Het CD40LG-gen geeft instructies voor het maken van een eiwit dat CD40-ligand wordt genoemd en dat zich bevindt op het oppervlak van immuunsysteemcellen die bekend staan als T-cellen. CD40-ligand hecht zich als een sleutel in een slot aan zijn receptoreiwit, CD40, dat zich bevindt op het oppervlak van immuunsysteemcellen die bekend staan als B-cellen. B-cellen zijn betrokken bij de productie van eiwitten, antilichamen of immunoglobulinen genoemd, die het lichaam helpen beschermen tegen infecties. Er zijn verschillende klassen van antilichamen, en elke klasse heeft een andere functie in het immuunsysteem. B-cellen kunnen zonder signalen van andere cellen uitgroeien tot de cellen die immunoglobuline M (IgM) produceren. Om B-cellen te laten uitgroeien tot cellen die antilichamen van een andere klasse produceren, moet er een interactie zijn tussen de CD40-receptor en het CD40-ligand. Wanneer deze twee eiwitten met elkaar in verbinding staan, veroorzaken zij een reeks chemische signalen die de B-cel instrueren met de aanmaak van immunoglobuline G (IgG), immunoglobuline A (IgA) en immunoglobuline E (IgE) te beginnen.
CD40-ligand is ook noodzakelijk voor de interactie van T-cellen met andere cellen van het immuunsysteem, en het speelt een sleutelrol bij T-celdifferentiatie (het proces waarbij cellen uitrijpen om specifieke functies uit te voeren).