- 経験的に決定した3次元モデルの一次データベース
- 関連構造データベース
- 構造分類データベース
- 専門構造データベース
- 理論的に決定した3-Dデータベース群Dモデル
- open in new windowRCSB PDB（米国）
- MSD- （英語）。EBI（欧州）
- open in new windowPDBj（日本）
| 別ウィンドウで開くBMRB |
BioMagResBank. 生体分子のNMRスペクトロスコピーによるデータのリポジトリ。 BMRBはwwPDBの一部です。 座標や拘束条件はPDBが公開し、その他のNMRスペクトルデータ（化学シフト、結合定数、緩和パラメータなど）はBMRBが保存している。
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| 別ウィンドウで表示CSD |
The Cambridge Structural Database. 短鎖ポリペプチド、多糖類を含む有機低分子結晶構造の商用リポジトリ（WISライセンス）
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| 新規ウィンドウを表示NDB |
核酸に関する構造情報リポジトリ。 構造はwwPDBとNDBの両方に保存されている。
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| open in new windowwwPDB |
The worldwide Protein Data Bank (wwPDB) is the single repository of all published macromolecular three-dimensional structures determined empirically in International recognized. PDBアーカイブは以下のポータルサイトからアクセス可能です。 |
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| Alerts | ||
| open in new windowPDBalert | Automatic（オートメーション）。 興味のあるタンパク質と相同性のあるPDB構造が利用可能になり次第、ユーザーに通知するシステム | |
| soaPDB | saved PDB searchの生成と整理のためのウェブツール。 自動メール通知機能 | |
open in new windowSeqAlert  |
興味のあるタンパク質と相同性のあるPDB構造が見つかったらすぐに通知する自動システム | |
| Jena Library | PDBの構造モデルに関する情報を視覚化・解析に重点を置いて統合したデータベースです。 |
|---|---|
| open in new windowMMDB | NCBI’s Entrez 3-D structure database(Entrez立体構造データベース)。 NCBIでは、構造データを書誌情報、配列データベース、NCBI分類学とクロスリンクしている。 配列と構造を可視化するツール（Cn3D）を含む。 |
| open in new windowOCA |
OCA, タンパク質構造・機能に関するブラウザデータベース。 OCAは、配列-構造-機能情報に重点を置き、複数のソースからのデータを統合しています。 |
| open in new windowPDBsum | PDBsumはPDBに登録された立体構造の内容を一目でわかるようにした画像データベースです。 構造を構成する分子（タンパク質鎖、DNA、リガンド、金属イオンなど）とその相互作用の模式図が掲載されています。 |
| PDBWiki | 生物分子構造および関連情報のコミュニティによる注釈付き知識ベース。 |
| open in new windowProteopedia |
タンパク質やその他の高分子の構造に関する共同ウィキの百科事典です。 Proteopedia には、wwPDB の各エントリのページと、ユーザが作成したインタラクティブなページがあり、構造／機能情報を幅広い科学者に使いやすい方法で提示することを目的としています。 Proteopediaは、使いやすいシーンオーサリングツールを採用しています。 |
| CATH |
階層的分類データベース
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|---|---|
| 別ウィンドウで開くSCOP |
階層型分類データベース
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| 別ウィンドウで開くDaliデータベース |
構造-構造に基づくフォールド分類。タンパク質の構造アラインメント
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| TOPS |
Protein topologies database
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| 別ウィンドウで表示AmyPDB | アミロイド蛋白質。 |
|---|---|
| 新しいウィンドウで開く抗体 | シトクロムP450 |
| 新しいウィンドウで開くCAZy | 糖質活性物質 酵素 |
| CyBase | 環状タンパク質 |
| open in new windowCYPED | |
| open 新しいウィンドウで開くEC→PDB | 酵素 |
| 新しいウィンドウで開くESTHER | cholinesterase |
| 新規ウィンドウを表示EyeSite | 眼で機能するタンパク質 |
| 新規ウィンドウを表示GLYCO3D | 炭水化物。 レクチン、糖転移酵素。 Gag結合タンパク質 |
| GlycoSuite | 糖鎖 |
| glycoSCIENCE | |
| open in new windowGPCRDB | G protein-> Gタンパク質を持つタンパク質。共役レセプター |
| 新規ウィンドウを開くHIV構造データベース | |
| 新規ウィンドウを開くHMPDb | ヒトミトコンドリアタンパク質 |
| 新規ウィンドウを開く 新しいウィンドウで表示Hmrbase | ホルモン |
| 新しいウィンドウで表示Homeodomain Resource | |
| 新しいウィンドウで表示KNOTIN | |
| 新しいウィンドウで表示LS-…SNP/PDB | Annotated non-NonPDB構造にマップされた同義語SNPs |
| MEROPS | ペプチダーゼ |
| MDB | 金属タンパク質 |
| MemPro | 膜タンパク質 |
| MPDB | 膜 タンパク質 |
| RNA FRABASE | |
| SAAPdb | Mapping SNPs and pathogenic deviation (PD) to protein structural data |
| SDAP | アレルギー性タンパク質 |
| EF-.手 | |
理論的に決定された立体モデルのデータベース
以下のデータベースには比較モデリングにより算出されたタンパク質の立体モデルが収録されています。 比較モデリングプロジェクトを始める前に、これらのデータベースを試してみてはいかがでしょうか。
ModPipeによる自動計算
異なるリソースからのモデル構造（CSMP.Mod.Mod, JCSG, MCSG, NESG, NYSGXRC, JCMM, ModBase, SWISS-MODEL Repository)
SWISS_MODELによる自動計算