Con una superficie de 138.000 km², la cuenca del río Athabasca representa aproximadamente el 5% de la inmensa cuenca del río Mackenzie, la mayor cuenca fluvial de América del Norte que fluye hacia el norte y la principal fuente norteamericana de agua dulce hacia el océano Ártico. El sistema del río Mackenzie se extiende a lo largo de 4.241 km desde su fuente más lejana hasta su delta en el mar de Beaufort. El río drena una superficie de 1,8 millones de km², una quinta parte del territorio canadiense, y tiene una descarga media anual de 9.910 m3/s.
La cuenca del río Mackenzie es la décima más grande del mundo (MRBB 2004), y se extiende a lo largo de 20° de longitud y 15° de latitud desde las Montañas Rocosas hasta las tierras bajas del Ártico. La cuenca incluye numerosas ecozonas y formas terrestres diferentes (MRBB 2001; véanse las imágenes de la derecha). El 75% de la cuenca está cubierta de permafrost. Una característica única de la cuenca del río Mackenzie son las colinas cónicas, con capa de hielo, denominadas pingos, situadas en las tierras costeras de Beaufort (NRCAN 2008a).
El sistema del río Mackenzie desempeñó un papel importante en el comercio de pieles, y sigue siendo una ruta de transporte importante para las comunidades del norte. Aunque la parte septentrional de la cuenca sigue estando escasamente poblada, la demanda de sus recursos -incluidos los minerales y la energía fósil- está aumentando (MRBB 2003).