProteopedia |
Encyclopédie wiki collaborative des structures des protéines et autres macromolécules. Proteopedia contient une page pour chaque entrée de la wwPDB, ainsi que des pages interactives faites par les utilisateurs qui visent à présenter des informations sur la structure/fonction d’une manière conviviale à un large public scientifique. Proteopedia utilise un outil de création de scènes facile à utiliser. |
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Bases de données de classification structurelle
| CATH |
Base de données de classification hiérarchique
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| Ouvrir une nouvelle fenêtreSCOP |
Base de données de classification hiérarchique
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| Ouvrir une nouvelle fenêtreLa base de données Dali |
Classification des plis basée sur l’alignement structure-.structure des protéines
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| TOPS |
Base de données des topologies protéiques
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Bases de données structurelles spécialisées
Les bases de données suivantes se sont concentrées sur des familles de protéines spécifiques ou d’autres macromolécules biologiques et comprennent des informations structurelles dérivées de la wwPDB.
| ouvrir une nouvelle fenêtreAmyPDB |
Protéines amyloïdes, |
| ouvrir une nouvelle fenêtreAnticorps |
Cytochrome P450 |
| ouvrir une nouvelle fenêtreCAZy |
Enzymes actives sur les glucides enzymes |
| CyBase |
Protéines cycliques |
| ouvrir une nouvelle fenêtreCYPED |
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| ouvrir dans une nouvelle fenêtreEC→PDB |
Enzymes |
| ouvrir dans une nouvelle fenêtreESTHER |
Alpha/beta hydrolases homologues aux cholinestérases |
.
| ouvrir une nouvelle fenêtreEyeSite |
Protéines qui fonctionnent dans l’oeil |
| ouvrir une nouvelle fenêtreGLYCO3D |
Hydrocarbures, Lectines, Glycosyltransférases, protéines de liaison au Gag |
| GlycoSuite |
Glycanes |
| glycoSCIENCE |
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| ouvrir une nouvelle fenêtreGPCRDB |
récepteurs couplés aux protéines G |
ouvrir une nouvelle fenêtreGPCRDB |
récepteurs couplés aux protéines G |
.couplées à la protéine G |
| ouvrir une nouvelle fenêtreBase de données structurelles du VIH |
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| ouvrir une nouvelle fenêtreHMPDb |
Protéines mitochondriales humaines |
| ouvrir une nouvelle fenêtreHmrbase |
Hormones |
| ouvrir une nouvelle fenêtreHomeodomain Resource |
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| ouvrir une nouvelle fenêtreKNOTIN |
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| ouvrir une nouvelle fenêtreLS-SNP/PDB |
Notation des SNP non synonymessynonymes annotés et cartographiés aux structures PDB |
| MEROPS |
Peptidases |
| MDB |
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Métalloprotéines |
| MemPro |
Protéines membranaires |
| MPDB |
Protéines membranaires membranaires |
| RNA FRABASE |
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| SAAPdb |
Cartographie des SNP et des déviations pathogènes déviations (PD) aux données structurelles des protéines |
| SDAP |
Protéines allergènes |
| EF-.Main |
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Bases de données de modèles 3-D déterminés théoriquement
Les bases de données suivantes comprennent des modèles 3-D de protéines calculés par modélisation comparative. Avant de commencer votre propre projet de modélisation comparative, essayez ces bases de données.
ouvrir dans une nouvelle fenêtreMODBASE |
Calculs automatiques avec ModPipe
ouvrir dans une nouvelle fenêtrePMP |
Modèles de structures provenant de différentes ressources (CSMP, JCSG, MCSG, NESG, NYSGXRC, JCMM, ModBase, SWISS-MODEL Repository)
ouvrir une nouvelle fenêtreSWISS MODEL Repository |
Calculs automatiques avec SWISS_MODEL
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