GO Terms Classifications Counter

CateGOrizer, korábbi nevén “GO Terms Classifications Counter”, egy továbbfejlesztett, ingyenes webes eszköz a felhasználók számára a GO termek adathalmazainak kötegelt elemzésére az általuk képviselt GO osztályok szempontjából. A Gene Ontology (GO) egyik hasznos jellemzője, hogy segít leírni az alapvető terminushierarchiákat és a terminusok közötti kapcsolatokat a biológia kontextusában. Általában nehéz feladat egyértelmű képet alkotni arról, hogy a GO-kifejezések egy halmazát hogyan reprezentálják a GO-génkategóriák. Ez a webes eszköz leegyszerűsíti az adatbázis következtetési folyamatát azáltal, hogy a GO-osztályokat egy adott osztályozási módszerrel, például a GO-Slim-mel szemben csoportosítja és kategorizálja, kihasználva a GO-adatbázis tranzitív zártságán alapuló, előre kiszámított terminus-kapcsolat előnyeit. Ez az eszköz egy sor perl CGI programból áll, amely egy MySQL DBMS-sel van összekapcsolva, amely a GO kifejezések DAG adatait tárolja.

	BEVEZETÉS: A génfunkciós csoportok GO annotációinak kötegelt elemzése hasznos része a nagy áteresztőképességű microarray vagy EST adatok elemzésének.Ez a segédprogram arra szolgál, hogy a felhasználók megtudják a GO kifejezések előfordulását az előre meghatározott szülő/előd GO kifejezések mindegyikén belül. A program a GO-terminusokat (pl. GO:0007067) listaformátumban vagy formázatlan egyszerű szöveges fájlban fogadja, a felhasználó választása szerint lépésenkénti osztályozást végez a rendelkezésre álló GO slim-módszerek, például GO_slim, GOA, EGAD, MGI_GO_slim, GO-ROOT stb. valamelyikével szemben, majd az eredményeket a weben adja vissza (ha ez túl sokáig tart, a felhasználónak e-mailben megküldi az eredmények linkjét). Az eredmények tartalmaznak egy táblázatot, amely felsorolja az összes végső számot és százalékos arányt, valamint egy kördiagramot.
	USAGES: Az eszköz használata olyan egyszerű, mint az alábbi három lépés követése: 3. lépés: Számolja meg a GO-terminusok előfordulásait az egyes ősosztályokban Videós bemutató (japán)
	KÉRDÉSEK ÉS VÁLASZOK: Az eszköz megfelelő használatáról és a kapcsolódó kérdésekről lásd ezt a listátGyakran ismételt kérdések (GYIK). Ha bármilyen kérdése van, amelyet ez a GYIK nem tartalmaz, kérjük, ne habozzon, ossza meg velünk.Minden problémával kapcsolatos visszajelzést és az eszköz fejlesztésére vonatkozó javaslatot szívesen fogadunk.
	KÖZLEMÉNYEK: Zhi-Liang Hu, Jie Bao és James M. Reecy (2008) “CateGOrizer: A Web-Based Program to Batch Analyze Gene Ontology Classification Categories”. Online Journal of Bioinformatics. 9 (2):108-112. Google citations: Zhi-Liang Hu, Jie Bao és James M. Reecy (2007). “A Gene Ontology (GO) Terms Classifications Counter (A Gene Ontology (GO) Terms Classifications Counter)”. Plant & Animal Genome XV Conference, San Diego, CA, January 13-17, 2007.

.