動物の水上輸送は比較的安価で安全、かつ動物の損失も少ないことから非常に古い輸送方法である。 水路は古代エジプトやローマ帝国など、古くから生きた動物やさまざまな物資の輸送に利用されてきた。 その後、バイキングが征服に成功したのは、常に訓練された馬を乗船させていたからである。 アメリカ大陸の植民地化も、スペイン人が多くの馬を持ち込んでいたからこそ可能だったとも言われている。 カリブ海のデンマーク領が1820年から1920年にかけて経済的に成功したのは、南米から安価なラバなどの馬匹が恒常的に供給されたためである。 ラバは農業やサトウキビ工場での労働に使われた。 20世紀には、ドイツやイギリスの植民地であった南アフリカに相当数の動物が輸送された。 第一次、第二次世界大戦中は、水上輸送も行われたが、基本的な生理的要求を満たすための措置がとられ、長期の航海には獣医師が同伴した。 このような配慮により、輸送時のロスを最小限に抑えることができた。