Johann van Beethoven era figlio di Maria Josepha Ball (sposata nel 1733) e Lodewijk o Ludwig van Beethoven (1712-1773; da non confondere con il famoso figlio omonimo di Johann), che era probabilmente nato nella città di Mechelen, nei Paesi Bassi asburgici (ora nelle Fiandre, in Belgio) o nelle sue vicinanze, e aveva servito come musicista in diverse comunità a Mechelen e dintorni prima di stabilirsi a Bonn nel 1733, dove servì come musicista alla corte del principe arcivescovo-elettore di Colonia Clemens August di Baviera, salendo alla carica di Kapellmeister nel 1761. Anche Johann van Beethoven mostrò talento musicale e si unì alla corte, principalmente come cantante, nel 1764. Oltre al canto (la sua gamma, anche se di solito descritta come quella di un tenore, potrebbe essersi estesa nei registri di contralto e anche più alti), suonava il violino e la cetra, e suonava e insegnava strumenti a tastiera del giorno, tra cui il clavicembalo e il clavicordo.
Ha incontrato la sua futura moglie, Maria Magdalena Keverich (1746-1787), durante un viaggio a Ehrenbreitstein. Era la figlia del capo cuoco di Johann IX Philipp von Walderdorff, arcivescovo-elettore di Treviri, la cui corte era lì, e lei aveva legami familiari nell’orchestra di corte a Bonn. Keverich era già vedova all’età di diciannove anni. Lei e Johann si sposarono il 12 novembre 1767 nella chiesa cattolica di San Remigio a Bonn. Ebbero sette figli, tre dei quali vissero fino all’età adulta:
- Ludwig Maria van Beethoven (2 aprile 1769 – 6 aprile 1769)
- Ludwig van Beethoven (16 dicembre 1770 a Bonn, Kurköln – 26 marzo 1827)
- Kaspar Anton Karl van Beethoven (8 aprile 1774 – 15 novembre 1815)
- Nikolaus Johann van Beethoven (2 ottobre 1776 – 12 gennaio 1848)
- Anna Maria Franziska van Beethoven (23 febbraio 1779 – 27 febbraio 1779)
- Franz Georg van Beethoven (17 gennaio 1781 – 16 agosto 1783)
- Maria Margarete Josepha van Beethoven (5 maggio 1786 – 26 novembre 1787)
Johann capì il talento di Ludwig e divenne il suo primo insegnante. Era, tuttavia, un padre violento secondo alcuni testimoni. “C’erano pochi giorni in cui non veniva picchiato per costringerlo a mettersi al pianoforte”, ha riferito un amico d’infanzia di Ludwig. Un consigliere di corte ha riferito che Johann occasionalmente chiudeva Ludwig in una cantina. Ogni volta che Ludwig suonava male, Johann esclamava che era un imbarazzo per la famiglia. Johann era un alcolizzato, una situazione che peggiorò quando Maria morì nel 1787, dopo di che la famiglia fu sempre più dipendente dal giovane Ludwig per il sostegno. Nel 1789 il diciottenne Ludwig ottenne un ordine con il quale la metà della paga di Johann veniva girata a lui per il mantenimento della famiglia.
Johann morì nel 1792, non molto tempo dopo che Ludwig si era trasferito a Vienna per studiare con Joseph Haydn. Il suo datore di lavoro, l’Elettore, scrisse sardonicamente a un amico: “Le entrate delle accise sui liquori hanno subito una perdita con la morte di Beethoven”.