肺は大量の空気にさらされ、潜在的に感染性の物質にさらされるが、深刻な感染症はほとんど発生せず、これは呼吸管の驚くべき自然防衛力の証である。 正常な宿主における肺の細菌感染の最も一般的な原因は、肺炎球菌、ヘモフィルス種、黄色ブドウ球菌および結核菌である。 しかし、感染力が低下した宿主では、肺炎の原因となる細菌はより広範囲に及び、通常ヒトで高い毒性を示すとは考えられていない種も含まれる。 実際、このような珍しい細菌種に感染した場合、免疫不全の状態を探る必要がある。 気道の正常な防御機構には、非特異的な物理的要因（「粘膜繊毛エスカレーター」）と、ディフェンシン、リゾチーム、食細胞（多形核白血球、肺胞マクロファージ、樹状細胞）などの自然免疫的要因がある。 抗菌防御は、内在するオプソニン（界面活性剤、補体成分）および誘導された免疫グロブリンによって強化される。 肺の細菌感染が頻繁に起こる免疫不全状態には、低ガンマグロブリン血症、慢性肉芽腫性疾患、原発性毛様体ジスキネジアなどが含まれる（ただし、これらに限定されるものでない）。 これらの状態はそれぞれ、下気道の無菌状態を維持する上で、自然免疫系および適応免疫系の障害要素が不可欠な役割を担っていることを物語っている。
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