Il vescovo William Quarter, il primo vescovo di Chicago, supervisionò la creazione e il primo sviluppo dell’Università di Santa Maria del Lago con l’obiettivo primario di ordinare preti per servire la crescente diocesi. Dopo anni di fiorente attività ma con un crescente onere finanziario, l’università fu costretta a chiudere nel 1866.
Esprimendo un bisogno di più preti, l’arcivescovo George Mundelein fu costretto a riaprire l’istituzione come Seminario di Santa Maria del Lago intorno al 1921. Nel 1926, il seminario aprì una nuova chiesa nel campus, progettata dall’architetto di Chicago Joseph W. McCarthy. L’istituzione divenne nota in tutto il mondo nel 1926 come sede del 28° Congresso Eucaristico Internazionale.
Nel settembre 1929, il seminario ricevette un secondo statuto, questa volta dalla Santa Sede. Il cardinale Mundelein ottenne dalla Sacra Congregazione per i Seminari e le Università l’autorità di concedere i gradi accademici internazionali della Santa Sede. Nel 1934 la Facoltà Ecclesiastica di Teologia di Mundelein fu onorata con una concessione permanente di questa autorità. Il seminario divenne la prima istituzione americana ad essere onorata come facoltà teologica pontificia sotto la Costituzione Apostolica. Il leader liturgico seminale e cappellano dell’Azione Cattolica Mons. Reynold Henry Hillenbrand servì come rettore del Seminario di Santa Maria del Lago dal 1936-1944.
Sotto la guida del Cardinale Albert Meyer, nel 1961 il seminario aprì un secondo campus a Niles, Illinois. Il campus di Niles divenne la sede del programma biennale di arti liberali. Il campus di Mundelein includeva gli studi universitari superiori di filosofia seguiti da un programma quadriennale di teologia. Sotto il successore del Cardinale Meyer, il Cardinale John Cody, il programma universitario fu affiliato alla Loyola University of Chicago e divenne il Niles College della Loyola University. Il Saint Mary of the Lake Seminary era ora strettamente una scuola di teologia. Il programma che risultò da quella revisione continuò ad essere attuato per più di un decennio, i suoi aspetti accademici, formativi/spirituali e pastorali guidati dal Programma di Formazione Sacerdotale della Conferenza Nazionale dei Vescovi Cattolici e dalle direttive della Sacra Congregazione per le Istituzioni Cattoliche.
Nel 1971, il Seminario di Santa Maria del Lago si affiliò all’Associazione delle Scuole Teologiche degli Stati Uniti e del Canada, che è l’organismo di accreditamento dei seminari teologici e delle scuole divinatorie.
Il 1976 vide due pietre miliari nella storia del seminario. In collaborazione con il Center for Pastoral Ministry, la scuola di formazione continua dell’arcidiocesi di Chicago, il seminario ha iniziato un programma di studi che porta al nuovo grado di dottore in ministero. Sempre nel 1976, il seminario celebrò il 50° anniversario delle prime ordinazioni tenute nella Cappella dell’Immacolata Concezione.
Nel 1982, sotto la direzione dell’arcivescovo Joseph Bernardin, la facoltà del seminario iniziò una profonda revisione del programma che era stato in atto per dieci anni. I cambiamenti avevano come obiettivo una migliore attuazione degli obiettivi stabiliti nella terza edizione del Programma di Formazione Sacerdotale.
Nel 1986, il cardinale Bernardin annunciò che l’Università di Santa Maria del Lago sarebbe stata rianimata con l’aggiunta di una scuola di formazione continua, il Centro per lo Sviluppo del Ministero, al campus. Il nuovo centro avrebbe continuato il lavoro di formazione continua per i sacerdoti che era la missione del Centro per il Ministero Pastorale, ma ora si sarebbe espanso per offrire una formazione continua a tutti coloro che svolgono un ministero, clero, religiosi e laici. Il Seminario di Santa Maria del Lago adottò nuovamente il nome del suo statuto originale del 1844, l’Università di Santa Maria del Lago, e onorò il suo secondo fondatore rinominando la scuola di specializzazione come Seminario Mundelein.
Nel 1996, il Seminario Mundelein fu visitato dai membri della Commissione Episcopale sui Seminari. Dopo una lunga serie di incontri con docenti e studenti, i membri della commissione hanno dato una forte raccomandazione al programma del seminario.
Il cardinale Francis George ha continuato questo sviluppo dell’università nel febbraio 2000 trasferendo i programmi di formazione ministeriale dell’arcidiocesi di Chicago al seminario. Tre ex agenzie del Centro Pastorale furono trasferite lì per diventare programmi del Mundelein Seminary. Quell’anno si unirono all’USML il Programma di Formazione al Ministero dei Laici, il Programma di Formazione al Diaconato e l’Istituto di Leaderazgo Pastorale. Pur rimanendo separati e distinti dal programma di formazione sacerdotale, tutti devono cooperare sotto l’egida del seminario per portare avanti gli sforzi di preparazione e formazione al ministero per tutti coloro che sono coinvolti nel ministero pastorale. Sono stati anche avviati dei piani per separare i programmi di formazione continua del Centro per lo Sviluppo del Ministero dall’università e per trasferirli come un’agenzia del Centro Pastorale. Questi stessi piani includevano la continuazione del funzionamento di un Centro Conferenze presso l’Università di Santa Maria del Lago. Questo renderebbe il Seminario Mundelein il centro di tutta la formazione di base per il ministero, lasciando la formazione continua ad altre agenzie. Per riflettere questa evoluzione, il Consiglio dei Consulenti ha deciso di adottare un nome composto, l’Università di Santa Maria del Lago / Seminario Mundelein. Questo segue lo stile della maggior parte delle università pontificie che hanno un nome formale e un nome comune che diventano intercambiabili.
Anche nel 2000, il Cardinale George ha istituito l’Istituto Liturgico presso l’Università di Santa Maria del Lago / Seminario Mundelein. Questo è il primo passo di una nuova visione del cardinale di espandere l’università per includere istituti specializzati per sostenere i principali ministeri dell’arcidiocesi.
Il Salterio Mundelein, la prima edizione completa in un volume contenente i testi approvati in lingua inglese della Liturgia delle Ore con salmi che sono indicati per il canto dell’Ufficio Divino, è stato pubblicato nel 2007.
Il 22 settembre 2012, Suor Sara Butler, M.S.B.T, docente e membro della Commissione Teologica Internazionale, è stata scelta per essere uno degli esperti nominati dal Papa alla prossima XIII Assemblea Generale Ordinaria del Sinodo dei Vescovi sulla Nuova Evangelizzazione dell’ottobre 2012.
Monsignor Dennis J. Lyle era il rettore e presidente uscente del seminario e dell’università; gli è succeduto, il 1° luglio 2012, il reverendo padre Robert Barron. Padre Thomas A. Baima è il vice rettore per gli affari accademici, coordinando le scuole e gli istituti dell’università. Il 3 dicembre 2012, Elizabeth Nagel è stata nominata per succedere a padre John G. Lodge come presidente della Pontificia Facoltà di Teologia (per lo più laica e post-laurea).