L’une des façons les plus efficaces de gérer la pourriture de l’épi à Cladosporium est d’identifier sa présence le plus tôt possible et de gérer l’environnement dans lequel le maïs est cultivé et stocké. Le dépistage de la pourriture de l’épi dans les champs, qui doit être effectué toutes les deux semaines, et les tests de contamination par les mycotoxines constituent la première étape pour évaluer si la pourriture de l’épi en général est présente ou non, bien qu’aucune mycotoxine ne soit associée à C. herbarum spécifiquement. Les champs à problèmes peuvent être caractérisés par la présence de plus de 10% d’épis contenant le champignon sur 10 à 20% du grain. Les épis infectés doivent être récoltés dès que possible, nettoyés pour éliminer les particules fongiques, séchés à 15 % d’humidité ou moins immédiatement pour arrêter la croissance du champignon, et stockés dans un environnement aéré à 13-14 % d’humidité entre 35 et 40 °F pour arrêter la reproduction asexuée et la propagation du champignon. Ces contrôles culturels peuvent considérablement diminuer la perte de rendement.
C. herbarum a besoin d’une ouverture pour infecter son hôte, donc les contrôles culturels qui empêchent les grains d’être blessés empêcheraient l’infection de nouvelles plantes. Les insecticides peuvent être utilisés au moment opportun pour lutter chimiquement contre les vers de l’épi du maïs et les pyrales du maïs qui endommagent les grains, permettant à l’inoculum de pénétrer à l’intérieur. De plus, les moissonneuses-batteuses doivent être désinfectées et correctement réglées pour minimiser les dommages aux grains pendant la récolte.
Un autre moyen moins efficace de gérer le pourcentage de la culture qui est infecté est de planter des variétés résistantes et de jeter les plus sensibles. Cependant, il convient de mentionner qu’aucun hybride n’est résistant à tous les champignons de pourriture de l’épi et que les variétés résistantes ne sont pas largement disponibles, donc même si une souche peut être résistante à la pourriture de l’épi Cladosporium, elle peut être à risque d’infection par un autre champignon de pourriture de l’épi. Une plus grande couverture de l’enveloppe et des téguments plus résistants rendent également l’hôte plus difficile à infecter en premier lieu. La rotation des cultures serait probablement une méthode de contrôle culturel efficace pour éliminer l’agent pathogène, mais il faudrait que tous les producteurs de maïs d’un comté s’y conforment pour qu’il y ait un impact significatif sur les niveaux d’inoculum. Si tous les producteurs de maïs n’étaient pas en phase avec les rotations de cultures, les spores des champs voisins seraient simplement transportées par le vent dans d’autres champs et empêcheraient les niveaux d’inoculum de tomber à des niveaux raisonnables.