Nel profondo deserto di Chihuahuan, l’area intorno a El Capitan è composta da aspre montagne e saline spazzate dal vento. Di conseguenza, la maggior parte della presenza dei nativi americani nelle vicinanze era centrata a circa 3 miglia a sud-est di El Capitan nella zona ora chiamata Pine Springs. Un’oasi di sorgenti, sorgenti e vegetazione, quest’area mostra prove (depositi di mescal, petroglifi, artefatti, ecc.) dell’occupazione umana per diversi secoli. Più recentemente, l’area è stata una dimora stagionale di bande di Apache Mescalero, che, costantemente spinti a sud dai Comanche ferocemente espansionisti nel 18° secolo, hanno usato la loro conoscenza locale delle sorgenti e di altre scarse risorse per mantenersi in un ambiente altrimenti duro fino al 19° secolo, quando l’espansione e l’insediamento anglo hanno messo fine al loro modo di vivere delicatamente equilibrato.
Mentre l’occasionale spedizione spagnola, come quella di Antonio de Espejo nel 1582, si avvicinò alla zona intorno a El Capitan, la presenza anglo-europea permanente nella zona risale alla fine del 1840, quando la regione divenne ufficialmente parte degli Stati Uniti dopo la vittoria americana nella guerra messicano-americana. Desiderosi di trovare un sentiero adatto da San Antonio a El Paso, ed eventualmente ai lontani territori americani sulla costa del Pacifico, un certo numero di spedizioni si spinse nelle calde, aride e pericolose terre a ovest del Pecos, sperando di trovare una potenziale rotta di carri con abbastanza legname e acqua per rendere possibile un viaggio coerente. Una di queste spedizioni, guidata dall’agente indiano Robert S. Neighbors, raggiunse El Paso nel 1849 attraverso un viaggio difficile che richiedeva di attraversare e riattraversare i fiumi Pecos e Devil’s, e poi sopravvivere al lungo e secco tratto dalle montagne Davis a El Paso. Sconfortati dalla prospettiva di ritornare per la stessa strada, il gruppo partì invece da El Paso verso est, verso le Hueco Tanks e il Guadalupe Pass, che speravano di seguire fino ad un attraversamento stabilito del fiume Pecos vicino al moderno confine tra Texas e Nuovo Messico, usato a lungo da messicani e nativi americani. Riuscendo a raggiungere il Pecos, Neighbors discese rapidamente il fiume e fece ritorno a San Antonio, dove riferì ai suoi superiori che questa strada offriva buona acqua a Hueco Tanks, buon legname vicino alle montagne, e un facile percorso attraverso Guadalupe Pass fino al Pecos. Questa strada, che divenne nota come la strada “superiore”, per distinguersi dalla strada originale “inferiore” attraverso Fort Davis e su per il Rio Grande fino a El Paso, divenne presto popolare tra i commercianti e gli emigranti, i loro lunghi treni di carri e muli passando vicino al volto di El Capitan. Questo traffico aumentò nel 1858 quando la diligenza Butterfield cominciò ad usare la strada superiore tra El Paso e il guado sul Pecos chiamato Pope’s Crossing, dal nome di John Pope, l’ufficiale dell’esercito che aveva rilevato il passaggio due anni prima. Approfittando dell’acqua e del legname disponibile, la linea della diligenza costruì una stazione a Pinery, più tardi chiamata Pine Springs, 3 miglia a sud-est di El Capitan. Anche se questa stazione durò solo un anno prima che il percorso fosse spostato a sud per passare sotto la protezione dei forti Stockton e Davis, la stazione di Pinery continuò ad essere usata dai soldati, dai mercanti e dagli emigranti molto tempo dopo.
In questo periodo, El Capitan fu anche testimone della Guerra del Sale di El Paso, una violenta lotta tra i residenti messicani-americani e gli uomini d’affari anglosassoni per l’accesso alle saline che si estendono a ovest della base della montagna. Conosciute da tempo dagli Apache, le saline furono identificate per la prima volta dagli europei nel 1692 dalla spedizione di Diego de Vargas. Diventando rapidamente un’importante risorsa locale, generazioni di messicani, e più tardi, messicani-americani, hanno affrontato il caldo, pericoloso percorso di quattro giorni da San Elizario sul Rio Grande alle montagne Hueco e poi ad est verso El Capitan per riempire i loro carri con il prezioso sale. Tutto questo cambiò alla fine degli anni 1840, quando la regione cominciò ad avere una maggiore presenza anglosassone. Mentre la legge e la tradizione messicana avevano considerato le saline come proprietà comune, la tradizione americana le considerava terre non reclamate, che potevano essere rivendicate da qualsiasi cittadino e acquistate come proprietà privata. Negli anni 1870, i tentativi degli uomini d’affari locali di rivendicare le saline si scontrarono con la violenta opposizione dei residenti locali, per i quali il sale gratuito era un importante complemento all’economia regionale di agricoltura e allevamento. Il conflitto arrivò al culmine nel dicembre 1877, quando Charles Howard, che aveva tentato di rivendicare le saline, e due colleghi furono assassinati da una folla inferocita. Questo portò rapidamente a una violenza diffusa contro le famiglie messicane-americane locali, portando molti a fuggire a sud del Rio Grande. Quando la polvere si posò, le saline erano state rivendicate e i residenti locali furono costretti a pagare per il sale che per secoli era stato gratuito.
Nei primi decenni del XX secolo, una strada per tutte le stagioni era stata costruita tra El Paso e Carlsbad, New Mexico. Commissionata nel 1928 come U.S. Highway 62, la strada portò una nuova generazione di visitatori nella zona, in particolare dopo l’apertura del vicino Carlsbad Caverns National Park nel 1930. Decenni prima della creazione del Guadalupe Mountains National Park, i viaggiatori in auto e in autobus si fermavano già nelle aree di sosta lungo la strada per meravigliarsi delle pareti a strapiombo di El Capitan, scattare foto e scrivere messaggi veloci sul retro delle cartoline blasonate con l’imponente volto della montagna.Durante questo periodo, la terra che comprendeva El Capitan era di proprietà di James Adolphus Williams, la cui casa Williams Ranch è ancora esistente sul terreno del parco a ovest della montagna. Dopo diverse battute d’arresto economiche, Williams vendette la terra nel 1941 al giudice J.C. Hunter di Van Horn, Texas, un prospero petroliere e primo ambientalista il cui Guadalupe Mountains Ranch alla fine includeva 75.000 acri di terra nel Guadalupes, comprese parti del McKittrick Canyon. Un precoce sostenitore della creazione di un parco per proteggere le Guadalupes meridionali, Hunter fece una campagna per diversi anni fino alla sua morte nel 1945. Ereditando il desiderio del padre di vedere l’area protetta, sia per la sua bellezza paesaggistica che per il suo significato geologico, il figlio di Hunter, J.C. Hunter, Jr. lavorò con i funzionari del National Park Service per costruire un accordo che avrebbe permesso al Park Service di acquistare la terra per usarla come parco nazionale. Costretta a correre un tortuoso guanto di sfida tra legislatori statali e federali, funzionari del parco e ingegneri stradali, così come proprietari di immobili e allevatori locali, la donazione Hunter, che comprendeva El Capitan e Guadalupe Peak, fu finalmente ceduta al Servizio del Parco nel 1969. Tre anni dopo, il Guadalupe Mountains National Park fu ufficialmente aperto, permettendo l’accesso pubblico all’area.