Le poumon est exposé à d’énormes quantités d’air et à des agents potentiellement infectieux, mais les infections graves se produisent rarement, ce qui témoigne des extraordinaires défenses naturelles des voies respiratoires. Les causes les plus courantes d’infections pulmonaires bactériennes chez les hôtes normaux sont Streptococcus pneumoniae, Haemophilus species, Staphylococcus aureus et Mycobacterium tuberculosis. Chez les hôtes fragilisés, les causes bactériennes de la pneumonie sont beaucoup plus variées et comprennent des espèces qui ne sont généralement pas considérées comme très virulentes chez l’homme. En effet, l’infection par l’une de ces espèces bactériennes inhabituelles impose la recherche d’un état d’immunodépression. Les défenses normales des voies respiratoires comprennent des facteurs physiques non spécifiques (l' »escalator mucociliaire ») et des facteurs innés, notamment les défensines, le lysozyme et les cellules phagocytaires (leucocytes polymorphonucléaires, macrophages alvéolaires pulmonaires et cellules dendritiques). Les défenses antibactériennes sont renforcées par les opsonines, y compris celles intrinsèquement présentes (surfactant et composants du complément) et les immunoglobulines induites. Les conditions d’immunodépression, dans lesquelles les infections pulmonaires bactériennes sont fréquentes, incluent (mais ne sont pas limitées à) l’hypogammaglobulinémie, la maladie granulomateuse chronique et la dyskinésie ciliaire primaire. Chacune de ces conditions illustre le rôle essentiel de l’élément handicapé du système immunitaire inné et adaptatif dans le maintien de la stérilité des voies respiratoires inférieures.