La letra de «Mother» se dirige a los dos padres de Lennon, cada uno de los cuales le abandonó en su infancia. Su padre, Alf, abandonó a la familia cuando John era un bebé. Su madre, Julia, no vivía con su hijo, aunque tenían una buena relación; murió atropellada en un accidente de coche el 15 de julio de 1958 por un policía fuera de servicio llamado Eric Clague, cuando Lennon tenía 17 años. En uno de sus últimos conciertos, Lennon declaró que la canción no se refería sólo a sus padres, sino que era más bien «sobre el 99% de los padres, vivos o medio muertos».
«Mother» abre el álbum, comenzando con una campana funeraria tocando lentamente, cuatro veces. La canción termina con Lennon repitiendo la frase «Mama don’t go, daddy come home» (Mamá no te vayas, papá vuelve a casa), cada vez aumentando la intensidad hasta que grita la línea mientras la canción se desvanece.
Lennon se inspiró para escribir la canción después de someterse a la terapia primal con Arthur Janov, originalmente en su casa de Tittenhurst Park y luego en el Instituto Primal, California, donde permaneció durante cuatro meses. Lennon, que con el tiempo se burló de Janov, describió inicialmente la terapia como «algo más importante para mí que los Beatles».
Aunque Lennon dijo que «Mother» era la canción que «parecía estar en mi cabeza», tenía dudas sobre su atractivo comercial y consideró la posibilidad de publicar «Love» como single en su lugar. En noviembre de 1982, se lanzó una versión remezclada de «Love» como single para ayudar a promocionar el LP The John Lennon Collection.
Una primera versión de «Mother» interpretada con guitarra eléctrica por Lennon puede escucharse en la caja John Lennon Anthology.
Una versión demo de la canción apareció en la escena final y los créditos de la película biográfica de John Lennon de 2009, Nowhere Boy.