Johann van Beethoven era hijo de Maria Josepha Ball (casada en 1733) y Lodewijk o Ludwig van Beethoven (1712-1773; No hay que confundirlo con el famoso hijo de Johann del mismo nombre), que probablemente nació en la ciudad de Malinas, en los Países Bajos de los Habsburgo (actualmente en Flandes, Bélgica), o en sus alrededores, y había ejercido de músico en varias comunidades de Malinas y sus alrededores antes de establecerse en Bonn en 1733, donde ejerció de músico en la corte del príncipe-arzobispo elector de Colonia Clemens August de Baviera, ascendiendo al cargo de Kapellmeister en 1761. Johann van Beethoven también demostró su talento musical y se unió a la corte, principalmente como cantante, en 1764. Además de cantar (su registro, aunque suele describirse como el de un tenor, puede extenderse a los registros de contralto e incluso a los más altos), tocaba el violín y la cítara, y tocaba y enseñaba instrumentos de teclado de la época, incluidos el clavicordio y el clavecín.
Conoció a su futura esposa, Maria Magdalena Keverich (1746-1787), en un viaje a Ehrenbreitstein. Ella era la hija del jefe de cocina de Johann IX Philipp von Walderdorff, arzobispo elector de Tréveris, cuya corte estaba allí, y tenía conexiones familiares en la orquesta de la corte de Bonn. Keverich ya era viuda a los diecinueve años. Ella y Johann se casaron el 12 de noviembre de 1767 en la iglesia católica de San Remigio de Bonn. Tuvieron siete hijos, tres de los cuales llegaron a la edad adulta:
- Ludwig Maria van Beethoven (2 de abril de 1769 – 6 de abril de 1769)
- Ludwig van Beethoven (16 de diciembre de 1770 en Bonn, Kurköln – 26 de marzo de 1827)
- Kaspar Anton Karl van Beethoven (8 de abril de 1774 – 15 de noviembre de 1815)
- Nikolaus Johann van Beethoven (2 de octubre de 1776 – 12 de enero de 1848)
- Anna Maria Franziska van Beethoven (23 de febrero de 1779 – 27 de febrero de 1779)
- Franz Georg van Beethoven (17 de enero de 1781 – 16 de agosto de 1783)
- Maria Margarete Josepha van Beethoven (5 de mayo de 1786 – 26 de noviembre de 1787)
Johann se dio cuenta del talento de Ludwig y se convirtió en su primer maestro. Sin embargo, fue un padre abusivo, según varios testigos. «Había pocos días en los que no le pegaba para obligarle a ponerse al piano», relató un amigo de la infancia de Ludwig. Un consejero de la corte informó de que Johann encerraba ocasionalmente a Ludwig en un sótano. Cuando Ludwig tocaba mal, Johann exclamaba que era una vergüenza para la familia. Johann era alcohólico, una situación que empeoró cuando María murió en 1787, tras lo cual la familia dependía cada vez más del joven Ludwig para su manutención. En 1789, Ludwig, de 18 años, obtuvo una orden por la que se le entregaba la mitad de la paga de Johann para el mantenimiento de la familia.
Johann murió en 1792, poco después de que Ludwig se trasladara a Viena para estudiar con Joseph Haydn. Su empleador, el Elector, escribió sardónicamente a un amigo: «Los ingresos del impuesto sobre el licor han sufrido una pérdida con la muerte de Beethoven»
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