A tüdő hatalmas mennyiségű levegőnek és potenciálisan fertőző ágenseknek van kitéve, de súlyos fertőzések ritkán fordulnak elő, ami a légutak rendkívüli természetes védekezőképességének bizonyítéka. A bakteriális tüdőfertőzések leggyakoribb okai normál gazdaszervezetekben a Streptococcus pneumoniae, a Haemophilus fajok, a Staphylococcus aureus és a Mycobacterium tuberculosis. A veszélyeztetett gazdaszervezetekben a tüdőgyulladás bakteriális okai sokkal szélesebb körűek, beleértve olyan fajokat is, amelyeket emberben általában nem tartanak nagy virulenciájúnak. Valójában e szokatlan baktériumfajok valamelyikével való fertőzés az immunkompromittáló állapot keresését teszi szükségessé. A légutak normális védekező mechanizmusai közé tartoznak a nem specifikus fizikai tényezők (a “mucociliáris eszkalátor”) és a veleszületett tényezők, beleértve a defenzineket, a lizozimet és a fagocita sejteket (polimorfonukleáris leukociták, tüdőalveoláris makrofágok és dendritikus sejtek). Az antibakteriális védekezést fokozzák az opsoninok, beleértve az intrinsically jelenlévőket (surfactant és komplementkomponensek) és az indukált immunglobulinokat. Az immunhiányos állapotok, amelyekben gyakran fordulnak elő bakteriális tüdőfertőzések, közé tartozik (de nem kizárólagosan) a hipogammaglobulinémia, a krónikus granulomatosus betegség és a primer ciliáris diszkinézia. Ezen állapotok mindegyike szemlélteti a veleszületett és adaptív immunrendszer fogyatékos elemének alapvető szerepét az alsó légutak sterilitásának fenntartásában.