Comenzó como un grupo acústico derivado de Jefferson Airplane, pero con el tiempo Hot Tuna se convirtió en el centro de atención de sus miembros fundadores, Jack Casady y Jorma Kaukonen, y se convirtió en un popular grupo de gira en la década de 1970. Los dos eran amigos de toda la vida, ya que crecieron juntos en Washington, D.C., y tocaron en el grupo The Triumphs. Después del instituto, el guitarrista Kaukonen y sus padres, que trabajaban para el gobierno, se trasladaron a Filipinas, pero regresó a Estados Unidos a tiempo para la llegada de la psicodelia, aterrizando en San Francisco y cofundando los Airplane en 1965. El bajista Casady se unió poco después, y juntos ayudaron a llevar al grupo a un éxito masivo a finales de los 60.
Hot Tuna – originalmente apodado Hot Sh*t, para disgusto de su discográfica, RCA – empezó a tomar forma en 1969, mientras tanto Casady como Kaukonen eran todavía miembros activos de los Jefferson Airplane; de hecho, sus primeras actuaciones se intercalaron entre los conciertos regulares de los Airplane. Como trío completado por el armonicista Will Scarlet (e incluyendo ocasionalmente a los miembros de los Airplane Marty Balin y Spencer Dryden), Hot Tuna debutó en 1970 con un discreto LP autotitulado de blues tradicional y ragtime grabado en directo en el New Orleans House de Berkeley; para el año siguiente, First Pull Up, Then Pull Down, más inspirado en el rock, su lista incluía al violinista Papa John Creach, al mismo tiempo miembro a tiempo de los Airplane, y al batería Sammy Piazza. Sin Scarlet, un tercer álbum, Burgers, apareció en 1972.
Para la aparición de The Phosphorescent Rat, de 1974, tanto Casady como Kaukonen habían abandonado oficialmente Jefferson Airplane; para entonces Creach, que decidió permanecer en los Airplane, ya no estaba en el grupo. Con «America’s Choice» de 1975, Piazza también se fue, sustituido por el batería Bob Steeler; «Yellow Fever» apareció ese mismo año, y «Hoppkorv» le siguió en 1976. El teclista Nick Buck firmó para Double Dose de 1978, pero Hot Tuna anunció posteriormente su ruptura, cerrando la primera fase de su carrera con Final Vinyl de 1979.
Tras la desaparición del grupo, Kaukonen lanzó un LP en solitario, Jorma, y más tarde se unió a la unidad new wave Vital Parts; Casady también lideró un grupo new wave propio, SVT. En 1984, ambos volvieron a sus raíces: Casady se unió a sus compañeros de Airplane, Balin y Paul Kantner, en la KBC Band, mientras que Kaukonen volvió al folk acústico y al blues de sus años de formación. Finalmente, Casady y Kaukonen tocaron un puñado de fechas en clubes bajo la égida de Hot Tuna, volviendo a formarse sobre una base más concreta en 1986; en 1990, sus filas incluían al cantante/multiinstrumentista Michael Falzarano, un veterano de muchos de los primeros conciertos de reunión.
Ese año Hot Tuna publicó Pair a Dice Found, su primera colección de material de estudio en más de una década; le siguieron una serie de lanzamientos en directo, como Live at Sweetwater de 1992, Splashdown Two de 1997 y And Furthurmore de 1999…. En los años siguientes, Hot Tuna continuó realizando varios conciertos al año en diversas configuraciones. En 2006 se publicó un disco con lo mejor de los años de la RCA, Keep on Truckin’. El primer álbum de estudio del grupo en 20 años, Steady as She Goes, grabado en el estudio de Levon Helm en Woodstock, Nueva York, y producido por Larry Campbell, se publicó en Red House Records en 2011.