Ordonné prêtre en 1844, le père Seelos a servi dans diverses paroisses de la côte Est et du Midwest en tant que membre de la communauté rédemptoriste aux États-Unis. En plus d’être le mentor de séminaristes pendant plusieurs années, il a également passé une partie de son sacerdoce à voyager à travers les États-Unis pour prêcher des missions paroissiales. Il était un excellent prédicateur et sa personnalité joyeuse a aidé de nombreuses personnes à retrouver le chemin du Sacrement de la Confession. Le père Seelos passait des heures interminables dans le confessionnal et des milliers de personnes y ont fait l’expérience de la miséricorde de Dieu grâce à sa gentillesse. Le Père Seelos a souligné l’importance de la prière quotidienne, et la nécessité de donner la priorité à la prière encore plus que d’habitude dans les moments où nous sommes occupés, confrontés à des tentations difficiles, ou nous sentons faibles dans la foi.
Pendant ses voyages, il a prêché dans des paroisses du diocèse de Toledo pendant les années 1860, notamment : La paroisse historique Saint Patrick à Toledo, la paroisse Saint Francis de Sales à Toledo, la paroisse Sacred Heart à Shelby et la paroisse Holy Trinity à Bucyrus. En 1866, il devient curé de la paroisse Sainte-Marie-de-l’Assomption à la Nouvelle-Orléans, où il concentre son ministère sur les pauvres. À cette époque, une épidémie de fièvre jaune sévit à la Nouvelle-Orléans. Le père Seelos a attrapé le virus mortel en servant les pauvres. Il est mort le 4 octobre 1867 à l’âge de 48 ans. Bien qu’il ne soit pas encore canonisé comme saint, le pape Jean-Paul II l’a déclaré « bienheureux » en 2000.
Lors de la messe déclarant le père Seelos « bienheureux », le pape Jean-Paul II a dit ceci :
Dans les différents lieux où il a travaillé, le père François Xavier a apporté son enthousiasme, son esprit de sacrifice et son zèle apostolique. Aux abandonnés et aux perdus, il a prêché le message de Jésus-Christ, « source de salut éternel » (He 5, 9), et dans les heures passées au confessionnal, il a convaincu beaucoup de personnes de revenir à Dieu. Aujourd’hui, le bienheureux François Xavier Seelos invite les membres de l’Église à approfondir leur union avec le Christ dans les sacrements de la pénitence et de l’eucharistie. Par son intercession, que tous ceux qui travaillent à la vigne pour le salut du peuple de Dieu soient encouragés et fortifiés dans leur tâche.