ジェファーソン・エアプレインのアコースティックなスピンオフとして始まったホット・ツナは、やがて創立メンバーのジャック・キャサディとヨルマ・カウコネンが専任となり、1970年代の人気ツアー・アーティストとして台頭してきました。 2人は生涯の友であり、ワシントンD.C.で一緒に育ち、トライアンフというグループで演奏していた。 高校卒業後、ギタリストのカウコネンは公務員である両親とともにフィリピンに移住したが、サイケデリアの到来に合わせてアメリカに戻り、サンフランシスコに上陸、1965年にエアプレインを共同結成した。 間もなくベーシストのキャサディが加入し、60年代後半にグループを大成功に導いた。
ホット・ツナ–当初はレーベルのRCAが悔しがるほど「ホット・シャット」と呼ばれていた–が初めて形になったのは1969年で、キャサディとカウコネンはまだジェファーソン・エアプレインの現役メンバーであり、実際彼らの最初のパフォーマンスはエアプレインの定期ライブに挟まれて行われていた。 ハーモニカ奏者のウィル・スカーレットを中心としたトリオ（時にはエアプレインのマーティ・バリンとスペンサー・ドライデンも参加）で、1970年にバークレーのニューオリンズ・ハウスでライブ録音したトラディショナル・ブルースとラグタイムのセルフタイトルLPでデビューしたホット・ツナは、翌年のロック色の強い「First Pull Up, Then Pull Down」には、エアプレインのフルメンバーだったバイオリンのパパ・ジョンクリーチにドラマーのサミー・ピアッツァが参加しています。 1972年には、マイナス・スカーレット、サード・アルバム『Burgers』が発表された。
1974年の『The Phosphorescent Rat』までに、キャサディとカウコネンは正式にジェファーソン・エアプレーンを脱退し、この時点でエアプレインの残留を選択したクリーチもグループから外れていた。 1975年の『アメリカズ・チョイス』でピアッツァが脱退し、代わりにドラマーのボブ・スティーラーが加入。 1978年の『Double Dose』ではキーボーディストのニック・バックが参加したが、その後ホット・ツナは解散を発表し、1979年の『Final Vinyl』で第一期活動を終了した。
グループ解散後、カウコネンはソロLP『Jorma』を発表し、後にニューウェイブ・ユニットVital Partsに参加、キャサディも自身のニューウェイブグループ、SVTを率いていた。 1984年、ふたりは再びルーツに立ち返る。 キャサディはエアプレイン出身のバーリン、ポール・カントナーとともにKBCバンドを結成、カウコネンはアコースティックなフォーク、ブルースに回帰していく。 1990年には、シンガー／マルチ・インストゥルメンタリストのマイケル・ファルツァラーノが加わり、初期の再結成公演のベテランとなった。
この年、ホット・ツナは10年以上ぶりのスタジオ新曲集『Pair a Dice Found』をリリース。その後、1992年の『Live at Sweetwater』、1997年の『Splashdown Two』、1999年の『And Furthurmore…』といったライブ盤が次々と発表された。 その後、ホット・ツナは様々な編成で年に数回のライブを行い続けました。 RCA時代の1枚組ベスト盤『Keep on Truckin’』が2006年にリリースされた。 20年ぶりのスタジオ・アルバム『Steady as She Goes』は、ニューヨーク州ウッドストックにあるレヴォン・ヘルムのスタジオで録音され、ラリー・キャンベルがプロデュース、2011年にレッドハウス・レコードからリリースされた。