In 1844 werd pater Seelos tot priester gewijd. Als lid van de Redemptoristische gemeenschap in de Verenigde Staten diende hij in verschillende parochies aan de oostkust en in het midwesten van de VS. Naast het begeleiden van seminaristen gedurende een aantal jaren, bracht hij ook een deel van zijn priesterschap door met reizen door de Verenigde Staten om parochiemissies te prediken. Hij was een uitstekend prediker en zijn opgewekte persoonlijkheid hielp velen de weg terug te vinden naar het sacrament van de biecht. Pater Seelos bracht eindeloze uren door in de biechtstoel en duizenden mensen ervoeren Gods barmhartigheid door zijn zachtmoedigheid. Pater Seelos benadrukte het belang van het dagelijks gebed, en de noodzaak om het gebed nog meer dan anders prioriteit te geven in tijden dat we het druk hebben, geconfronteerd worden met moeilijke verleidingen, of ons zwak voelen in het geloof.
Tijdens zijn reizen preekte hij in de jaren 1860 in parochies in het Bisdom Toledo, waaronder: Saint Patrick Historische Parochie in Toledo, Saint Francis de Sales Parochie in Toledo, Sacred Heart Parochie in Shelby, en Holy Trinity Parochie in Bucyrus. In 1866 werd hij pastoor van de parochie Saint Mary of the Assumption in New Orleans, waar hij zijn bediening richtte op de armen. In die tijd heerste er een Gele Koorts epidemie in New Orleans. Pater Seelos liep het dodelijke virus op terwijl hij de armen diende. Hij stierf op 4 oktober 1867 op 48-jarige leeftijd. Hoewel hij nog niet heilig is verklaard, verklaarde Paus Johannes Paulus II hem in 2000 “gezegend”.
Tijdens de mis waarin Pater Seelos “gezegend” werd verklaard, zei Paus Johannes Paulus II het volgende:
Op de verschillende plaatsen waar hij werkte, bracht Pater Franciscus Xaverius zijn enthousiasme, opofferingsgezindheid en apostolische ijver. Aan de verlatenen en verlorenen predikte hij de boodschap van Jezus Christus, “de bron van eeuwig heil” (Hebr. 5: 9), en in de uren die hij in de biechtstoel doorbracht, overtuigde hij velen om tot God terug te keren. Vandaag nodigt de Zalige Franciscus Xaverius Seelos de leden van de Kerk uit om hun verbondenheid met Christus te verdiepen in de sacramenten van Boete en Eucharistie. Mogen allen die in de wijngaard werken voor het heil van Gods volk, door zijn voorspraak bemoedigd en gesterkt worden in hun taak.