El pronóstico suele ser bueno para los pacientes con MG. A menudo es mejor no tratar los casos leves de MG. El manejo requiere evitar los medicamentos que pueden empeorar la transmisión neuromuscular, como los antibióticos aminoglucósidos, los antibióticos de quinolona, los betabloqueantes, la cloroquina, los antiarrítmicos, los bloqueantes de los canales de calcio, algunos anticonvulsivos y debe evitarse el contraste yodado intravenoso.
El curso de la MG es característicamente variable, y la frecuencia de la diplopía y la ptosis se ve afectada por factores ambientales, emocionales y físicos como la luz solar intensa, el estrés, las enfermedades víricas, la menstruación, el embarazo, etc. La remisión espontánea puede ocurrir en cualquier paciente y permanecer durante años. En un estudio de la historia natural de la MG generalizada entre 168 pacientes (con un seguimiento medio de 12 años), el 14% experimentó una remisión completa.
Los pacientes con miastenia ocular de leve a moderada suelen ser tratados inicialmente con agentes anticolinesterásicos orales, siendo Mestinon (piridostigmina) el más empleado. No se han realizado ensayos clínicos aleatorios con estos agentes, y este tratamiento no suele tener éxito, sobre todo para resolver la diplopía. A continuación, se inicia un tratamiento inmunosupresor y el agente de elección suele ser la prednisona. En un pequeño estudio controlado, este fármaco demostró una mayor eficacia que la piridostigmina. El tratamiento con esteroides es controvertido, pero en otro estudio los resultados sugieren que la prednisona disminuye la progresión hacia la MG generalizada. No existe un régimen de dosificación único recomendado a la luz de los efectos secundarios comúnmente asociados con el tratamiento crónico con corticosteroides, y la dificultad para retirar a los pacientes de los esteroides sin exacerbar los síntomas. La respuesta al tratamiento con prednisona es variable.
Además, los pacientes con MG deben ser examinados en busca de timomas y, si se encuentran, deben someterse a una intervención quirúrgica para tratar esta afección. La timectomía profiláctica es controvertida, pero se ha demostrado que es útil en pacientes jóvenes con MG con enfermedad aguda en los 3 años siguientes al inicio de la enfermedad, en pacientes con glándulas del timo agrandadas y para los que la cirugía es de bajo riesgo, y en pacientes con MG generalizada que no responden al tratamiento médico.
Los síntomas de la MG ocular también pueden tratarse por medios no medicinales. La ptosis puede corregirse con la colocación de muletas en las gafas y con cinta de ptosis para elevar la caída de los párpados. La diplopía puede abordarse mediante la oclusión con parches oculares, lentes esmeriladas, lentes de contacto oclusivas o simplemente colocando cinta opaca sobre una parte de las gafas. También se pueden colocar prismas de plástico (prismas de Fresnel) en las gafas de un paciente diplopico, lo que permite alinear la visión de ambos ojos en la dirección afectada, pero suelen ser problemáticos si el grado de debilidad muscular, y por tanto la desalineación ocular, fluctúa con frecuencia.