Viable Cell Counting
A mintában lévő baktériumok számának megszámlálására többféle módszer létezik. Az életképes sejtek számának meghatározása lehetővé teszi az aktívan növekvő/osztódó sejtek számának meghatározását a mintában. A lemezszámlálási módszer vagy szórt lemez a tápközegen kolóniát növesztő baktériumokra támaszkodik. A kolónia szabad szemmel láthatóvá válik, és a lemezen lévő kolóniák száma megszámolható. A hatékonyság érdekében az eredeti minta hígítását úgy kell megszervezni, hogy a célbaktériumból átlagosan 30-300 telep növekedjen. A 30 kolóniánál kevesebb kolónia statisztikailag megalapozatlanná teszi az értelmezést, a 300 kolóniánál több pedig gyakran átfedő kolóniákat és pontatlanságot eredményez a számlálásban. Annak biztosítására, hogy megfelelő számú kolónia keletkezzen, általában több hígítást tenyésztenek. A laboratóriumi eljárás során a mintából sorozatos hígításokat készítenek (1:10, 1:100, 1:1000 stb.) steril vízben, és ezeket lezárt és inkubált tálban tápanyag-agaron tenyésztik. A tipikus táptalajok közé tartozik a Plate count agar az általános számláláshoz vagy a MacConkey agar a gram-negatív baktériumok, például az E. coli baktériumok számlálásához. Jellemzően az egyik lemezkészletet 22 °C-on és 24 órán keresztül, a másik készletet pedig 37 °C-on inkubálják 24 órán keresztül. A tápanyag összetétele általában olyan reagenseket tartalmaz, amelyek ellenállnak a nem célszervezetek szaporodásának, és a célszervezetet könnyen azonosíthatóvá teszik, gyakran a közeg színváltozásával. Néhány újabb módszer fluoreszcens anyagot is tartalmaz, így a telepek számlálása automatizálható. Az inkubációs idő végén a telepeket szemmel számolják meg, ami néhány pillanatot vesz igénybe, és nem igényel mikroszkópot, mivel a telepek átmérője általában néhány milliméter.
A pour plate módszert akkor alkalmazzák, amikor az elemzés során olyan baktériumfajokat keresnek, amelyek levegőn rosszul növekednek. A kezdeti elemzés úgy történik, hogy a minta sorozatos hígításait folyékony tápanyag-agarban keverik össze, amelyet aztán üvegekbe öntenek. A palackokat ezután lezárják és oldalukra fektetik, hogy ferde agarfelületet hozzanak létre. A táptalaj testében kialakuló kolóniákat az inkubálás után szemmel meg lehet számolni. A telepek teljes számát nevezzük teljes életképes számnak (Total Viable Count, TVC). A mértékegység cfu/ml (vagy kolóniaképző egységek milliliterenként), és az eredeti mintára vonatkozik. Ennek kiszámítása a megszámlált telepek számának és az alkalmazott hígításnak a szorzata. Az életképes sejtek számának példái a folyékony kultúra sorozatos hígításából származó szórt lemezek és az öntőlemezek. A szórt lemezzel sorozatos hígításokat végzünk folyékony táptalajban, majd a hígítási sorozat utolsó csövéből ismert mennyiséget szórunk ki. A lemezen lévő telepeket ezután meg lehet számolni, és ki lehet számítani az eredeti kultúrában lévő baktériumok koncentrációját. Az öntőlapos módszer során a hígított baktériummintát olvasztott agarral keverjük össze, majd ezt a keveréket egy Petri-csészébe öntjük. Ismét megszámoljuk a telepeket, és kiszámítjuk az életképes sejtek számát.