Aunque a menudo se descuida, las muestras de núcleo siempre se degradan en cierta medida en el proceso de cortar el núcleo, manipularlo y estudiarlo. Las técnicas no destructivas son cada vez más comunes, por ejemplo, el uso de la resonancia magnética para caracterizar los granos, los fluidos de los poros, los espacios de los poros (la porosidad) y sus interacciones (que constituyen una parte de la permeabilidad), pero es probable que esta costosa sutileza se desperdicie en un núcleo que ha sido sacudido en un camión sin frenos durante 300 km de camino de tierra. Lo que ocurre con los testigos entre el equipo de recuperación y el laboratorio final (o el archivo) es una parte a menudo descuidada del mantenimiento de registros y de la gestión de los testigos.
Los testigos han llegado a ser reconocidos como una importante fuente de datos, y se está prestando más atención y cuidado a la prevención de daños en el testigo durante las diversas etapas de su transporte y análisis. La forma habitual de hacerlo es congelar el núcleo por completo utilizando nitrógeno líquido, que se consigue de forma barata. En algunos casos, también se utilizan polímeros especiales para preservar y asentar/amortiguar el núcleo de los daños.
De la misma manera, una muestra de núcleo que no puede ser relacionada con su contexto (donde estaba antes de convertirse en una muestra de núcleo) ha perdido gran parte de su beneficio. La identificación de la perforación y la posición y orientación («camino hacia arriba») del núcleo en la perforación es crítica, incluso si la perforación está en un tronco de árbol – los dendrocronólogos siempre intentan incluir una superficie de corteza en sus muestras para que la fecha de crecimiento más reciente del árbol pueda ser determinada sin ambigüedad.
Si estos datos se separan de las muestras de núcleo, generalmente es imposible recuperar esos datos. El coste de una operación de extracción de núcleos puede variar desde unas pocas unidades monetarias (para un núcleo extraído a mano de una sección de suelo blando) hasta decenas de millones de unidades monetarias (para núcleos de pared lateral de una perforación en alta mar en una zona remota a muchos kilómetros de profundidad). El registro inadecuado de estos datos básicos ha arruinado la utilidad de ambos tipos de testigos.
Diferentes disciplinas tienen diferentes convenciones locales para registrar estos datos, y el usuario debe familiarizarse con las convenciones de su área. Por ejemplo, en la industria petrolera, la orientación del testigo se registra normalmente marcando el testigo con dos rayas de color longitudinales, con la roja a la derecha cuando el testigo está siendo recuperado y marcado en la superficie. Los testigos cortados para la extracción de minerales pueden tener sus propias y diferentes convenciones. La ingeniería civil o los estudios del suelo pueden tener sus propias convenciones, ya que sus materiales a menudo no son lo suficientemente competentes como para hacer marcas permanentes en ellos.
Cada vez es más común conservar las muestras de testigos en envases cilíndricos que forman parte del equipo de extracción de testigos, y hacer las marcas de registro en estos «barriles interiores» en el campo antes de su posterior procesamiento y análisis en el laboratorio. A veces, los testigos se envían desde el campo al laboratorio en la misma longitud que salen del suelo; otras veces se cortan en longitudes estándar (5 m o 1 m o 3 pies) para su envío, y luego se vuelven a montar en el laboratorio. Algunos de los sistemas de «barril interior» pueden invertirse en la muestra del núcleo, de modo que en el laboratorio la muestra va «al revés» cuando se vuelve a montar el núcleo. Esto puede complicar la interpretación.
Si el pozo tiene mediciones petrofísicas hechas de las rocas de la pared, y estas mediciones se repiten a lo largo de la longitud del núcleo y luego los dos conjuntos de datos se correlacionan, uno encontrará casi universalmente que la profundidad «de registro» para una pieza particular de núcleo difiere entre los dos métodos de medición. La elección del conjunto de mediciones se convierte entonces en una cuestión de política para el cliente (en un entorno industrial) o de gran controversia (en un contexto sin una autoridad superior). El registro de las discrepancias, sea cual sea el motivo, mantiene la posibilidad de corregir una decisión incorrecta en una fecha posterior; la destrucción de los datos de profundidad «incorrectos» hace imposible corregir un error más adelante. Cualquier sistema para conservar y archivar datos y muestras de núcleos debe estar diseñado de manera que se puedan conservar opiniones discrepantes como ésta.
Si las muestras de núcleos de una campaña son competentes, es una práctica común «cortarlas» – cortar la muestra en dos o más muestras longitudinalmente – bastante pronto en el procesamiento en el laboratorio para que un conjunto de muestras pueda ser archivado al principio de la secuencia de análisis como protección contra errores en el procesamiento. «Es habitual dividir el núcleo en un conjunto de 2/3 y otro de 1/3. También es habitual que el cliente principal se quede con un juego y que el segundo se destine al gobierno (que a menudo impone una condición para la donación como condición de la licencia de exploración/explotación). El «slabbing» también tiene la ventaja de preparar una superficie plana y lisa para el examen y las pruebas de permeabilidad del perfil, que es mucho más fácil de trabajar que la superficie típicamente rugosa y curvada de las muestras de núcleo cuando están recién sacadas del equipo de extracción. La fotografía de las superficies de los testigos en bruto y «en plancha» es rutinaria, a menudo bajo luz natural y ultravioleta.
Una unidad de longitud que se utiliza ocasionalmente en la literatura sobre los testigos del fondo marino es cmbsf, una abreviatura de centímetros por debajo del suelo marino.