Profondément dans le désert de Chihuahuan, la région autour d’El Capitan est composée de montagnes accidentées et de salines balayées par le vent. Par conséquent, la plupart de la présence amérindienne dans les environs était centrée à environ 3 miles au sud-est d’El Capitan dans la zone aujourd’hui appelée Pine Springs. Oasis de sources, de suintements et de végétation, cette zone présente des preuves (dépôts de mescal, pétroglyphes, artefacts, etc.) d’une occupation humaine pendant plusieurs siècles. Plus récemment, la zone a été un foyer saisonnier pour les bandes des Apaches Mescalero, qui, régulièrement poussés vers le sud par les Comanches férocement expansionnistes au 18ème siècle, ont utilisé leur connaissance locale des sources et d’autres ressources rares pour se maintenir dans un environnement autrement difficile jusqu’au 19ème siècle, lorsque l’expansion et la colonisation anglophones ont mis fin à leur mode de vie délicatement équilibré.
Si l’expédition espagnole occasionnelle, comme celle d’Antonio de Espejo en 1582, s’est approchée de la région d’El Capitan, la présence anglo-européenne permanente dans la région date de la fin des années 1840, lorsque la région est officiellement devenue une partie des États-Unis après la victoire américaine dans la guerre mexicano-américaine. Désireuses de trouver une piste appropriée pour relier San Antonio à El Paso et, éventuellement, aux territoires américains éloignés de la côte Pacifique, un certain nombre d’expéditions ont pénétré dans les terres chaudes, sèches et dangereuses à l’ouest du Pecos, dans l’espoir de trouver une route potentielle pour les chariots, avec suffisamment de bois et d’eau pour permettre un voyage régulier. L’une de ces expéditions, dirigée par l’agent indien Robert S. Neighbors, se rendit à El Paso en 1849 au terme d’un voyage difficile qui nécessitait de traverser et de retraverser le Pecos et la Devil’s River, puis de survivre à la longue et sèche traversée des Davis Mountains jusqu’à El Paso. Déçu à l’idée de revenir par la même route, le groupe se dirigea vers l’est d’El Paso, vers les réservoirs Hueco et le col Guadalupe, qu’il espérait suivre jusqu’à une traversée établie de la rivière Pecos, près de la frontière actuelle entre le Texas et le Nouveau-Mexique, utilisée depuis longtemps par les Mexicains et les Amérindiens. Ayant réussi à atteindre la Pecos, Neighbors descendit rapidement la rivière et retourna à San Antonio, où il rapporta à ses supérieurs que cette route offrait une bonne eau à Hueco Tanks, du bon bois près des montagnes et un chemin facile à travers le col Guadalupe jusqu’à la Pecos. Cette route, connue sous le nom de route « supérieure », pour se distinguer de la route « inférieure » d’origine qui traversait Fort Davis et remontait le Rio Grande jusqu’à El Paso, devint rapidement populaire parmi les commerçants et les émigrants, leurs longs trains de chariots et de mules passant près de la face menaçante d’El Capitan. Ce trafic augmenta en 1858 lorsque la Butterfield Stagecoach commença à utiliser la route supérieure entre El Paso et le gué sur le Pecos appelé Pope’s Crossing, du nom de John Pope, l’officier de l’armée qui avait étudié le passage deux ans auparavant. Profitant de l’eau et du bois disponibles, la ligne de diligence a construit une station à Pinery, plus tard appelée Pine Springs, à 3 miles au sud-est d’El Capitan. Bien que cette station n’ait duré qu’un an avant que la route ne soit déplacée vers le sud pour se placer sous la protection des forts Stockton et Davis, la station de Pinery a continué à être utilisée par les soldats, les cargos et les émigrants longtemps après.
Pendant cette période, El Capitan a également été le témoin de la guerre du sel d’El Paso, une lutte violente entre les résidents mexicains-américains et les hommes d’affaires anglophones pour l’accès aux salines qui s’étendent à l’ouest de la base de la montagne. Connues depuis longtemps par les Apaches, les salines ont été identifiées pour la première fois par les Européens en 1692 par l’expédition de Diego de Vargas. Devenant rapidement une ressource locale importante, des générations de Mexicains et, plus tard, d’Américains d’origine mexicaine, ont bravé la piste chaude et dangereuse de quatre jours depuis San Elizario sur le Rio Grande jusqu’aux montagnes Hueco, puis vers l’est en direction d’El Capitan pour remplir leurs chariots du précieux sel. Tout cela a changé à la fin des années 1840, lorsque la région a commencé à connaître une plus grande présence anglophone. Alors que la loi et la tradition mexicaines considéraient les salines comme une propriété collective, la tradition américaine les considérait comme des terres non réclamées, qui pouvaient être revendiquées par tout citoyen et achetées comme une propriété privée. Dans les années 1870, les tentatives des hommes d’affaires locaux de revendiquer les salines se sont heurtées à une violente opposition des résidents locaux, pour qui le sel gratuit était un complément important à l’économie régionale de l’agriculture et de l’élevage. Le conflit a atteint son paroxysme en décembre 1877, lorsque Charles Howard, qui avait tenté de revendiquer les salines, et deux collègues ont été assassinés par une foule en colère. Cela a rapidement entraîné une violence généralisée à l’encontre des familles mexico-américaines locales, conduisant beaucoup d’entre elles à fuir au sud du Rio Grande. Lorsque la poussière est retombée, les salines avaient été revendiquées et les résidents locaux ont été contraints de payer pour le sel qui, pendant des siècles, avait été gratuit.
Au début des décennies du XXe siècle, une route praticable par tous les temps avait été construite entre El Paso et Carlsbad, au Nouveau-Mexique. Mise en service en 1928 sous le nom de U.S. Highway 62, la route a amené une nouvelle génération de visiteurs dans la région, en particulier après l’ouverture du parc national voisin de Carlsbad Caverns en 1930. Des décennies avant la création du parc national des monts Guadalupe, les voyageurs en voiture et en bus s’arrêtaient déjà sur les aires de repos en bord de route pour s’émerveiller devant les flancs abrupts d’El Capitan, prendre des photos et écrire des messages rapides au dos des cartes postales portant l’image de l’imposante montagne. Après plusieurs revers économiques, Williams vendit les terres en 1941 au juge J.C. Hunter de Van Horn, au Texas, un pétrolier prospère et un défenseur de l’environnement de la première heure dont le ranch des montagnes de Guadalupe comprenait finalement 75 000 acres de terres dans les Guadalupes, y compris des parties du McKittrick Canyon. Un des premiers défenseurs de la création d’un parc pour protéger les Guadalupes du sud, Hunter a fait campagne pendant plusieurs années jusqu’à sa mort en 1945. Héritant du désir de son père de voir la région protégée, tant pour sa beauté scénique que pour son importance géologique, le fils de Hunter, J.C. Hunter Jr, a travaillé avec les responsables du Service des parcs nationaux pour conclure un accord qui permettrait au Service des parcs d’acheter les terres pour en faire un parc national. Après un parcours tortueux entre les législateurs de l’État et fédéraux, les responsables du parc, les ingénieurs routiers, les propriétaires et les éleveurs locaux, la donation Hunter, qui comprenait El Capitan et Guadalupe Peak, a finalement été cédée au Service des parcs en 1969. Trois ans plus tard, le parc national des monts Guadalupe était officiellement ouvert, permettant l’accès du public à la région.