Il gene CD40LG fornisce le istruzioni per produrre una proteina chiamata CD40 ligando, che si trova sulla superficie delle cellule del sistema immunitario note come cellule T. Il ligando CD40 si attacca come una chiave in una serratura alla sua proteina recettore, CD40, che si trova sulla superficie delle cellule del sistema immunitario note come cellule B. Le cellule B sono coinvolte nella produzione di proteine chiamate anticorpi o immunoglobuline che aiutano a proteggere il corpo dalle infezioni. Ci sono diverse classi di anticorpi, e ognuna ha una funzione diversa nel sistema immunitario. Le cellule B sono in grado di maturare in cellule che producono immunoglobuline M (IgM) senza alcun segnale da altre cellule. Affinché le cellule B maturino in cellule che producono anticorpi di una classe diversa, il recettore CD40 deve interagire con il ligando CD40. Quando queste due proteine sono collegate, innescano una serie di segnali chimici che istruiscono la cellula B ad iniziare a produrre immunoglobuline G (IgG), immunoglobuline A (IgA) e immunoglobuline E (IgE).
Il ligando CD40 è anche necessario alle cellule T per interagire con altre cellule del sistema immunitario, e gioca un ruolo chiave nella differenziazione delle cellule T (il processo attraverso il quale le cellule maturano per svolgere funzioni specifiche).