GO Terms Classifications Counter

CateGOrizer, précédemment connu sous le nom de « GO Terms Classifications Counter », est un outil web libre amélioré permettant aux utilisateurs d’analyser par lots des ensembles de données de termes GO en termes de classes GO qu’ils représentent. L’une des caractéristiques utiles de l’ontologie des gènes (GO) est qu’elle aide à décrire les hiérarchies de base des termes et les relations entre les termes dans le contexte de la biologie. C’est généralement une tâche ardue que de parvenir à une image claire de la manière dont un ensemble de termes GO est représenté par les catégories de gènes GO. Cet outil web simplifie le processus de raisonnement de la base de données en regroupant et en catégorisant les classes GO par rapport à une méthode de classification donnée telle que GO-Slim, en tirant parti de la relation pré-calculée des termes basée sur la fermeture transitive de la base de données GO. Cet outil est composé d’un ensemble de programmes CGI perl couplés à un SGBD MySQL qui stocke les données du DAG des termes GO.

	INTRODUCTION: L’analyse par lot des annotations GO pour les groupes de fonctions des gènes est une partie utile de l’analyse des données microarray ou EST à haut débit.Cet utilitaire est destiné aux utilisateurs pour trouver les occurrences de leurs termes GO dans chacun des ensembles prédéfinis de termes GO parents/ancêtres. Le programme prend en entrée des termes GO (par exemple GO:0007067) dans un format de liste ou un fichier texte brut non formaté, effectue une classification étape par étape par rapport à l’une des méthodes de classification GO disponibles telles que GO_slim, GOA, EGAD, MGI_GO_slim, GO-ROOT, etc. au choix de l’utilisateur, ou par rapport à l’une de vos propres méthodes de classification, puis renvoie les résultats sur le Web (si cela prend trop de temps, l’utilisateur recevra un e-mail avec le lien des résultats). Les résultats comprennent un tableau répertoriant tous les comptes et pourcentages finaux, ainsi qu’un diagramme circulaire.
	USAGES: L’utilisation de l’outil est aussi simple que de suivre ces trois étapes: Etape 3 : Compter les occurrences des termes GO dans chaque classe ancestrale Un tutoriel vidéo (japonais)
	QUESTIONS ET RÉPONSES: Pour une bonne utilisation de cet outil et des questions connexes, consultez cette liste de questions fréquemment posées (FAQ). Si vous avez une question qui n’est pas couverte par cette FAQ, n’hésitez pas à nous en faire part.Tous les retours sur les problèmes et les suggestions pour améliorer l’outil sont appréciés.
	PUBLICATIONS: Zhi-Liang Hu, Jie Bao et James M. Reecy (2008) « CateGOrizer : A Web-Based Program to Batch Analyze Gene Ontology Classification Categories ». Journal en ligne de la bioinformatique. 9 (2):108-112. Citations Google : 244 d’ici 2020 Zhi-Liang Hu, Jie Bao et James M. Reecy (2007). « Un compteur de classifications des termes de l’ontologie génétique (GO) ». Conférence Plant & Animal Genome XV, San Diego, CA, 13-17 janvier 2007.

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