眼筋無力症の患者さんの予後は良好な傾向があります。 軽症の場合は治療しない方が良い場合が多いです。 神経筋伝達を悪化させる薬剤（アミノグリコシド系抗生物質、キノロン系抗生物質、β遮断薬、クロロキン、抗不整脈薬、カルシウム拮抗薬、一部の抗痙攣薬、ヨード造影剤の静脈内投与）を避けることが必要であり、そのための管理も必要です。
MGの経過は特徴的に変化し、複視と眼瞼下垂の頻度は、明るい日光、ストレス、ウイルス性疾患、月経、妊娠などの環境、感情、身体的要因に影響されます。 自然寛解はどのような患者にも起こり、何年にもわたって残ることがある。 軽症から中等症の眼筋無力症の患者は、通常、抗コリンエステラーゼ薬の経口投与で初期治療が行われ、メスチノン（ピリドスチグミン）が最もよく使用されています。 これらの薬剤を用いた無作為化臨床試験は行われておらず、この治療は、特に複視の解消においてしばしば不成功に終わる。 その後、免疫抑制療法が開始され、通常、プレドニゾンが選択される。 小規模の対照試験では、この薬剤はピリドスチグミンよりも高い有効性を示した。 ステロイド療法には賛否両論がありますが、別の研究では、プレドニゾンが全身のMGへの進行を抑制することが示唆されています。 慢性的なコルチコステロイド療法によく見られる副作用や、症状を悪化させることなくステロイドから患者を離脱させることの難しさを考慮すると、推奨される投与方法は1つではありません。 また、MG患者は胸腺腫がないかどうか検査し、見つかった場合は手術を受けなければならない。 予防的胸腺摘出術は議論の余地があるが、発症から3年以内の急性期の若年MG患者、胸腺肥大で手術のリスクが低い患者、内科的治療に反応しない全身性MG患者には有用であることが示されている。 眼瞼下垂症は、眼鏡に松葉杖を置いたり、眼瞼下垂症テープで眼瞼を高くすることで改善することができる。 複視は、アイパッチ、フロストレンズ、閉塞性コンタクトレンズによる閉塞、または単に眼鏡の一部に不透明なテープを貼ることで対処することができる。 また、プラスチック製のプリズム（フレネルプリズム）を複視患者の眼鏡に装着し、両目の視力を患側の方向に揃えることができるが、筋力低下の程度、つまり眼のズレが頻繁に変動する場合には、しばしば問題となる
。