A Jefferson Airplane akusztikus spinoffjaként indult Hot Tuna végül az alapító tagok, Jack Casady és Jorma Kaukonen főállású célpontjává vált, és az 1970-es évek népszerű turnézenekarává vált. Ők ketten életre szóló barátok voltak, együtt nőttek fel Washingtonban, és együtt játszottak a Triumphs nevű együttesben. A középiskola után a gitáros Kaukonen és kormányszolgálatot teljesítő szülei a Fülöp-szigetekre költöztek, de a pszichedélia megjelenésének idején visszatért az Egyesült Államokba, San Franciscóban kötött ki, és 1965-ben társalapítója volt az Airplane-nek. Casady basszusgitáros nem sokkal később csatlakozott, és együtt segítettek hatalmas sikerre vinni az együttest a 60-as évek végén.
A Hot Tuna – eredeti nevén Hot Sh*t, a kiadójuk, az RCA legnagyobb bánatára – 1969-ben kezdett formálódni, amikor Casady és Kaukonen még aktív tagjai voltak a Jefferson Airplane-nek; valójában az első fellépéseik az Airplane koncertjei közé voltak beékelve. A Will Scarlet szájharmonikás által kiegészített trióként (és időnként az Airplane-tag Marty Balin és Spencer Dryden részvételével) a Hot Tuna 1970-ben debütált egy visszafogott, hagyományos bluest és ragtime-ot tartalmazó, a berkeley-i New Orleans House-ban élőben rögzített, azonos című LP-vel; a következő évben megjelent, rockosabb ihletésű First Pull Up, Then Pull Down című lemezen már a hegedűs Papa John Creach, aki egyidejűleg az Airplane állandó tagja volt, és a dobos Sammy Piazza is szerepelt a csapatban. Mínusz Scarlet, a harmadik album, a Burgers 1972-ben jelent meg.
Az 1974-es The Phosphorescent Rat megjelenésével Casady és Kaukonen is hivatalosan kilépett a Jefferson Airplane-ből; ekkorra Creach, aki úgy döntött, hogy az Airplane-ben marad, már nem volt a csapat tagja. Az 1975-ös America’s Choice című lemezzel Piazza is távozott, helyére Bob Steeler dobos lépett; a Yellow Fever még ugyanebben az évben jelent meg, majd 1976-ban a Hoppkorv következett. A billentyűs Nick Buck az 1978-as Double Dose-ra szerződött, de a Hot Tuna ezt követően bejelentette feloszlását, és az 1979-es Final Vinyl-lel zárta le karrierje első szakaszát.
Az együttes feloszlása után Kaukonen kiadott egy szóló LP-t, Jorma címmel, és később csatlakozott a Vital Parts nevű újhullámos egységhez; Casady szintén egy saját újhullámos együttes, az SVT frontembere volt. 1984-ben mindketten visszatértek a gyökerekhez: Casady csatlakozott Balin és Paul Kantner Airplane-társaihoz a KBC Bandben, míg Kaukonen visszatért az akusztikus folkhoz és a blueshoz, amiben alakuló éveiben játszott. Végül Casady és Kaukonen a Hot Tuna égisze alatt játszott egy maroknyi klubfellépést, majd 1986-ban konkrétan újraalakultak; 1990-ben már Michael Falzarano énekes/multiinstrumentalista is a soraikban volt, aki számos korai reunion koncert veteránja volt.
Ebben az évben a Hot Tuna kiadta a Pair a Dice Found-ot, az első új stúdióanyagukat több mint egy évtized óta; ezt követte egy sor élő kiadvány, köztük az 1992-es Live at Sweetwater, az 1997-es Splashdown Two és az 1999-es And Furthurmore….. A következő években a Hot Tuna továbbra is évente több élő koncertet adott különböző felállásokban. Az RCA-évekből 2006-ban egy egylemezes best-of-ot adtak ki Keep on Truckin’ címmel. Az együttes első stúdióalbuma 20 év után, a Steady as She Goes, amelyet Levon Helm stúdiójában vettek fel a New York-i Woodstockban, Larry Campbell producerrel, 2011-ben jelent meg a Red House Records gondozásában.