A tavak, folyók és hegyek olyan természetes határok, amelyek a terepben nincsenek külön jelölések.
Tavak és folyók
A tavak és folyók esetében a határ általában a víztest közepén halad keresztül. A Genfi-tó képezi a határt Franciaországgal, a Rajna Németországgal, az Inn pedig Ausztriával. Kivételt képez ez alól a Doubs folyó Jura kantonban, ahol a határt a svájci folyópart határozza meg, valamint a Morge folyó St-Gingolphban, ahol a svájci folyópart felső széle határozza meg a határt.
Ezek a kivételek történelmi gyökerűek, és a résztvevő államok hatalmi viszonyait tükrözik a határok meghatározásának idején. Az ottani határmeghatározásokat ma is nemzetközi szerződésekben rögzítik.
A Bodeni-tó különleges eset, mivel a három part menti állam, Svájc, Németország és Ausztria soha nem határozott meg jogi határt. Csak egy technikai határt határoztak meg a három állam között. A tó a vele határos három ország szuverenitása alatt álló kondomíniumnak minősül. Minden, a határával kapcsolatos kérdést az ezen országok közötti írásbeli megállapodásokban rendeznek.