GO Terms Classifications Counter

CateGOrizer, voorheen bekend als “GO Terms Classifications Counter”, is een verbeterd, gratis webhulpmiddel voor gebruikers om GO-term data sets batchgewijs te analyseren in termen van GO-klassen die ze vertegenwoordigen. Een nuttig kenmerk van Gene Ontology (GO) is dat het helpt bij het beschrijven van de basale termhiërarchieën en relaties tussen termen binnen de context van de biologie. Het is meestal een hele klus om een duidelijk beeld te krijgen van hoe een reeks GO-termen wordt vertegenwoordigd door GO-gencategorieën. Deze webtool vereenvoudigt het proces van databaserekeningen door GO-klassen te groeperen en te categoriseren volgens een bepaalde classificatiemethode zoals GO-Slim, waarbij gebruik wordt gemaakt van vooraf berekende termenrelaties op basis van de transitieve sluiting van de GO-database. Deze tool bestaat uit een set van perl CGI-programma’s gekoppeld aan een MySQL DBMS dat de GO termen DAG gegevens opslaat.

	INLEIDING: Batchanalyse van GO-annotaties voor genfunctiegroepen is een nuttig onderdeel van de analyse van microarray- of EST-data met hoge doorvoer. Dit hulpprogramma is bedoeld voor gebruikers om het voorkomen van hun GO-termen te achterhalen binnen elk van de vooraf gedefinieerde sets van ouder/voorganger GO-termen. Het programma neemt input van GO-termen (bv. GO:0007067) in een lijstformaat of ongeformatteerd tekstbestand, voert stapsgewijze classificatie uit tegen één van de beschikbare GO-slimmethodes zoals GO_slim, GOA, EGAD, MGI_GO_slim, GO-ROOT, enz. naar keuze van de gebruiker, of tegen één van uw eigen classificatiemethodes, en retourneert dan de resultaten op het web (als het te lang duurt, zal het de gebruiker een e-mail sturen met de link naar de resultaten). De resultaten omvatten een tabel met alle uiteindelijke tellingen en percentages, samen met een taartdiagram.
	USAGES: Het gebruik van het hulpprogramma is zo eenvoudig als het volgen van deze drie stappen: Stap 3: Tel het aantal voorkomens van GO-termen in elke voorouderlijke klasse Een video-tutorial (Japans)
	VRAGEN EN ANTWOORDEN: Voor het juiste gebruik van deze tool en gerelateerde vragen, zie deze lijst met veelgestelde vragen (FAQ). Als u een vraag hebt die niet in deze FAQ wordt behandeld, aarzel niet om het ons te laten weten.Alle terugkoppeling over problemen en suggesties om het hulpmiddel te verbeteren worden op prijs gesteld.
	PUBLICATIES: Zhi-Liang Hu, Jie Bao en James M. Reecy (2008) “CateGOrizer: A Web-Based Program to Batch Analyze Gene Ontology Classification Categories”. Online Tijdschrift voor Bioinformatica. 9 (2):108-112. Google citations: 244 tegen 2020 Zhi-Liang Hu, Jie Bao and James M. Reecy (2007). “A Gene Ontology (GO) Terms Classifications Counter”. Plant & Animal Genome XV Conference, San Diego, CA, January 13-17, 2007.