- Empirikusan meghatározott 3-D modellek elsődleges adatbázisai
- Related Structural Databases
- Structural Classification Databases
- Specialized Structural Databases
- Databases of Theoretically Determined 3-D Models
- Databases of Theoretically Determined 3-D modellek
- Empirikusan meghatározott 3-D modellek elsődleges adatbázisai
- Related (derived) Structural Databases
- Szerkezeti osztályozási adatbázisok
- Specializált szerkezeti adatbázisok
- A következő adatbázisok meghatározott fehérjecsaládokra vagy más biológiai makromolekulákra összpontosítottak, és a wwPDB-ből származó szerkezeti információkat tartalmaznak.
- Az elméletileg meghatározott 3-D modellek adatbázisai
- A következő adatbázisok tartalmazzák a fehérjék összehasonlító modellezéssel számított 3-D modelljeit. Mielőtt saját összehasonlító modellezési projektjébe kezdene, próbálja ki ezeket az adatbázisokat.
- új ablakban megnyitásRCSB PDB (USA)
- MSD-EBI (Európa)
- új ablakban nyitvaPDBj (Japán)
| új ablakban nyitvaBMRB |
BioMagResBank. A biomolekulák NMR-spektroszkópiájából származó adatok tárháza. A BMRB a wwPDB része. A koordinátákat és a kényszeradatokat a PDB adja ki, míg az egyéb NMR spektrális adatokat (például kémiai eltolódások, csatolási állandók és relaxációs paraméterek) a BMRB archiválja.
|
|
|---|---|---|
| Új ablakban nyitvaCSD |
The Cambridge Structural Database. A kis szerves molekulák kristályszerkezeteinek kereskedelmi adattára, beleértve a rövid polipeptideket és poliszacharidokat is (WIS licencelt CSD)
|
|
| nyitás új ablakbanNDB |
A nukleinsavak szerkezeti információinak adattára. A struktúrákat a wwPDB-ben és az NDB-ben is archiválják.
|
|
| új ablakban nyitvawwPDB |
A világméretű Protein Data Bank (wwPDB) az összes publikált, empirikusan meghatározott makromolekuláris háromdimenziós szerkezet nemzetközileg elismert, egységes adattára. A PDB archívum a következő portálokon keresztül érhető el: |
|
| Alerts | ||
| új ablakban nyitvaPDBalert | Automatic rendszer, amely figyelmezteti a felhasználókat, amint egy érdekes fehérjével homológiát mutató PDB struktúra elérhetővé válik | |
| soaPDB | Webes eszköz az elmentett PDB keresések létrehozására és szervezésére, beleértve az automatikus e-mail értesítést | |
új ablakban megnyitásSeqAlert  |
Automatikus rendszer, amely figyelmezteti a felhasználókat, amint egy érdeklődésre számot tartó fehérjével homológiát mutató PDB struktúra elérhetővé válik | |
| Jena Library | Az adatbázis célja a PDB-ben található szerkezeti modellekre vonatkozó információk integrálása, a vizualizációra és elemzésre helyezve a hangsúlyt. |
|---|---|
| új ablakban megnyitásMMDB | NCBI’s Entrez 3-D structure database. Az NCBI a szerkezeti adatokat összekapcsolta a bibliográfiai információkkal, a szekvencia-adatbázisokkal és az NCBI taxonómiájával. Tartalmaz szekvencia- és szerkezetvizualizációs eszközöket (Cn3D). |
| új ablakban megnyitásOCA |
OCA, egy böngésző-adatbázis a fehérjék szerkezetéhez/funkciójához. Az OCA több, új ablakban megnyitás forrásból származó adatot integrál, hangsúlyt fektetve a szekvencia-szerkezet-funkció információkra. |
| open in new windowPDBsum | A PDBsum egy képi adatbázis, amely áttekintést nyújt a PDB-ben letétbe helyezett egyes 3D szerkezetek tartalmáról. Megmutatja a szerkezetet alkotó molekula(ka)t (pl. fehérjeláncok, DNS, ligandumok és fémionok) és a kölcsönhatásaik sematikus ábráit. |
| PDBWiki | A biológiai molekulaszerkezetek és kapcsolódó információk közösségi annotált tudásbázisa. |
| új ablakban megnyitásProteopedia |
Collaborative wiki encyclopedia of proteins and other macromolecules structures. A Proteopedia tartalmaz egy oldalt a wwPDB minden egyes bejegyzéséhez, valamint a felhasználók által készített interaktív oldalakat, amelyek célja, hogy a szerkezet/funkció információkat felhasználóbarát módon mutassák be a széles tudományos közönség számára. A Proteopedia egy könnyen használható jelenetíró eszközt alkalmaz. |
| CATH |
Hierarchikus osztályozási adatbázis
|
|---|---|
| nyílik új ablakbanSCOP |
Hierarchikus osztályozási adatbázis
|
| nyílik új ablakbanThe Dali Database |
Fold classification based on structure-struktúra illesztése alapján
|
| TOPS |
Protein topológiák adatbázisa
|
| nyílik új ablakbanAmyPDB | Amyloid fehérjék, |
|---|---|
| új ablakban megnyitásAntitestek | Citokróm P450 |
| új ablakban megnyitásCAZy | Szénhidrát aktív. enzimek |
| CyBase | Ciklikus fehérjék |
| új ablakban nyitvaCYPED | |
| nyitva új ablakbanEC→PDB | Enzimek |
| új ablakban nyitvaESTHER | Alfa/béta hidrolázok homológok a kolinészterázokkal |
| nyílik új ablakbanSzemSite | A szemben működő fehérjék |
| nyílik új ablakbanGLYCO3D | Szénhidrátok, Lektinek, glikoziltranszferázok, Gag-kötő fehérjék |
| GlycoSuite | Glikánok |
| glycoSCIENCE | |
| új ablakban nyitvaGPCRDB | G protein-coupled receptors |
| nyílik új ablakbanHIV Structural Database | |
| nyílik új ablakbanHMPDb | Humán mitokondriális fehérjék |
| nyílik új ablakbanHMPDb | Human mitochondrial proteins |
| nyitva új ablakHmrbase | Hormonok |
| nyitva új ablakbanHomeodomain Resource | |
| nyitva új ablakbanKNOTIN | |
| nyitva új ablakbanLS-SNP/PDB | Annotated non-szinonim SNP-k PDB struktúrákra leképezve |
| MEROPS | Peptidázok |
| MDB | Metalloproteinek |
| MemPro | Membránfehérjék |
| MPDB | Membrán. fehérjék |
| RNS FRABASE | |
| SAAPdb | Mapping SNPs and pathogenic eltérések (PD-k) fehérje szerkezeti adatokra |
| SDAP | Allergén fehérjék |
| EF-Hand | |
Az elméletileg meghatározott 3-D modellek adatbázisai
A következő adatbázisok tartalmazzák a fehérjék összehasonlító modellezéssel számított 3-D modelljeit. Mielőtt saját összehasonlító modellezési projektjébe kezdene, próbálja ki ezeket az adatbázisokat.
Automatikus számítások a ModPipe segítségével
Modellek struktúrái különböző forrásokból (CSMP, JCSG, MCSG, NESG, NYSGXRC, JCMM, ModBase, SWISS-MODEL Repository)
Automatikus számítások SWISS_MODEL
segítségével.