- Basi di dati primari di modelli 3-D determinati empiricamente
- Basi di dati strutturali correlati
- Basi di classificazione strutturale
- Basi di dati strutturali specializzate
- Basi di dati di modelli 3-D determinati teoricamente
- Basi di dati primari di modelli 3-D determinati teoricamente
- Basi di dati primari di modelli 3-D determinati empiricamente
- Basi di dati strutturali correlati (derivati)
- Basi di classificazione strutturale
- Basi di dati strutturali specializzati
- Le seguenti basi di dati si sono concentrate su specifiche famiglie di proteine o altre macromolecole biologiche e includono informazioni strutturali derivate dal wwPDB.
- Basi di modelli 3-D teoricamente determinati
- Le seguenti basi di dati includono modelli 3-D di proteine calcolati tramite modellazione comparativa. Prima di iniziare il tuo progetto di modellazione comparativa, prova questi database.
- apri in una nuova finestraRCSB PDB (USA)
- MSD-EBI (Europa)
- apri in nuova finestraPDBj (Giappone)
Basi di dati primari di modelli 3-D determinati teoricamente
| apri in una nuova finestraBMRB |
BioMagResBank. Un deposito di dati dalla spettroscopia NMR su biomolecole. Il BMRB fa parte del wwPDB. Le coordinate e i dati di vincolo sono rilasciati dal PDB mentre gli altri dati spettrali NMR (come spostamenti chimici, costanti di accoppiamento e parametri di rilassamento) sono archiviati dal BMRB.
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|---|---|---|
| open in new windowCSD |
The Cambridge Structural Database. Deposito commerciale di strutture cristalline di piccole molecole organiche, inclusi polipeptidi e polisaccaridi corti (WIS licensed CSD)
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| apri in nuova finestraNDB |
Un deposito di informazioni strutturali sugli acidi nucleici. Le strutture sono archiviate sia nel wwPDB che nel NDB.
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| apri in una nuova finestrawwPDB |
Il World Protein Data Bank (wwPDB) è il deposito unico riconosciuto a livello internazionale di tutte le strutture macromolecolari tridimensionali pubblicate e determinate empiricamente. L’archivio PDB è accessibile tramite i seguenti portali: |
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| Avvisi | ||
| apri in nuova finestraPDBalert | Automatic sistema che avvisa gli utenti non appena una struttura PDB con omologia ad una proteina di interesse diventa disponibile | |
| soaPDB | Strumento web per la generazione e organizzazione di ricerche PDB salvate, inclusi avvisi automatici via e-mail | |
apri in una nuova finestraSeqAlert  |
Sistema automatico che avvisa gli utenti non appena una struttura PDB con omologia a una proteina di interesse diventa disponibile | |
| Jena Library | Il database mira ad integrare le informazioni riguardanti i modelli strutturali nel PDB con un’enfasi sulla visualizzazione e l’analisi. |
|---|---|
| apri in una nuova finestraMMDB | Database Entrez 3-D dell’NCBI. L’NCBI ha collegato i dati strutturali alle informazioni bibliografiche, ai database di sequenze e alla tassonomia dell’NCBI. Include strumenti per la visualizzazione della sequenza e della struttura (Cn3D). |
| apri in una nuova finestraOCA |
OCA, un database browser per la struttura/funzione delle proteine. OCA integra dati provenienti da diverse fonti con un’enfasi sulle informazioni sequenza-struttura-funzione. |
| apri in nuova finestraPDBsum | Il PDBsum è un database pittorico che fornisce una panoramica a colpo d’occhio del contenuto di ogni struttura 3D depositata nel PDB. Mostra le molecole che compongono la struttura (cioè catene proteiche, DNA, ligandi e ioni metallici) e diagrammi schematici delle loro interazioni. |
| PDBWiki | Base di conoscenza commentata dalla comunità di strutture molecolari biologiche e informazioni correlate. |
| apri in una nuova finestraProteopedia |
Enciclopedia wiki collaborativa di proteine e altre strutture di macromolecole. Proteopedia contiene una pagina per ogni voce del wwPDB, così come pagine interattive create dagli utenti che hanno lo scopo di presentare le informazioni sulla struttura/funzione in modo facile da usare per un vasto pubblico scientifico. Proteopedia impiega uno strumento di creazione di scene facile da usare. |
| CATH |
Base di classificazione gerarchica
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|---|---|
| apri in una nuova finestraSCOP |
Base di classificazione gerarchica
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| apri in una nuova finestraThe Dali Database |
Classificazione delle pieghe basata sulla struttura-struttura delle proteine
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| TOPS |
Base dati delle topologie delle proteine
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| apri in una nuova finestraAmyPDB | Proteine amiloidi, |
|---|---|
| apri in nuova finestraAnticorpi | Citocromo P450 |
| apri in nuova finestraCAZy | Enzimi attivi dei carboidrati enzimi |
| CyBase | Proteine cicliche |
| apri in nuova finestraCYPED | |
| apri in una nuova finestraEC→PDB | Enzimi |
| apri in una nuova finestraESTHER | Alfa/beta idrolasi omologhe alle colinesterasi |
| apri in nuova finestraEyeSite | Proteine che funzionano nell’occhio |
| apri in nuova finestraGLYCO3D | Carboidrati, Lectine, Glicosiltransferasi, Gag binding proteins |
| GlycoSuite | Glicani |
| glycoSCIENCE | |
| apri in nuova finestraGPCRDB | Recettori accoppiati alle proteine Gaccoppiati alla proteina G |
| apri in nuova finestraHIV Structural Database | |
| apri in nuova finestraHMPDb | Proteine mitocondriali umane |
| apri in nuova finestraHmrbase | Ormoni |
| apri in nuova finestraHomeodomain Resource | |
| apri in nuova finestraKNOTIN | |
| apri in nuova finestraLS-SNP/PDB | Annotati SNP nonSNPs sinonimi mappati alle strutture PDB |
| MEROPS | Peptidasi |
| MDB | Metalloproteine |
| MemPro | Proteine di membrana |
| MPDB | Membrana proteine di membrana |
| RNA FRABASE | |
| SAAPdb | Mapping SNPs and pathogenic deviazioni (PD) ai dati strutturali delle proteine |
| SDAP | Proteine allergeniche |
| EF-Mano | |
Basi di modelli 3-D teoricamente determinati
Le seguenti basi di dati includono modelli 3-D di proteine calcolati tramite modellazione comparativa. Prima di iniziare il tuo progetto di modellazione comparativa, prova questi database.
Calcoli automatici con ModPipe
Modelli di strutture da diverse risorse (CSMP, JCSG, MCSG, NESG, NYSGXRC, JCMM, ModBase, SWISS-MODEL Repository)
Calcoli automatici con SWISS_MODEL