Mélyen a Chihuahuan-sivatagban, az El Capitan környéke zord hegyekből és szélfútta sós síkságokból áll. Ennek eredményeképpen az indián őslakosok jelenlétének nagy része az El Capitantól mintegy 3 mérföldre délkeletre, a ma Pine Springsnek nevezett területre összpontosult. A források, szivárgások és növényzet oázisaként ez a terület több évszázados emberi tartózkodásra utaló bizonyítékokat mutat (mescal-lerakatok, petroglifák, leletek stb.). Legutóbb a terület a Mescalero apacsok szezonális otthona volt, akiket a 18. században a hevesen terjeszkedő komancsok folyamatosan délre szorítottak, és a forrásokkal és más szűkös erőforrásokkal kapcsolatos helyi tudásukat arra használták, hogy az egyébként zord környezetben fennmaradjanak egészen a 19. századig, amikor az angolok terjeszkedése és letelepedése véget vetett a finoman kiegyensúlyozott életmódjuknak.
Míg az alkalmi spanyol expedíciók, mint például Antonio de Espejo 1582-ben, megközelítették az El Capitan környéki területet, az állandó angol-európai jelenlét a területen az 1840-es évek végére tehető, amikor a mexikói-amerikai háborúban aratott amerikai győzelem után a terület hivatalosan is az Egyesült Államok része lett. Számos expedíció igyekezett megfelelő utat találni San Antonióból El Pasóba, és végül a Csendes-óceán partvidékének távoli amerikai területeire, ezért számos expedíció nyomult a Pecostól nyugatra fekvő forró, száraz és veszélyes vidékre, remélve, hogy találnak egy lehetséges szekérutat, amely elegendő fával és vízzel rendelkezik ahhoz, hogy lehetővé tegye a folyamatos utazást. Az egyik expedíció Robert S. Neighbors indiánügynök vezetésével 1849-ben jutott el El Pasóba egy nehéz úton, amelynek során át kellett kelni és újra átkelni a Pecos és az Ördög folyón, majd túlélni a Davis-hegységtől El Pasóig tartó hosszú, száraz utat. Mivel a csapat nem volt hajlandó ugyanazon az útvonalon visszatérni, inkább El Pasótól keletre, a Hueco Tanks és a Guadalupe-hágó felé vette az irányt, amelytől azt remélték, hogy a Pecos folyón a mai Texas és Új-Mexikó közötti határ közelében található, a mexikóiak és az indiánok által régóta használt, már kialakult átkelőhelyhez jutnak. Miután sikeresen elérték a Pecost, Neighbors gyorsan leereszkedett a folyón, és visszatért San Antonióba, ahol jelentette feletteseinek, hogy ez az útvonal jó vizet kínál Hueco Tanksnél, jó faanyagot a hegyek közelében, és könnyű utat a Guadalupe-hágón keresztül a Pecoshoz. Ez az út, amely a “felső” út néven vált ismertté, hogy megkülönböztesse magát az eredeti “alsó” úttól, amely Fort Davison keresztül vezetett a Rio Grandén felfelé El Pasóba, hamarosan népszerűvé vált a kereskedők és a kivándorlók körében, akiknek hosszú szekér- és öszvérvonatai az El Capitan komor arca mellett haladtak el. Ez a forgalom 1858-ban megnövekedett, amikor a Butterfield postakocsi elkezdte használni a felső utat El Paso és a Pecoson a Pope’s Crossing nevű gázló között, John Pope, a két évvel korábban az átkelőt felmérő katonatiszt után. Kihasználva a rendelkezésre álló vizet és faanyagot, a postakocsisok állomást építettek a Pineryben, későbbi nevén Pine Springsben, 3 mérföldre délkeletre El Capitantól. Bár ez az állomás csak egy évig állt fenn, mielőtt az útvonalat délre helyezték át, hogy a Stockton és Davis erődök védelme alá kerüljön, a Pinery állomást még sokáig használták a katonák, a teherszállítók és a kivándorlók.
Ez idő alatt az El Capitan tanúja volt az El Pasó-i sóháborúnak is, amely a mexikói-amerikai lakosok és az angol üzletemberek közötti erőszakos küzdelem volt a hegy lábától nyugatra elterülő sótelepekhez való hozzáférésért. Az apacsok már régóta ismerték a sós síkságokat, amelyeket az európaiak először 1692-ben Diego de Vargas expedíciója azonosított. A mexikóiak, majd később a mexikói-amerikaiak nemzedékei hamarosan fontos helyi erőforrássá váltak, és mexikóiak és amerikaiak nemzedékei küzdöttek meg a forró, veszélyes, négynapos úton a Rio Grande mentén fekvő San Elizariótól a Hueco-hegységig, majd keletre, El Capitan felé, hogy megtöltsék szekereiket az értékes sóval. Mindez az 1840-es évek végén változott meg, amikor a térségben egyre több angol kezdett jelen lenni. Míg a mexikói törvények és hagyományok szerint a sós síkságok közösségi tulajdonban voltak, addig az amerikai hagyományok úgy tekintették, hogy a sós síkságok nem igényelt földek, amelyeket bármelyik polgár magántulajdonként követelhetett és megvásárolhatott. Az 1870-es évekre a helyi üzletemberek arra irányuló kísérletei, hogy igényt tartsanak a sótelepekre, a helyi lakosok heves ellenállásába ütköztek, akik számára az ingyenes só fontos kiegészítője volt a regionális gazdaságnak, a földművelésnek és az állattenyésztésnek. A konfliktus 1877 decemberében csúcsosodott ki, amikor Charles Howardot, aki megkísérelte igényelni a sótelepeket, és két kollégáját a feldühödött tömeg meggyilkolta. Ez gyorsan széles körű erőszakhoz vezetett a helyi mexikói-amerikai családok ellen, ami sokakat arra késztetett, hogy a Rio Grandétól délre meneküljenek. Mire a por leülepedett, a sós síkságokra igényt tartottak, és a helyi lakosok kénytelenek voltak fizetni a sóért, amely évszázadokon át ingyenes volt.
A 20. század első évtizedeire El Paso és az új-mexikói Carlsbad között egy minden időjárási viszonyoknak megfelelő utat építettek. Az 1928-ban U.S. Highway 62 néven üzembe helyezett út a látogatók új generációját hozta a környékre, különösen a közeli Carlsbad Caverns Nemzeti Park 1930-as megnyitása után. Évtizedekkel a Guadalupe-hegység Nemzeti Park létrehozása előtt az autóval és busszal utazók már megálltak az út menti pihenőhelyeken, hogy megcsodálják az El Capitan meredek oldalát, fényképeket készítsenek, és gyors üzeneteket írjanak a hegy impozáns arcát ábrázoló képeslapok hátoldalára.Ebben az időszakban az El Capitant magában foglaló földterület James Adolphus Williams tulajdona volt, akinek Williams Ranch háza még ma is áll a hegytől nyugatra fekvő park területén. Több gazdasági visszaesés után Williams 1941-ben eladta a földet a texasi Van Hornban élő J. C. Hunter bírónak, egy jól menő olajmágnásnak és korai természetvédőnek, akinek a Guadalupe-hegység ranchja végül 75 000 hektárnyi földet foglalt magába a Guadalupén, beleértve a McKittrick-kanyon egy részét is. Hunter 1945-ben bekövetkezett haláláig, több éven át kampányolt a déli Guadalupes védelmét szolgáló park létrehozásáért. Hunter fia, ifjabb J. C. Hunter, aki örökölte apja azon vágyát, hogy a területet mind festői szépsége, mind geológiai jelentősége miatt védetté tegye, a Nemzeti Parkszolgálat tisztviselőivel együttműködve olyan üzletet kötött, amely lehetővé tette a Parkszolgálat számára, hogy megvásárolja a területet nemzeti parkként való hasznosítás céljából. Az állami és szövetségi törvényhozók, parki tisztviselők és útépítő mérnökök, valamint az ingatlantulajdonosok és a helyi farmerek gyötrelmes útvesztőjét kellett megjárnia, mire a Hunter-adományt, amely magában foglalta az El Capitant és a Guadalupe Peaket, végül 1969-ben átadták a Park Service-nek. Három évvel később hivatalosan is megnyitották a Guadalupe Mountains Nemzeti Parkot, lehetővé téve a terület nyilvános megközelítését.