Les paroles de « Mother » s’adressent aux deux parents de Lennon, qui l’ont chacun abandonné dans son enfance. Son père, Alf, a quitté la famille lorsque John était un nourrisson. Sa mère, Julia, ne vivait pas avec son fils, bien qu’ils aient eu une bonne relation ; elle a été renversée et tuée dans un accident de voiture le 15 juillet 1958 par un policier qui n’était pas en service, Eric Clague, alors que Lennon avait 17 ans. Dans l’un de ses derniers concerts, Lennon a déclaré que la chanson ne parlait pas seulement de ses parents, mais était plutôt « à propos de 99% des parents, vivants ou à moitié morts ».
« Mother » ouvre l’album, commençant par une cloche funéraire sonnant lentement, quatre fois. La chanson se termine avec Lennon répétant la phrase « Mama don’t go, daddy come home », chaque fois avec plus d’intensité jusqu’à ce qu’il crie la ligne alors que la chanson s’éteint.
Lennon a été inspiré pour écrire la chanson après avoir suivi une thérapie primale avec Arthur Janov, d’abord chez lui à Tittenhurst Park, puis au Primal Institute, en Californie, où il est resté pendant quatre mois. Lennon, qui a finalement tourné Janov en dérision, a initialement décrit la thérapie comme « quelque chose de plus important pour moi que les Beatles ».
Bien que Lennon ait déclaré que « Mother » était la chanson qui « semblait s’accrocher dans ma tête », il avait des doutes quant à son attrait commercial et il a envisagé de publier « Love » comme single à la place. En novembre 1982, une version remixée de « Love » a été publiée en tant que single pour aider à promouvoir le LP The John Lennon Collection.
Une première version de « Mother » interprétée à la guitare électrique par Lennon peut être entendue sur le coffret John Lennon Anthology.
Une version démo de la chanson a été présentée dans la scène finale et le générique du film biographique de John Lennon de 2009, Nowhere Boy.