El pulmón está expuesto a enormes cantidades de aire y a agentes potencialmente infecciosos, pero rara vez se producen infecciones graves, un testimonio de las extraordinarias defensas naturales del tracto respiratorio. Las causas más comunes de infecciones pulmonares bacterianas en huéspedes normales son Streptococcus pneumoniae, Haemophilus, Staphylococcus aureus y Mycobacterium tuberculosis. En los huéspedes comprometidos, las causas bacterianas de la neumonía son mucho más amplias, incluyendo especies que normalmente no se consideran de alta virulencia en los seres humanos. De hecho, la infección por una de estas especies bacterianas inusuales exige la búsqueda de una condición de inmunocompromiso. Las defensas normales del tracto respiratorio incluyen factores físicos inespecíficos (la «escalera mucociliar») y factores innatos, como las defensinas, la lisozima y las células fagocíticas (leucocitos polimorfonucleares, macrófagos alveolares pulmonares y células dendríticas). Las defensas antibacterianas se ven reforzadas por las opsoninas, incluidas las intrínsecamente presentes (componentes del surfactante y del complemento) y las inmunoglobulinas inducidas. Las condiciones inmunocomprometedoras, en las que frecuentemente se producen infecciones pulmonares bacterianas, incluyen (pero no se limitan a) la hipogammaglobulinemia, la enfermedad granulomatosa crónica y la disquinesia ciliar primaria. Cada una de estas afecciones ilustra el papel esencial del elemento discapacitado del sistema inmunitario innato y adaptativo en el mantenimiento de la esterilidad del tracto respiratorio inferior.