チワワ砂漠の奥深く、El Capitan周辺は険しい山々と風にさらされる塩田で構成されています。 そのため、ネイティブ・アメリカンの存在は、エル・キャピタンから南東に3マイルほど離れた、現在パイン・スプリングスと呼ばれている地域に集中していました。 泉、湧き水、植生のオアシスであるこの地域は、数世紀にわたって人間が住んでいた証拠（メスカルダンプ、ペトログリフ、人工物など）を示しています。 彼らは、18世紀に猛烈な拡張主義者であるコマンチ族によって着実に南へ押しやられ、19世紀まで厳しい環境の中で自分たちを維持するために、地元の温泉やその他の希少な資源に関する知識を利用してきました。
1582年のAntonio de Espejoのようなスペインの遠征隊がEl Capitan周辺に近づくことはありましたが、この地域にアングロヨーロッパが常駐するのは、米墨戦争でのアメリカの勝利後、この地域が正式にアメリカの一部となった1840年代後半からです。 サンアントニオからエルパソ、ひいては太平洋岸の遠く離れたアメリカ領に至る適切な道を見つけようと、多くの探検隊がペコス川の西側の暑く乾燥した危険な土地に押し寄せ、一貫した旅を可能にする十分な木材と水のある馬車道の候補地を探した。 インディアン捜査官ロバート・S・ネイバーズが率いる探検隊の1つは、ペコス川とデビルズ川を何度も渡り直し、デイビス山脈からエルパソまでの長く乾燥した道のりを乗り切らなければならない困難な旅を経て、1849年にエルパソまで辿り着いたのです。 同じルートで戻ることに落胆した一行は、エルパソから東に向かい、フエコ・タンクスとグアダルーペ峠を目指しました。 ペコス川への到達に成功したネイバーズは、すぐに川を下ってサンアントニオに戻り、このルートにはフエコ・タンクスでの良質な水、山の近くの良質な木材、そしてグアダルペ峠を通ってペコスに至る容易な道があると上官に報告しました。 この道は、フォート・デイビスを通ってリオ・グランデ川を上りエルパソに至る本来の「下」道と区別するために「上」道と呼ばれるようになり、すぐに商人や移民の間で人気が出て、荷車やラバの長い列車が陰険なエルキャピタンの顔の近くを通過するようになりました。 1858年、バターフィールド駅馬車がエルパソとペコス川の浅瀬の間の上流道路を利用するようになり、この交通量は増加しました。これは、2年前にこの交差点を調査した陸軍将校ジョン・ポープにちなんでポープス・クロッシングと呼ばれるものです。 水と木材を利用した駅馬車は、El Capitanの南東3マイルにあるPinery（後にPine Springsと呼ばれる）に駅を建設しました。 この駅は、ルートが南へ移動してストックトン砦とデイビス砦の保護下に入るまでの1年間しか続きませんでしたが、パイナリー駅はその後も兵士、貨物船、移民に利用され続けました。
この時期、El CapitanはEl Paso Salt Warの目撃者でもありました。山の麓から西へと広がる塩田へのアクセスをめぐるメキシコ系アメリカ人とイギリス系ビジネスマンの激しい争いの場でもあったようです。 アパッチ族に古くから知られていた塩田は、1692年にディエゴ・デ・バルガスの遠征隊によってヨーロッパ人に初めて確認されました。 すぐに重要な地域資源となり、何世代ものメキシコ人、そして後にメキシコ系アメリカ人が、リオグランデのサンエリザリオからフエコ山地まで、そして東のエルキャピタンまで、熱くて危険な4日間の道を勇気を出して、貴重な塩を荷馬車に詰め込みました。 しかし、1840年代後半になると、この地方にイギリス人が多く住むようになり、状況は一変しました。 メキシコの法律と伝統が塩田を共同財産としていたのに対し、アメリカの伝統は、塩田を未開拓の土地と考え、市民が私有財産として主張し購入することができるとしていたのです。 1870年代になると、塩田を所有しようとする地元実業家の試みは、地元住民の激しい反対にさらされるようになる。 1877年12月、塩田領有権を主張したチャールズ・ハワードと2人の同僚が暴徒に殺害され、紛争は収拾に向かった。 この事件をきっかけに、地元のメキシコ系アメリカ人の家族に対する暴力が広がり、多くの人々がリオ・グランデ川以南に逃亡した。
20世紀初頭には、エルパソとニューメキシコ州カールズバッドの間に全天候型道路が建設されました。 1928年にU.S.ハイウェイ62として開通したこの道路は、特に1930年に近くのカールズバッド洞窟群国立公園が開園した後、この地域に新しい世代の訪問者をもたらしました。 グアダルーペ山脈国立公園ができる何十年も前から、車やバスの旅行者は道端の休憩所でエルキャピタンの切り立った側面に驚嘆し、写真を撮り、山の堂々とした顔をあしらった絵葉書の裏に簡単なメッセージを書いていました。この時期、エルキャピタンを含む土地はジェームズ・アドルファス・ウィリアムズが所有しており、山の西側の公園の土地にはウィリアムズ牧場の家が現存しています。 ウィリアムズは、数回の経済的後退の後、1941年にテキサス州ヴァンホーンのJ.C.ハンター判事に土地を売却しました。彼は、石油業で栄え、初期の自然保護主義者で、マキットリックキャニオンの一部を含むグアダルーペ山脈の75000エーカーの土地に、最終的に牧場を所有していました。 グアダルペ山脈南部を保護する公園の設立を早くから提唱していたハンターは、1945年に亡くなるまで数年にわたりキャンペーンを展開しました。 父の遺志を継いだ息子のJ.C.ハンター・ジュニアは、国立公園局の職員と協力して、国立公園として使用するために公園局がこの土地を購入できるようにするための取引を行いました。 州議会議員、連邦議会議員、公園管理者、道路技術者、土地所有者、地元の牧場主など、さまざまな人たちとの紆余曲折を経て、1969年にエルキャピタンとグアダルーペピークを含むハンターの寄付が公園管理局に引き渡されることになりました。 その3年後、グアダルーペ・マウンテンズ国立公園が正式に開園し、一般市民のアクセスが可能になった。