Diep in de Chihuahuan-woestijn bestaat het gebied rond El Capitan uit ruige bergen en door de wind geteisterde zoutvlaktes. Als gevolg hiervan was het grootste deel van de Indiaanse aanwezigheid in de omgeving geconcentreerd rond 3 mijl ten zuidoosten van El Capitan in het gebied dat nu Pine Springs heet. Een oase van bronnen, bronnen en vegetatie, dit gebied vertoont bewijzen (mescal dumps, petroglyphs, artefacten, enz.) van menselijke bewoning voor meerdere eeuwen. Meest recent, het gebied was een seizoensgebonden thuis voor bands van de Mescalero Apache, die, gestaag naar het zuiden geduwd door de fel expansionistische Comanche in de 18e eeuw, gebruik gemaakt van hun lokale kennis van bronnen en andere schaarse middelen om zich te handhaven in een anders harde omgeving tot ver in de 19e eeuw, toen de Anglo expansie en de nederzetting een einde gemaakt aan hun delicaat evenwichtige manier van leven.
Hoewel af en toe een Spaanse expeditie, zoals die van Antonio de Espejo in 1582, in de buurt van het gebied rond El Capitan kwam, dateert de permanente Anglo-Europese aanwezigheid in het gebied van het einde van de jaren 1840, toen de regio officieel een deel van de Verenigde Staten werd na de Amerikaanse overwinning in de Mexicaans-Amerikaanse Oorlog. Gretig op zoek naar een geschikte route van San Antonio naar El Paso, en uiteindelijk naar de verafgelegen Amerikaanse gebieden aan de kust van de Stille Oceaan, drongen een aantal expedities het hete, droge, gevaarlijke land ten westen van de Pecos binnen, in de hoop een potentiële wagenroute te vinden met voldoende hout en water om een constante reis mogelijk te maken. Een van de expedities, geleid door Indianenagent Robert S. Neighbors, bereikte El Paso in 1849 via een moeilijke tocht waarbij de Pecos en de Duivelsrivieren moesten worden overgestoken en opnieuw worden overgestoken, en waarbij vervolgens het lange, droge traject van de Davis Mountains naar El Paso moest worden overleefd. De groep was teleurgesteld over het vooruitzicht om via dezelfde route terug te keren, en in plaats daarvan vertrok het gezelschap vanuit El Paso oostwaarts naar de Hueco Tanks en de Guadalupe Pas, die zij hoopten te kunnen volgen naar een oversteekplaats van de Pecos Rivier nabij de moderne grens tussen Texas en Nieuw Mexico die al lang door Mexicanen en Indianen werd gebruikt. Neighbors slaagde erin de Pecos te bereiken, daalde snel de rivier af en keerde terug naar San Antonio, waar hij zijn superieuren meldde dat deze route goed water bood bij Hueco Tanks, goed hout bij de bergen, en een gemakkelijke weg door de Guadalupe Pas naar de Pecos. Deze weg, die bekend werd als de “bovenweg”, ter onderscheiding van de oorspronkelijke “benedenweg” door Fort Davis en langs de Rio Grande naar El Paso, werd al snel populair bij handelaars en emigranten, die met hun lange treinen van wagens en muilezels vlak langs El Capitan trokken. Dit verkeer nam in 1858 toe toen de Butterfield Stagecoach gebruik begon te maken van de bovenste weg tussen El Paso en de doorwaadbare plaats in de Pecos die Pope’s Crossing werd genoemd, naar John Pope, de legerofficier die de doorwaadbare plaats twee jaar eerder had geïnventariseerd. De postkoets profiteerde van het beschikbare water en hout en bouwde een station in de Pinery, later Pine Springs genoemd, 3 mijl ten zuidoosten van El Capitan. Hoewel dit station slechts een jaar bleef bestaan voordat de route naar het zuiden werd verlegd om onder de bescherming van de Forten Stockton en Davis te komen, werd het station van Pinery nog lang daarna gebruikt door soldaten, vrachtvervoerders en emigranten.
Tijdens deze periode was El Capitan ook getuige van de El Paso Zout Oorlog, een gewelddadige strijd tussen Mexicaans-Amerikaanse bewoners en Anglo zakenlieden over de toegang tot de zoutvlakten die zich ten westen van de voet van de berg uitstrekten. De zoutvlakte was al lang bekend bij de Apache, maar werd in 1692 voor het eerst ontdekt door Europeanen tijdens de expeditie van Diego de Vargas. Al snel werd het een belangrijke plaatselijke bron en generaties Mexicanen, en later Mexicaans-Amerikanen, trotseerden de hete, gevaarlijke, vierdaagse tocht van San Elizario aan de Rio Grande naar de Hueco Mountains en dan oostwaarts naar El Capitan om hun wagens met het kostbare zout te vullen. Dit veranderde allemaal aan het eind van de jaren 1840, toen de regio een grotere Anglische aanwezigheid kreeg. Terwijl de Mexicaanse wet en traditie de zoutvlaktes als gemeenschappelijk eigendom hadden beschouwd, beschouwde de Amerikaanse traditie ze als niet-opgeëist land, dat door elke burger kon worden opgeëist en als privé-eigendom gekocht. Tegen de jaren 1870 stuitten pogingen van plaatselijke zakenlieden om de zoutvlakte op te eisen op gewelddadig verzet van de plaatselijke bewoners, voor wie het gratis zout een belangrijke aanvulling vormde op de regionale economie van landbouw en veeteelt. Het conflict kwam tot een hoogtepunt in december 1877, toen Charles Howard, die geprobeerd had de zoutvlakte te claimen, en twee collega’s door een woedende menigte werden vermoord. Dit leidde al snel tot wijdverbreid geweld tegen plaatselijke Mexicaans-Amerikaanse families, waardoor velen naar het zuiden van de Rio Grande vluchtten. Tegen de tijd dat het stof was neergedaald, waren de zoutvlaktes opgeëist en werden de plaatselijke bewoners gedwongen te betalen voor het zout dat eeuwenlang gratis was geweest.
In de eerste decennia van de 20e eeuw was er een all-weather weg aangelegd tussen El Paso en Carlsbad, New Mexico. In gebruik genomen in 1928 als U.S. Highway 62, bracht de weg een nieuwe generatie bezoekers naar het gebied, vooral na de opening van het nabijgelegen Carlsbad Caverns National Park in 1930. Tientallen jaren voor de oprichting van Guadalupe Mountains National Park stopten reizigers met de auto en de bus al bij rustplaatsen langs de weg om zich te vergapen aan de steile wanden van El Capitan, foto’s te nemen en snelle berichten te schrijven op de achterkant van ansichtkaarten met het indrukwekkende gezicht van de berg. In deze periode was het land dat El Capitan omvatte eigendom van James Adolphus Williams, wiens Williams Ranch huis nog steeds te zien is op parkgrond ten westen van de berg. Na verschillende economische tegenslagen verkocht Williams het land in 1941 aan rechter J.C. Hunter uit Van Horn, Texas, een welvarende olieman en vroege natuurbeschermer wiens Guadalupe Mountains Ranch uiteindelijk 75.000 acres land in de Guadalupes omvatte, inclusief delen van McKittrick Canyon. Hunter was een vroege voorstander van de oprichting van een park om de zuidelijke Guadalupes te beschermen en voerde campagne gedurende verschillende jaren tot aan zijn dood in 1945. De zoon van Hunter, J.C. Hunter jr., erfde de wens van zijn vader om het gebied te beschermen, zowel vanwege de landschappelijke schoonheid als vanwege de geologische betekenis, en werkte samen met ambtenaren van de National Park Service aan een deal die de Park Service in staat zou stellen het land aan te kopen voor gebruik als nationaal park. Na een moeizame strijd met staats- en federale wetgevers, parkambtenaren en wegenbouwkundigen, maar ook met landeigenaren en plaatselijke veeboeren, werd de schenking van Hunter, die El Capitan en Guadalupe Peak omvatte, uiteindelijk in 1969 overgedragen aan de Park Service. Drie jaar later werd Guadalupe Mountains National Park officieel geopend en kreeg het publiek toegang tot het gebied.