Administrativement, le désert occidental est divisé entre différents gouvernorats ; au nord et à l’ouest, le gouvernorat de Matrouh administre la zone allant de la Méditerranée au sud jusqu’à environ 27*40′ de latitude nord, et le gouvernorat de la Nouvelle Vallée de là à la frontière soudanaise, tandis qu’à l’est, des parties du désert occidental se trouvent dans les gouvernorats de Gizeh, Fayyum, Beni Suef et Minya.
La région est décrite par un auteur comme « un plateau se dressant en moyenne à quelque 500 pieds au-dessus du niveau de la mer, stérile, parsemé de gravats et de rochers, de couleur brun foncé, occasionnellement parsemé de broussailles, et, à première vue, plat ». Il déclare également que peu de choses dans la région correspondent à « l’image romantique… le paysage hollywoodien de dunes formées par le vent avec des oasis occasionnelles bordées de palmiers » (bien que de telles zones existent dans la Mer de sable où les dunes sont sculptées dans des formes fantastiques) ; la région est également l’emplacement d’une série d’oasis créées là où la terre s’incline suffisamment pour rencontrer l’aquifère. Celles-ci s’étendent en arc de cercle de Siwa au nord-ouest, près de la frontière libyenne, à Bahariya, Farafra, Dakhla, puis Kharga au sud. À l’est de Siwa se trouve la dépression de Qattara, une zone de basse altitude parsemée de marais salants et s’étendant sur 310 km d’ouest en est et 135 km du nord au sud. Plus à l’est, près du Nil, une autre dépression donne naissance à l’oasis de Fayyum, une zone fortement peuplée distincte de la vallée principale du Nil.
Au sud, au-delà de l’oasis de Bahariya se trouve le désert noir, une zone de collines volcaniques noires et de dépôts de dolérite. Au-delà, au nord de Farafra, se trouve le désert blanc, une zone de formations rocheuses crayeuses sculptées par le vent, qui donnent son nom à la région. Au sud de Kharga, le plateau s’élève vers le Gilf Kebir, une région de hautes terres située à cheval sur la frontière égypto-soudanaise et abritant des sites préhistoriques tels que la grotte des nageurs.
Au sud-ouest, près du point où les frontières de la Libye, du Soudan et de l’Égypte se rejoignent, se trouve une zone de verre du désert, qui aurait été formée par la frappe d’une météorite à Kebira, de l’autre côté de la frontière en Libye.
La Grande mer de sable est une zone de désert sablonneux à peu près en forme de poumon, située à cheval sur la frontière avec la Libye, à 320 km (200 mi) à l’intérieur des terres de la Méditerranée. La mer est divisée par une longue péninsule de désert rocheux le long de la frontière, laissant le lobe oriental en Égypte et l’occidental en Libye, où il est appelé le désert de Calanshio. Du côté égyptien, il s’étend d’un point situé au sud de Siwa sur 640 km (400 mi) dans l’intérieur des terres, jusqu’à un point situé au nord du Jebel Uweinat.