De long wordt blootgesteld aan enorme hoeveelheden lucht en aan potentieel infectieuze agentia, maar ernstige infecties komen zelden voor, een bewijs van de buitengewone natuurlijke afweer van de luchtwegen. De meest voorkomende oorzaken van bacteriële longinfecties bij normale gastheren zijn Streptococcus pneumoniae, Haemophilus species, Staphylococcus aureus en Mycobacterium tuberculosis. In gecompromitteerde gastheren zijn de bacteriële oorzaken van longontsteking veel breder, met inbegrip van soorten die gewoonlijk niet als zeer virulent bij de mens worden beschouwd. Infectie met een van deze ongebruikelijke bacteriesoorten vereist een zoektocht naar een immunocompromiserende aandoening. De normale verdediging van de luchtwegen omvat niet-specifieke fysische factoren (de “mucociliary escalator”), en aangeboren factoren, waaronder defensinen, lysozym en fagocytische cellen (polymorfonucleaire leukocyten, pulmonale alveolaire macrofagen en dendritische cellen). De antibacteriële afweer wordt versterkt door opsonines, waaronder die welke intrinsiek aanwezig zijn (surfactant en complementcomponenten) en geïnduceerde immunoglobulines. Immunocompromitterende aandoeningen, waarbij bacteriële longinfecties vaak voorkomen, omvatten (maar zijn niet beperkt tot) hypogammaglobulinaemie, chronische granulomateuze ziekte en primaire ciliaire dyskinesie. Elk van deze aandoeningen illustreert de essentiële rol van het gehandicapte element van het aangeboren en adaptieve immuunsysteem bij het handhaven van de steriliteit van de lagere luchtwegen.