Bár gyakran elhanyagolják, a magminták mindig romlanak valamilyen mértékben a mag kivágása, kezelése és vizsgálata során. Egyre elterjedtebbek a roncsolásmentes technikák, pl. az MRI-szkennelés alkalmazása a szemcsék, a pórusfolyadékok, a pórustér (porozitás) és ezek kölcsönhatásai (amelyek a permeabilitás részét képezik) jellemzésére, de az ilyen drága finomságok valószínűleg kárba vesznek egy olyan magon, amelyet egy rugózatlan teherautón ráznak 300 km földúton. Az, hogy mi történik a magokkal a kitermelő berendezés és a végső laboratórium (vagy archívum) között, gyakran elhanyagolt része a nyilvántartásnak és a magkezelésnek.
A magokat ma már fontos adatforrásként ismerik el, és egyre nagyobb figyelmet és gondosságot fordítanak a magok sérülésének megelőzésére a szállítás és elemzés különböző szakaszai során. Ennek szokásos módja a mag teljes lefagyasztása folyékony nitrogénnel, amely olcsón beszerezhető. Egyes esetekben speciális polimereket is használnak, hogy megóvják és ültessék/párnázzák a magot a károsodástól.
Egy olyan magminta, amelyet nem lehet összefüggésbe hozni a környezetével (ahol volt, mielőtt magmintává vált), sokat veszített a hasznából. A fúrólyuk azonosítása, valamint a magnak a fúrólyukban elfoglalt helye és tájolása (“felfelé”) kritikus fontosságú, még akkor is, ha a fúrólyuk egy fatörzsben van – a dendrokronológusok mindig igyekeznek egy kéregfelületet is felvenni a mintáikba, hogy a fa legutóbbi növekedésének időpontja egyértelműen meghatározható legyen.
Ha ezek az adatok elválnak a magmintától, általában lehetetlen visszaszerezni ezeket az adatokat. Egy magvételi művelet költsége néhány valutaegységtől (egy puha talajszelvényből kézzel fogott mag esetében) több tízmillió valutaegységig (egy távoli területen, sok kilométer mélyen lévő tengeri fúrásból származó oldalfal-magok esetében) terjedhet. Az ilyen alapvető adatok nem megfelelő rögzítése mindkét magtípus hasznosságát tönkretette.
A különböző tudományágak különböző helyi konvenciókkal rögzítik ezeket az adatokat, és a felhasználónak meg kell ismerkednie a saját területének konvencióival. Például az olajiparban a mag tájolását jellemzően úgy rögzítik, hogy a magot két hosszanti színes csíkkal jelölik, a piros színű csík a jobb oldalon van, amikor a magot a felszínen kiemelik és megjelölik. Az ásványkincsek bányászatához vágott magoknak saját, eltérő konvencióik lehetnek. Az építőmérnöki vagy talajtani vizsgálatoknak saját, eltérő konvencióik lehetnek, mivel az általuk használt anyagok gyakran nem elég alkalmasak ahhoz, hogy tartós jeleket készítsenek rajtuk.
Egyre gyakoribbá válik, hogy a magmintákat a magvágó berendezés részét képező hengeres csomagolásban tartják, és ezeken a “belső hordókon” a terepen készítik el a nyilvántartási jeleket a további laboratóriumi feldolgozás és elemzés előtt. Néha a magot a terepről a laboratóriumba olyan hosszúságban szállítják, ahogyan a földből kijön; máskor a szállításhoz szabványos hosszúságokra (5 m vagy 1 m vagy 3 láb) vágják, majd a laboratóriumban újra összerakják. A “belső hordós” rendszerek némelyike képes megfordítani a magmintát, így a laboratóriumban a minta “rossz irányba” kerül, amikor a magot újra összerakják. Ez megnehezítheti az értelmezést.
Ha a fúrás során petrofizikai méréseket végeznek a fali kőzeteken, és ezeket a méréseket megismétlik a mag hosszában, majd a két adatsort korrelálják, szinte minden esetben azt találják, hogy egy adott magdarab “rekordmélysége” eltér a két mérési módszer között. Ekkor válik az ügyfél számára politikai kérdéssé (ipari környezetben) vagy nagy vitát kiváltó kérdéssé (olyan környezetben, ahol nincs felülbíráló hatóság), hogy melyik mérési sorozatnak adjunk hitelt. Annak rögzítése, hogy bármilyen okból eltérések vannak, fenntartja a hibás döntés későbbi korrigálásának lehetőségét ; a “hibás” mélységadatok megsemmisítése lehetetlenné teszi a hiba későbbi korrigálását. Az adatok és magminták megőrzésére és archiválására szolgáló bármilyen rendszert úgy kell kialakítani, hogy az ilyen eltérő véleményeket meg lehessen őrizni.
Ha egy kampányból származó magminták kompetensek, általános gyakorlat, hogy a laboratóriumi feldolgozás során elég korán “feldarabolják” őket – a mintát hosszirányban két vagy több mintára vágják -, hogy a minták egy csoportját az elemzési folyamat elején archiválni lehessen a feldolgozás során elkövetett hibák elleni védelemként. Gyakori a mag 2/3-os és 1/3-os készletre történő “feldarabolása”. Az is gyakori, hogy az egyik készletet a fő megrendelő megtartja, míg a második készletet a kormány kapja meg (amely gyakran a feltárási/kitermelési engedélyezés feltételeként szabja meg az ilyen adományozás feltételét). A “szlabeálás” azzal az előnnyel is jár, hogy sík, sima felületet készít elő a profil áteresztőképességének vizsgálatához és teszteléséhez, amellyel nagyon sokkal könnyebb dolgozni, mint a magminták jellemzően érdes, görbült felületével, amikor azok frissen kerülnek ki a magvizsgáló berendezésből. A nyers és a “lemezes” magfelületek fotózása rutinszerű, gyakran természetes és ultraibolya fényben is.
A tengerfenéki magokkal kapcsolatos szakirodalomban alkalmanként használt hosszegység a cmbsf, a tengerfenék alatti centiméterek rövidítése.
Az cmbsf a tengerfenék alatti centiméterek rövidítése.