Begonnen als een akoestische spin-off van de Jefferson Airplane, werd Hot Tuna uiteindelijk de full-time focus van de stichtende leden Jack Casady en Jorma Kaukonen, en ontpopte zich als een populaire tour act van de jaren 1970. De twee waren levenslange vrienden, groeiden samen op in Washington, D.C., en speelden in de groep the Triumphs. Na de middelbare school verhuisde gitarist Kaukonen met zijn ouders in overheidsdienst naar de Filippijnen, maar hij keerde op tijd voor de opkomst van de psychedelia terug naar de V.S., waar hij in 1965 in San Francisco neerstreek en de Airplane mede oprichtte. Bassist Casady sloot zich niet lang daarna aan, en samen leidden ze de groep naar groot succes gedurende de late jaren ’60.
Hot Tuna — oorspronkelijk Hot Sh*t genoemd, tot grote ergernis van hun label, RCA — begon vorm te krijgen in 1969, terwijl zowel Casady als Kaukonen nog steeds actief lid waren van de Jefferson Airplane; in feite werden hun eerste optredens ingeklemd tussen reguliere Airplane optredens. Als een trio aangevuld met harmonicaspeler Will Scarlet (en af en toe met Airplane leden Marty Balin en Spencer Dryden), debuteerde Hot Tuna in 1970 met een low-key titelloze LP van traditionele blues en ragtime live opgenomen in het New Orleans House in Berkeley; tegen het meer rock-geïnspireerde First Pull Up, Then Pull Down van het volgende jaar, bevatte hun roster violist Papa John Creach, tegelijkertijd een full-time lid van de Airplane, en drummer Sammy Piazza. Minus Scarlet, een derde album, Burgers, verscheen in 1972.
Tegen de verschijning van 1974’s The Phosphorescent Rat, hadden zowel Casady als Kaukonen Jefferson Airplane officieel verlaten; tegen die tijd was Creach, die ervoor koos om bij de Airplane te blijven, niet langer in de groep. Met 1975’s America’s Choice was Piazza ook weg, vervangen door drummer Bob Steeler; Yellow Fever verscheen datzelfde jaar, en Hoppkorv volgde in 1976. Toetsenist Nick Buck tekende voor Double Dose uit 1978, maar Hot Tuna kondigde vervolgens hun breuk aan, en sloot de eerste fase van hun carrière af met Final Vinyl uit 1979.
In de nasleep van de ondergang van de groep, bracht Kaukonen een solo LP uit, Jorma, en sloot zich later aan bij de new wave unit Vital Parts; Casady was ook de frontman van een eigen new wave groep, SVT. In 1984 keerden beiden terug naar hun roots: Casady sloot zich aan bij collega Airplane alums Balin en Paul Kantner in de KBC Band, terwijl Kaukonen terugkeerde naar de akoestische folk en blues van zijn vormingsjaren. Tenslotte speelden Casady en Kaukonen een handvol clubdates onder de naam Hot Tuna, en hergroepeerden zich op een meer concrete basis in 1986; tegen 1990 bestond hun gelederen uit zanger/multi-instrumentalist Michael Falzarano, een veteraan van vele vroege reünie shows.
Dat jaar bracht Hot Tuna Pair a Dice Found uit, hun eerste collectie van nieuw studiomateriaal in meer dan een decennium; een reeks live releases volgde, waaronder 1992’s Live at Sweetwater, 1997’s Splashdown Two, en 1999’s And Furthurmore…. In de jaren die volgden bleef Hot Tuna meerdere live shows per jaar spelen in verschillende configuraties. Een single-disc best-of uit de RCA jaren, Keep on Truckin’, werd uitgebracht in 2006. Het eerste studioalbum van de groep in 20 jaar, Steady as She Goes, opgenomen in Levon Helm’s studio in Woodstock, New York, en geproduceerd door Larry Campbell, werd uitgebracht op Red House Records in 2011.