GO Terms Classifications Counter

CateGOrizer, precedentemente conosciuto come “GO Terms Classifications Counter”, è uno strumento web gratuito migliorato per gli utenti per analizzare in batch i set di dati dei termini GO in termini di classi GO che rappresentano. Una caratteristica utile della Gene Ontology (GO) è che aiuta a descrivere le gerarchie di base dei termini e le relazioni tra i termini nel contesto della biologia. Di solito è un compito arduo trovare un’immagine chiara di come un insieme di termini GO sono rappresentati dalle categorie GO. Questo strumento web semplifica il processo di ragionamento del database raggruppando e categorizzando le classi GO contro un dato metodo di classificazione come GO-Slim, approfittando della relazione precompilata dei termini basata sulla chiusura transitiva del database GO. Questo strumento è composto da una serie di programmi CGI perl accoppiati con un DBMS MySQL che memorizza i dati DAG dei termini GO.

	INTRODUZIONE: L’analisi in batch delle annotazioni GO per i gruppi di funzioni geniche è una parte utile dell’analisi dei dati microarray o EST ad alta produttività. Il programma prende l’input dei termini GO (per esempio GO:0007067) in un formato lista o in un file di testo semplice non formattato, esegue la classificazione a passi contro uno dei metodi GO disponibili come GO_slim, GOA, EGAD, MGI_GO_slim, GO-ROOT, ecc. a scelta dell’utente, o contro uno dei propri metodi di classificazione, e poi restituisce i risultati sul web (se ci vuole troppo tempo, invia un’email all’utente con il link dei risultati). I risultati includono una tabella che elenca tutti i conteggi e le percentuali finali, insieme a un grafico a torta.
	USAGES: L’uso dello strumento è facile come seguire questi tre passi: Passo 3: Contare le occorrenze dei termini GO in ogni classe ancestrale Un video tutorial (giapponese)
	QUESTIONS AND ANSWERS: Per l’uso corretto di questo strumento e le domande relative, vedi questa lista diFrequently Asked Questions (FAQ). Se hai qualche domanda che non è coperta da queste FAQ, per favore non esitare a farcelo sapere.Tutti i feedback sui problemi e i suggerimenti per migliorare lo strumento sono apprezzati.
	PUBBLICAZIONI: Zhi-Liang Hu, Jie Bao e James M. Reecy (2008) “CateGOrizer: A Web-Based Program to Batch Analyze Gene Ontology Classification Categories”. Online Journal of Bioinformatics. 9 (2):108-112. Citazioni Google: 244 entro il 2020 Zhi-Liang Hu, Jie Bao e James M. Reecy (2007). “Un contatore di classificazioni di termini Gene Ontology (GO)”. Conferenza Plant & Animal Genome XV, San Diego, CA, 13-17 gennaio 2007.