Une nouvelle souche de bactérie streptocoque du groupe A appelée M1UK liée à la scarlatine et à la septicémie a été identifiée en Angleterre et au Pays de Galles.
La découverte a été faite par des chercheurs dirigés par l’Imperial College London qui rapportent leurs résultats dans la revue Lancet Infectious Diseases.
Le professeur Shiranee Sriskandan, auteur principal du département des maladies infectieuses à l’Imperial a déclaré à Medscape News UK : « En un mot, une souche bactérienne déjà dominante auparavant a changé à quelques petits endroits génétiques … et le seul changement biologique que nous pouvons voir dans l’insecte est qu’il fabrique davantage d’un type particulier de toxine. »
Pour l’instant, les cas semblent être limités au Royaume-Uni, mais les auteurs de l’étude ont écrit que leur découverte « souligne la nécessité d’une surveillance mondiale et d’une vigilance accrue ».
Foyers de scarlatine
Des augmentations majeures des cas de scarlatine ont été observées ces dernières années : plus de 15 000 cas en 2014, plus de 17 000 en 2015 et plus de 19 000 en 2016.
Les cas d’infections invasives causées par la même bactérie, Streptococcus pyogenes (S pyogenes), ont également augmenté au cours de l’année 2016 par rapport aux 5 années précédentes.
Les cas ont été évalués en fonction des génotypes emm.
L’augmentation initiale des cas de scarlatine en 2014 était associée aux types de souches de streptocoques A emm3 et emm4. Cependant, 2015-2016 a vu les souches emm1 devenir dominantes dans les infections de la gorge.
Les souches emm1 sont également devenues plus dominantes à travers l’Angleterre et le Pays de Galles.
Au printemps 2016, 42% des souches invasives collectées étaient emm1, contre 31% l’année précédente.
Les chercheurs affirment que la nouvelle souche de Streptococcus pyogenes offre une explication à la hausse des cas invasifs.
Le professeur Sriskandan nous a dit : « La souche qui a émergé est liée à cette souche précédemment dominante appelée emm1. Et elle a changé de manière très limitée, en acquérant 27 mutations assez petites. Et pourtant, après avoir fait cela, elle est devenue assez performante. Elle semble avoir obtenu une aptitude à s’étendre au sein de la population pour ce qui est de causer à la fois des infections de la gorge, et aussi l’infection invasive beaucoup plus rare.
« Ce qui est intéressant, d’un point de vue scientifique, c’est que quoi qu’il soit arrivé à cette bactérie, cela l’a rendue plus « apte », ou a une meilleure aptitude à causer des infections de la gorge dans une population ».
« Une des façons dont elle s’est manifestée biologiquement est qu’elle peut fabriquer plus d’un type particulier de toxine appelée SpeA, ou toxine de la scarlatine. »
Séquençage du génome
Le nouveau type de souche a été identifié après le séquençage des génomes des 135 isolats emm1 non invasifs collectés dans le nord-ouest de Londres entre 2009 et 2016. La même chose a été faite avec 552 isolats invasifs d’emm1 collectés en Angleterre et au Pays de Galles pendant les augmentations saisonnières de la maladie de 2013 à 2016.
Ils ont été comparés et évalués pour la production de toxines par différentes souches d’emm1.
La majorité des souches d’emm1 de 2015 et 2016 se sont avérées phylogénétiquement distinctes, que les chercheurs ont appelé M1UK.
Ce clone M1UK a produit neuf fois plus d’exotoxine pyrogène streptococcique A (SpeA) que les autres souches d’emm1 (190 ng/mL contre 21 ng/mL).
Cette souche s’est avérée circuler en Angleterre dès 2010.
En 2016, M1UK représentait 84% de tous les génomes emm1 qui ont été analysés à partir de cas en Angleterre et au Pays de Galles.
Le professeur Sriskandan affirme que le type de streptocoque M1UK peut être traité avec de la pénicilline et des alternatives à la pénicilline également.
Une analyse a également été faite sur 2800 cas de séquences génomiques de streptocoques A provenant du monde entier. Des isolats uniques de M1UK ont été trouvés aux États-Unis et au Danemark.
Cependant, M1UK n’était pas un élément majeur de l’épidémie initiale de scarlatine de 2014 au Royaume-Uni. Ce n’était pas non plus la souche impliquée dans l’épidémie de streptocoque A dans l’Essex plus tôt cette année.
Plus de recherche
Le professeur Sriskandan dit : « Ce type de souche particulier a été dominant dans les pays développés pendant assez longtemps maintenant, 20 ans, donc ce changement qu’il a subi et que nous avons détecté au Royaume-Uni pourrait avoir plus d’implications que le cours normal des choses. Nous ne le savons pas encore. Il est trop tôt pour dire s’il va se maintenir ou s’il va simplement s’éteindre.
« Devrions-nous faire plus à ce sujet ? Je suis médecin hospitalier, donc je vois le côté beaucoup plus sérieux des maladies infectieuses que les bactéries provoquent… mais il semble que les infections bactériennes qui provoquent des maux de gorge semblent effectivement cibler les plus jeunes enfants. Les enfants qui contractent la scarlatine ont en général entre 4 et 6 ans. Nous constatons également une recrudescence de l’angine streptococcique à la même époque de l’année. Donc, mon opinion personnelle est que nous devrions examiner si un diagnostic et un traitement légèrement plus ciblés des angines à streptocoques dans ce groupe d’âge pourraient réduire le réservoir d’infection dans la communauté.
« Les maladies infectieuses beaucoup plus rares, les maladies invasives qu’en tant que médecin hospitalier je vois, sont vraiment, vraiment rares, mais il est clair que si l’on pouvait réduire le fardeau de l’angine streptococcique et de la scarlatine, il est très probable que l’on réduise aussi le fardeau de ces infections graves plus invasives. »
Elle reconnaît que des recherches supplémentaires sont nécessaires : « Nous ne savons pas si nous avions mené l’étude cette année plutôt qu’en 2016 si nous aurions trouvé les mêmes choses. C’est un travail qui reste à faire. »
‘Indice plausible’
Réagissant aux résultats par le biais du Science Media Centre, le Pr Jimmy Whitworth, professeur de santé publique internationale à la London School of Hygiene and Tropical Medicine, a déclaré : « Cette importante étude nous donne un indice plausible de l’inquiétante augmentation récente des cas de scarlatine chez les enfants en Angleterre. »
Il poursuit : « Les chercheurs appellent à juste titre à une surveillance accrue pour confirmer ces résultats, car ces infections streptococciques sont très sensibles aux antibiotiques, contrairement à la plupart des autres types de maux de gorge chez les enfants. Les chercheurs appellent également au développement d’un vaccin, mais peut-être plus réalisable à court terme serait de réévaluer et d’affiner les tests de diagnostic de bureau existants qui pourraient grandement aider les médecins généralistes à identifier avec précision et rapidement les maux de gorge streptococciques à l’avenir. »
‘Emergence d’un clone dominant toxigène M1T1 Streptococcus pyogenes pendant une activité accrue de scarlatine en Angleterre : une étude épidémiologique moléculaire basée sur la population’ par Lynskey et al. The Lancet Infectious Diseases, mardi 10 septembre. DOI : 10.1016/S1473-3099(19)30446-3