Cumulativement, le grand nombre d’échantillons assemblés ici, combiné à la disponibilité de phylogénies paternelles très hautement résolues remontant à de nombreuses générations, ont permis de formuler avec un haut degré de confiance certaines inférences sur la lignée fondatrice des Lévites ashkénazes de l’haplogroupe R1a. Au total, 71 individus déclarant un héritage paternel lévite ashkénaze ou non lévite ashkénaze ont été identifiés au début de l’étude comme appartenant à l’haplogroupe R1a-M582 et, sur la base de leurs profils STR, comme représentant un large éventail de la variation trouvée dans cet haplogroupe. Il est frappant de constater que les 71 chromosomes Y ont pu être réassignés à un seul clade en expansion, niché dans R1a-M582 et étiqueté ici R1a-Y2619, suivant l’un des six variants trouvés à ce niveau (figure 2 et figure supplémentaire S1). Les seuls échantillons signalés précédemment qui partageaient ce clade étaient cinq échantillons d’héritage juif ashkénaze pour lesquels le statut de lévite n’était pas signalé26. Par conséquent, tous les individus R1a-Y2619, qu’ils s’identifient comme juifs ou non juifs, qu’ils soient ashkénazes ou non ashkénazes, qu’ils soient lévites ou non lévites, sont les descendants mâles directs de la lignée paternelle d’un ancêtre mâle commun qui a vécu ~1 743 ybp (tableau 1). Comme les hommes contemporains de toutes les branches de R1a-Y2619 échantillonnées jusqu’à présent portent l’un des nombreux noms de famille lévites, on peut fortement affirmer que cet ancêtre masculin s’est auto-affilié en tant que lévite et a pu porter le nom de famille patronymique lévite. L’ampleur de l’événement fondateur peut être estimée en calculant le nombre d’individus contemporains susceptibles de porter un chromosome Y R1a-Y2619. Deux ensembles d’échantillons indépendants de juifs ashkénazes dans lesquels le statut de lévite était inconnu ont estimé de manière similaire le pourcentage de l’haplogroupe paternel R1a-Y2619, R1a-M17/M198, dans la population ashkénaze à 9,6%20 et 11,5%, respectivement27. Le premier article rapportait que l’haplogroupe R1a-M582 représentait 7,9 % de la population ashkénaze totale20. Nous montrons ici que tous les échantillons ashkénazes appartenant à l’haplogroupe R1a-M582 peuvent être reclassés en R1a-Y2619. Sur la base d’une taille de population ashkénaze de ~4 000 00013 hommes, dont environ 7,9 % sont R1a-Y2619, il y aurait ~300 000 hommes ashkénazes descendant sur leur ligne masculine directe d’un seul ancêtre relativement récent, beaucoup de ces hommes s’auto-affiliant comme Lévite.
Deux facteurs nous ont permis d’obtenir des âges de coalescence et des intervalles de confiance plus précis que ceux calculés précédemment pour la lignée Ashkénaze Lévite R1a18,20. Premièrement, le grand nombre de chromosomes Y entiers disponibles (tableau supplémentaire S1), et deuxièmement, les données disponibles à partir du pedigree d’Horowitz qui ont permis un point de calibration interne (Fig. 3). Les enregistrements généalogiques bien documentés du pedigree d’Horowitz démontrent la robustesse des séquences de chromosomes Y entiers dans la reconstitution des ascendances paternelles. Le point d’étalonnage était basé sur trois échantillons d’Horowitz dont les généalogies bien documentées coalescent 402 ybp. Deux autres individus, s’affiliant à la dynastie Horowitz, mais sans généalogie claire, se sont étroitement associés à ces trois échantillons. Aucun des échantillons des clades sœurs immédiates ne s’est identifié comme faisant partie de la dynastie Horowitz. Il est frappant de constater que l’âge moléculaire du nœud comprenant les cinq échantillons d’Horowitz a été calculé à ~690 ybp, alors que le temps de coalescence généalogique suggère qu’il est de 546 ybp. Cela suggère que le nœud d’Horowitz R1a-YP268 (g.23133909G > A) pourrait représenter la séquence entière Y reconstruite réelle du fondateur nommé de ce pedigree (Fig. 3b). Cependant, il est important de noter que les âges de coalescence estimés sont approximatifs, car quelques variations méthodologiques peuvent conduire à des résultats quelque peu différents. Par exemple, l’application de notre méthodologie de coalescence aux données obtenues uniquement à partir de la plateforme Illumina aurait donné un âge de coalescence de ~1 398 ybp pour le clade Ashkenazi Levite R1a-Y2619 et de ~645 ans ybp pour le clade R1a-YP268. Ces différences pourraient être attribuables à la possibilité d’utiliser des tronçons plus longs et chevauchants du chromosome Y lors de la comparaison d’échantillons séquencés par les mêmes machines et paramètres. Nous n’avons pas calculé un temps de coalescence basé sur les variations STR, car nous avons précédemment montré qu’elles ne fournissent aucune information supplémentaire pour les clades récemment coalescents6.
L’origine moyen-orientale proposée de la lignée lévite ashkénaze basée sur ce qui était auparavant un nombre relativement limité d’échantillons rapportés20, peut maintenant être considérée comme fermement validée. Alors que les plus hautes fréquences de l’haplogroupe R1a se trouvent en Europe de l’Est18,28, nos données ont révélé une riche variation de l’haplogroupe R1a en dehors de l’Europe qui est phylogénétiquement séparée des branches typiquement européennes de R1a. De toute évidence, R1a-Y2619 est bien imbriqué dans une pléthore de clades soeurs proches phylogénétiquement du Moyen-Orient, échantillonnées chez des Azéris iraniens, un Kerman, un Yazidi et un homme d’Ibérie. Cela fournit la preuve nécessaire de son origine (figure 2 et figure supplémentaire S1). Cependant, la voie de migration exacte de R1a-Y2619 vers l’Europe reste difficile à déterminer. La plupart des documents historiques suggèrent deux grandes voies de migration des Juifs vers l’Europe (Fig. 1)29,30. On considère que les juifs ashkénazes ont été fondés à la suite de la migration des juifs via l’Italie vers la vallée du Rhin, puis la Pologne. On considère que les Juifs séfarades (espagnols) ont migré avec l’expansion islamique progressive vers l’Afrique du Nord puis l’Espagne14. Comme R1a-Y2619 est originaire du Moyen-Orient, il est possible que son introduction en Europe se soit faite par l’une ou l’autre de ces voies, voire les deux. Naturellement, le fort événement fondateur de R1a-Y2619 chez les juifs ashkénazes, associé à la présence de toutes les branches connues de R1a-Y2619 chez les juifs ashkénazes, incite à déduire que sa route migratoire depuis le Levant était directement liée aux fondateurs ashkénazes. Cependant, ces faits pourraient simplement refléter une expansion au sein des juifs ashkénazes plutôt qu’une preuve de la première arrivée du R1a-Y2619 avec ou dans la population ashkénaze. Plus déroutant encore est le fait que les archives généalogiques de la dynastie rabbinique des Horowitz, dont on sait maintenant qu’ils sont porteurs du chromosome Y R1a-Y2619, suggèrent leur présence dans la péninsule ibérique au 15ème siècle et probablement avant (Fig. 3)17. En fait, des migrations répétées de Juifs qui auraient pu être porteurs du chromosome Y R1a-Y2619 vers la Catalogne sont documentées depuis le IVe siècle et pendant l’expansion musulmane en Ibérie31. De plus, la Catalogne étant redevenue un territoire chrétien depuis l’an 800 de notre ère, les ancêtres proto-Horowitz R1a-Y2619 pourraient également représenter une migration de Juifs ashkénazes vers l’Ibérie. Par conséquent, la présence de R1a-Y2619 en Espagne au XVe siècle ne saurait constituer une preuve de la première arrivée de la lignée R1a-Y2619 dans la péninsule ibérique, car elle pourrait simplement refléter des mouvements répétés et non enregistrés de Juifs entre l’Europe de l’Est et de l’Ouest et la péninsule ibérique. Des preuves antérieures provenant de l’ADNmt et des marqueurs autosomiques ont déjà suggéré un flux génétique probable entre les Juifs ashkénazes et sépharades en Europe32,33,34. Pris dans leur ensemble, nos résultats tendent à favoriser une seule voie d’entrée en Europe dans le cadre de la migration et de l’expansion ashkénaze en Europe. Étant donné que la période de coalescence de tous les Lévites contemporains R1a-Y2619 est de ~1 743 ybp, soit bien avant la période de la diaspora de l’exil romain, et que chacune des branches de R1a-Y2619 se retrouve chez les Juifs ashkénazes, nos résultats sont incompatibles avec un scénario d’expansion rapide au Levant suivie d’une propagation vers l’Europe par de multiples voies. Les résultats des échantillons de Lévites R1a-Y2619 non ashkénazes suggèrent également une seule voie d’expansion. Si la lignée lévite R1a-Y2619 était déjà largement répandue au Levant, on aurait pu s’attendre à ce que les lévites non ashkénazes se séparent des échantillons lévites ashkénazes avant l’époque de la diaspora et forment un groupe différent. Cependant, les résultats montrent que les Lévites non ashkénazes font partie de plusieurs sous-branches de R1a-Y2619 qui ont fusionné relativement récemment (figure 2 et figure supplémentaire S1). Ce schéma est plus compatible avec un flux génétique continu de la population ashkénaze vers la population non ashkénaze pendant la diaspora, plutôt qu’avec de multiples voies d’entrée de l’haplogroupe R1a-Y2619 en Europe depuis le Levant.
Un soutien supplémentaire pour une voie de migration unique et une expansion ultérieure au sein des Juifs ashkénazes, émane des schémas d’expansion observés d’haplogroupes ashkénazes supplémentaires. Par conséquent, il est important de faire la distinction entre un événement fondateur spécifique aux Lévites ashkénazes pour l’haplogroupe R1a-Y2619 qui aurait pu être le résultat d’un statut socio-économique ou autre favorable, et une expansion générale des lignées de chromosomes Y fondatrices ashkénazes, y compris les Lévites ashkénazes R1a-Y2619. À cette fin, nous avons étudié une poignée d’autres haplogroupes précédemment décrits comme étant prévalents chez les Juifs ashkénazes19,24,35. Nos résultats montrent que l’expansion de R1a-Y2619 chez les Juifs ashkénazes n’est pas spécifique ou unique à cet haplogroupe. Par exemple, la coalescence des haplogroupes G-M377 (figure supplémentaire S4) et Q-M242 (figure supplémentaire S5), connus pour représenter chacun 5 % de la variation paternelle ashkénaze24, coalescent à ~1 223 ybp et ~1 672 ybp, respectivement (tableau 1). La stratégie du chromosome Y adoptée ici nous a permis de résoudre les lignées de l’haplogroupe E en ses minuscules sous-branches (figure supplémentaire S3). Les âges de coalescence des haplogroupes E-Z838, E- PF3780, E- B923 et E-B933, connus pour représenter cumulativement 20% de la variation paternelle ashkénaze24, ont été estimés à ~1 200-1 600 ybp. Ce modèle d’événements fondateurs multiples, qui n’a pas été observé chez les Juifs espagnols36, confirme que l’ancêtre lévite ashkénaze R1a-Y2619 est entré en Europe par la voie ashkénaze plutôt que par l’expansion juive dans la péninsule ibérique. D’autres modèles sont également clairement visibles dans l’ascendance paternelle juive ashkénaze. L’haplogroupe T-M70, répandu au Moyen-Orient, est également présent chez les juifs ashkénazes (figure supplémentaire S6). Les échantillons génotypés ont montré des divisions profondément enracinées, ce qui indique probablement la préservation d’une diversité ancienne de cet haplogroupe au Levant, remontant au Pléistocène. Parallèlement, le schéma observé pour l’haplogroupe R1b-M269 (figure supplémentaire S7), prévalent en Europe occidentale, suggère principalement une introgression ponctuelle répétée de chromosomes Y européens dans la communauté ashkénaze, et est compatible avec des rapports antérieurs36.
Nous avons ensuite comparé la lignée fondatrice la plus fréquente trouvée chez les hommes ashkénazes Cohen, nichée dans l’haplogroupe J1a-P58, à la lignée lévite ashkénaze R1a-Y2619. De toute évidence, les membres de la caste des lévites R1a-Y2619 et de la caste des Cohen J1a-P58 ne partagent pas un ancêtre mâle commun dans le cadre temporel du récit biblique. Comme dans le cas des Lévites ashkénazes, la lignée J1a-P58 des Cohen ashkénazes a formé un groupe serré imbriqué dans un ensemble d’échantillons du Moyen-Orient confirmant son origine, et n’était partagée dans notre étude qu’avec des Cohens non ashkénazes (figure supplémentaire S2). Cependant, contrairement au schéma obtenu pour les Lévites ashkénazes R1a-Y2619, le groupe fusionne à ~2 570 ybp, ce qui indique le début de son expansion dans la période pré-Diaspora. Des séquences complètes du chromosome Y provenant d’un plus grand nombre d’échantillons de Cohen provenant d’un plus grand nombre de communautés juives sur fond d’autres populations levantines, y compris la vérification des variantes spécifiques à la famille et au clan, seraient très instructives pour répondre à la constatation que les individus Cohen ashkénazes et non ashkénazes partagent une distribution de lignées qui se chevauchent. En particulier, l’étude de la lignée Cohen la plus dominante, imbriquée avec l’haplogroupe J1-P58 prédominant, ainsi que l’apport d’experts en histoire, pourraient apporter un éclairage essentiel à la compréhension des Hébreux dans l’Ancien Monde. En outre, les études de l’ADN ancien du Levant peuvent offrir des informations directes. En effet, une étude récente a révélé la présence à la fois des chromosomes Y J1a-P58 et J2-M12, fréquents chez les Juifs contemporains, dans deux échantillons cananéens datant de 3 700 ybp37.
Il est difficile de simuler le nombre maximal de mâles qui auraient dû être présents lors de la fondation de la juiverie ashkénaze pour produire le fort schéma d’événements fondateurs actuellement observé dans le pool de chromosomes Y ashkénaze. Les indices fondamentaux tels que les fréquences des haplogroupes respectifs dans les populations des dèmes ancestraux et l’ampleur de l’introgression qui s’est produite au fil des générations font défaut. Cependant, les fréquences contemporaines de ces lignées fondatrices du chromosome Y, compte tenu de leurs fréquences beaucoup plus faibles dans les populations non juives du Moyen-Orient et d’Europe, suggèrent que ces lignées devaient être présentes à l’origine du judaïsme ashkénaze, lorsque la population fondatrice ne comptait qu’un petit nombre de mâles, ce qui permet à la dérive de jouer un rôle dans l’établissement de leurs fréquences élevées actuelles. En effet, la reconstruction de l’histoire récente des juifs ashkénazes à partir de génomes entiers a suggéré un goulot d’étranglement de seulement 350 individus26,38. Il est important de noter que si ce goulot d’étranglement ne coïncide pas nécessairement avec la taille de la population masculine effective et les événements fondateurs pour les Juifs ashkénazes, il nous indique que l’ancêtre lévite ashkénaze R1a-Y2619 faisait probablement partie des mâles fondateurs sur lesquels le goulot d’étranglement s’est appliqué. De manière correspondante, les données provenant de séquences complètes d’ADN mitochondrial soutiennent la même notion d’un nombre limité de lignées maternelles fondatrices majeures33.
Ensemble, l’ampleur des données présentées ici facilite une résolution presque complète de l’histoire génomique des Lévites au sein des Juifs ashkénazes. On peut affirmer avec force que les Lévites ashkénazes contemporains R1a-Y2619 descendent d’un seul ancêtre Lévite qui est arrivé en Europe en provenance du Levant. L’expansion de sa lignée mâle directe a commencé dans une période compatible avec le modèle d’expansion observé pour plusieurs autres pères fondateurs de la communauté juive ashkénaze. Ainsi, en plus de fournir un aperçu de la généalogie d’un seul homme, ces résultats sont un exemple important et hautement résolu de l’histoire démographique plus générale des lignées juives ashkénazes masculines et féminines, dans laquelle un nombre relativement faible de fondateurs apporte des contributions disproportionnées à la variation génomique contemporaine de la population ashkénaze. On peut également affirmer que le fait que les hommes lévites R1a-Y2619 non ashkénazes soient bien distribués au sein de la phylogénie lévite ashkénaze, plutôt que regroupés séparément, donne plus de crédibilité au scénario selon lequel l’homme R1a-Y2619 est entré en Europe avec les fondateurs ashkénazes. La question la plus énigmatique – le moment et le lieu où le fondateur du pedigree lévite ashkénaze R1a-Y2619 a obtenu le statut de lévite – reste non résolue. Cette question pourrait dépasser le cadre des études génétiques utilisant la variation génétique contemporaine, étant donné l’absence à ce jour d’hommes testés dont les lignées se sont ramifiées entre l’époque de l’ancêtre mâle direct partagé de tous les hommes R1a-M582, ~3 143 ybp, et l’ancêtre mâle direct partagé des hommes lévites ashkénazes R1a-Y2619 ~1 743 ybp. De futures découvertes historiques ou archéologiques pourraient fournir les moyens d’approfondir cette question.